뛰어난 수술 실력을 자랑하는 명인대학병원 외과 부교수 장준혁(김명민분)은 다른 의사의 실수로 죽어가는 환자를 특유의 실력과 냉철한 판단력으로 살려낸다. 하지만, 늘 자신감에 가득 찬 장준혁을 못 마땅하게 바라보는 명인대학병원 정교수 이주완(이정길분). 장준혁의 동기 동창인 내과 부교수 최도영(이선균분)은 좀처럼 발견하기 어려운 조기 췌장암을 찾아내어 외과 장준혁에게 트랜스퍼 한다. 장준혁은 드문 이번 수술에 의욕을 보이지만 명인대학병원의 실세인 우용길(김창완분) 부원장이 오진을 한 것을 알고 수술을 망설이게 되는데...
우용길 부원장이 오진한 환자를 몰래 수술하는 준혁과 도영. 하지만 노회한 우용길에게 몰래한 수술을 들키게 된다. 장준혁은 우용길의 진단이 옳았다고 거짓말로 자신의 비공개수술을 감추려고 하지만, 정직한 최도영과 대립하게 된다. 한편, 늘 장준혁을 못 마땅히 여기던 이주완 교수는 준혁의 수술을 빌미로 준혁을 지방소재 병원으로 내려 보내기 위해서 우용길 부원장과 음모를 꾸미는데...
우용길 교수는 자신에게 장준혁이 바보산수를 선물한 것을 뇌물로 간주하고, 장준혁을 지방 병원으로 내려보내려고 한다. 지방 병원에 내려가면 그 동안의 노력은 모두 물거품. 장준혁은 장인인 민충식을 찾아가서 도움을 청한다. 한편, 이주완 외과과장은 장준혁에게 지방병원은 한시적으로 내려가는 것이니 너무 걱정하지 말라고 하며, 차질 없는 인수인계를 지시하는데...
장준혁은 이주완 외과과장이 차기 외과과장으로 밀고 있는 후보자의 실체를 알게 된다. 이주완의 대학후배이며, 존스 홉킨스에서 재직중인 노민국 교수. 장준혁은 자신의 맞상대가 만만치 않음을 알고 긴장한다. 한편, 장준혁은 차기 외과과장의 자리를 차지하기 위해서 바쁜 와중에 간, 췌장, 신장을 동시에 이식하는 대규모의 수술을 이주완 교수와 같이 하게 되는데...
이주완 교수의 전략으로 그를 대신해 수술실에 돌아온 노민국. 숨 막히는 긴장 속에 장준혁과의 본격적인 수술이 시작되지만, 자신의 분야에서 최고라고 생각하는 두 사람 사이에는 수술 순서와 방법을 두고 잦은 의견충돌이 일어난다. 참관실에서 둘을 지켜보던 이주완 교수는 자신이 수술의 책임자임을 강조하며 노민국의 뜻대로 진행하라 하고, 이에 준혁은 충격을 받지만 장갑을 벗으며 뒤로 물러난다. 한편, 진주를 살리기 위해 혼신의 힘을 쏟고 있는 도영은 오경환 교수의 연구실을 찾아가 자문을 구하지만, 암이 너무 많이 진행됐다는 사실이 안타깝기만 하다.
일반외과 과장 선출선거가 공명정대하게 치러질 수 있도록 선거관리 위원장 자리를 맡겠다고 선언한 병리학 교수 오경환. 준혁을 탐탁지 않게 여기는 오경환 교수가 나서자 주완은 맘속으로 쾌재를 부르지만, 용길은 떨떠름하기만 하다. 오경환 교수가 위원장이 되었다는 사실이 불안한 준혁은 예고 없이 도영을 찾아가고, 갑작스런 준혁의 방문에 당황하는 도영. 준혁은 단도직입적으로 자신이 외과교수가 되기 위해 오경환 교수의 힘이 필요하다며 자리를 만들어 달라고 말하지만, 도영은 그런 이유라면 절대 도와줄 수 없으니 그만 돌아가라고 하는데...
