Erneut ist es Dr. Animo gelungen, aus dem Gefängnis zu entkommen. Ben und sein Partner Rook müssen den rachsüchtigen und bösen Wissenschaftler aufspüren, bevor es ihm gelingt, seinen perfiden Plan in die Wirklichkeit umzusetzen. Denn nach wie vor strebt Animo danach, die Lebewesen auf der Welt in groteske Monster zu verwandeln und die Evolution auf diese Weise neu bestimmen zu können.
Dr. Animo has escaped his Plumber prison, and Ben and Rook must track him down before he transforms the world into his personal mutant ant farm!
Ben desconfia que Dr. Animal esteja por trás dos ataques do Mascote de Khyber. Ele e Rook descobrem que o vilão fugiu da prisão e planeja dominar o mundo, mas que não é o mentor dos ataques a Ben, e é desta situação que Khyber e seu mascote vão tentar tirar proveito.