Earth has been conquered by the evil Illumidus Empire, with parallels drawn to the U.S. post World War II occupation of Japan. Captain Harlock with a group that will become his life long friends begin their fight against this tyranny visited upon the planet Earth, with no regard to the costs the struggle will have on them, caring only for the ideal of restoring freedom to the people of Earth.
La Terre est asservie par les humanoïdes. La misère règne et les terriens n'ont ni la volonté ni les moyens de se révolter. Seule une radio clandestine, La Voix de la Liberté, entretient un mince espoir. Un jeune capitaine, Albator, revient de mission et pose de manière catastrophique son appareil pour le rendre inutilisable. Mis à pied, il erre dans les bas fonds de la cité où il rencontre Alfred, un ingénieur génial qui rêve de se révolter. C'est le début d'une amitié éternelle entre les deux hommes. Ils partent à bord de L'Atlantis, le vaisseau construit par Alfred pour défendre Tocarga, menacée d'invasion.