차기 외과과장 후보로 결정된 장준혁, 노민국, 문상명. 선거위원장을 맡은 오경환 교수를 중심으로 본격적인 투표가 시작된다. 이 때 잠시 할 말이 있다며 손을 드는 이주완 교수는 두 명의 제자와 노민국 교수 중 한명을 선택할 수는 없다며 기권을 선언하고 자리를 떠난다. 이에 기초파 과장들은 고개를 끄덕이며 감동한다. 대강당에서 심포지엄 준비에 분주한 준혁은 회의실에 있어야할 주완이 갑자기 나타나 기권했다는 말을 전하자 소스라치게 놀란다. 잠시 후 강의를 위해 대기 중인 준혁에게 다가온 이주완은 기권에 대해 기분나빠하지 말라하는데, 이때 급히 뛰어 들어온 건하가 투표 결과를 전하고...
노민국이 묵고 있는 호텔에 찾아간 장준혁은 자존심을 버리고 무릎을 꿇은 채 제발 물러나 달라고 사정한다. 이때 오남기 교수가 노민국의 방을 찾고, 소스라치게 놀란 준혁은 벌떡 일어나 황급히 자리를 떠난다. 장준혁이 노민국을 찾아갔다는 사실을 전해들은 이주완 교수는 우용길 부원장에게 이를 전하면서 사태는 점점 커져만 가고, 준혁의 무책임한 행동에 화가 난 우용길 마저 준혁에게 등을 돌린다. 한편, 부인의 성화에 못 이겨 병원을 찾은 권순일이 도영을 찾아오자 도영은 여느 환자를 돌볼 때처럼 순일에 대한 검사를 시작한다.
도영은 췌장암이 의심되는 환자 권순일을 준혁에게 의뢰하고, 준혁은 국제학회 이전에 수술하겠다고 한다. 도영은 준혁에게 수술 전 환자의 폐생검을 권유하지만, 제주국제외과학회 준비로 정신없이 바쁜 준혁은 이를 흘려듣고 만다. 한편, 외과과장 선거에서 탈락한 노민국은 유유히 한국을 떠나고...
제주국제외과학회에 참여한 준혁은 국제 외과학회장 부인의 수술을 성공시키기 위해서 많은 노력을 하지만, 노민국을 지지했던 오남기 외과학회장의 보이지 않는 방해로 수술을 할 수 없는 상황에 직면한다. 한편, 준혁이 수술한 환자를 자신의 첫 환자로 맡은 동일은 환자가 이상 징후를 보이자, 불안해지기 시작하는데...
세계외과학회장 부인 수술을 성공적으로 마침과 동시에 도영으로부터 자신이 수술했던 권순일 환자가 사망했다는 소식을 접해 들은 준혁은 사태의 심각성을 느끼고 의국장에게 병원에 전화해 자세히 알라보라 한다. 흰 시트로 덮은 순일을 태운 침대 곁에 순일 처와 순기, 가족 몇몇이 오열하며 매달리고, 그 모습을 바라보던 동일은 도망치듯 계단을 내려와 그 자리에 털썩 주저앉아 울음을 터뜨린다.
법정복도에서 마주친 순일 처와 장준혁 일행. 장준혁 측 윤변호사는 원고 측 김훈 변호사의 어개를 토닥이며 위세를 부리고, 순일 처는 불안한 시선으로 준혁 일행을 바라본다. 윤변호사는 원고 측에서 오경환 교수, 염동일, 최도영 등을 증인으로 내세울 것이라는 예상을 내놓고, 준혁은 고민에 빠진다. 한편, 김훈 변호사는 연구실에서 일하고 있는 도영을 찾아가고...
소취하를 막기 위해 문을 벌컥 열며 김훈사무실에 뛰어 들어온 최도영. 이를 바라보던 순일 처는 합의 서명을 포기하고... 부원장실에 모인 준혁의 변호사 팀은 대책마련에 고심하다 부원장에게 이주완 교수 딸이 원고 측을 돕고 있는 것 같다고 말한다. 말이 통하지 않는 도영 보다는 도영 처를 설득해야겠다고 판단한 준혁. 도영이 없는 틈을 타 집을 찾아가 도영을 설득해 달라고 요청하고, 우용길 부원장은 이주완 교수를 불러내 윤진의 행동을 문제 삼는데...
법정에서의 설전을 마친 장준혁은 법정 밖 복도에서 이주완과 마주치는데 그냥 지나치지 못하고 이주완과 신경전을 벌인다. 물심양면으로 환자를 돕기로 약속한 이주완은 김훈 변호사에게 대학병원 과장의 일과를 설명해 주는 등 다가올 재판준비에 만전을 기한다. 수술 참관실에서 준혁과 의국원들의 수술을 지켜보던 최도영과 우용길 부원장. 용길은 준혁은 병원에서 없어서는 안 될 사람이라며 도영을 설득하려하고, 도영은 용길의 의도를 눈치 채지만 당당히 자신의 소신을 밝히고...
법정에 선 장준혁의 계속되는 거짓증언에 도영은 순간 벌떡 일어나 장준혁을 외치지만 준혁은 미동도 하지 않고 하던 말을 계속한다. 재판을 지켜보던 순일 처 역시 준혁의 거짓 증언에 경악해 항의를 해보지만 재판장은 계속해서 주의만 주고... 한편, 준혁을 불러들인 오남기 교수는 미국 매디컬 센터에서 송도에 동북아 허브 병원을 건립하려고 한다면서 세계외과학회장이 준혁을 그곳으로 스카웃하려 한다는 말을 전하고, 이에 준혁은 가슴이 벅차오름을 느낀다.
장준혁이 명인대학 병원을 떠나 더 큰 병원으로 가려고 한다는 사실을 알게 된 우용길. 자신에게 한마디 없이 이직을 추진하고 있는 괘씸한 준혁에게 일침을 가하기 위해 세계외과학회장과 친구로 지내는 이주완 교수를 만나러 간다. 한편, 회사를 그만 둔 도영은 다른 대학 병원에 있는 친구를 찾아가 이력서를 건네며 일자리를 알아보지만, 장담은 못 하겠다는 친구의 말에 씁쓸해지는데...
증인석에 자리한 유미라 간호사가 선서문을 읽어 내려가자 불안한 표정으로 주시하는 준혁. 갑작스런 그녀의 등장에 방청객들 역시 숨죽인 채 미라의 증언에 집중한다. 유미라는 망자의 수술을 앞두고 준혁이 회진을 했던 당시에 대해 회상하면서 당시 폐전이에 대한 언급은 없었다고 증언한다. 법정에서의 새로운 증언 때문에 재판 분위기가 반전되자, 조변호사는 준혁의 증언을 입증할 새로운 사람을 찾는데 주력하고, 준혁은 순간 의국장 함민승을 떠올리는데...
생각지도 못한 동일의 증언으로 법정의 분위기는 반전된다. 양측은 새로운 증거를 확보하기 위해 노력한다. 김훈은 동일에게 준혁측이 압력을 행사할 수 있으니 당분간 다른곳에 가 있으라고 하고 도영은 동일을 집으로 데리고 간다. 미라에게서 당시 회진 때 참관학부생들이 있었다는 사실을 알게된 김훈은 참관학부 생들의 레포트를 증거보존 신청 한다. 한편, 수술을 하던 준혁은 복부에 통증을 느끼고 결국 쓰러지고 마는데...
주변 사람들이 뭔가를 숨기고 있음을 눈치 챈 준혁은 한밤중에 도영의 암센터를 찾아가 검사를 부탁한다. 모니터를 보며 신중히 검사를 하던 도영은 시선이 멎은 채 화면 한 곳만을 뚫어져라 보고, 자초지종을 알아보기 위해 홍상일 교수에게 전화를 걸고... 홍상일 교수를 찾아간 도영은 수술은 누가 할 것이냐고 묻고, 홍교수는 막상 과장님 수술을 자신이 해야 할 생각을 하니 걱정부터 앞선다고 한다. 그 길로 우용길 부원장을 만나러간 도영. 둘은 이주완 과장이 집도해야 한다는데 의견 일치를 본다.
통증으로 인해 점점 고통스러운 준혁은 도영을 불러 외과의사로서 진단을 했다며 자신의 상태가 담관암이라는 사실을 알고 있다고 한다. 도영은 준혁에게 거짓말을 하며 둘러대지만 준혁은 자신이 준비할 시간이 있어야 하지 않겠냐며 검사 결과와 필름을 보여달라고 한다. 모든것을 알게 된 준혁은 참관실에 앉아 수술실을 바라보고 자신이 수술을 했던 모습들을 회상하며 눈물이 차오른다. 한편, 점점 더 상태가 악화된 준혁은 의국원들도 못 알아보고 헛소리까지 하는데....