Benjamin sehnt sich danach, wieder baden zu können, doch Frau Kolumna erklärt ihm, dass er auf die Anzeichen des Frühlings warten muss: Schneeglöckchen, blühende Kirschbäume und schlüpfende Entenküken. Mit einer Reihe ungewöhnlicher Ideen versucht Benjamin, diese Prozesse zu beschleunigen, was Otto zunehmend erstaunt. Schließlich akzeptiert Benjamin, dass die Natur ihren eigenen Rhythmus hat und alles seine Zeit benötigt.
Benjamin und Otto sind auf der Suche nach einem Schatz und malen dafür selbst eine Schatzkarte. Sie glauben, dass der Schatz im Garten des Zoodirektors Tierlieb vergraben ist. Eifrig beginnen sie zu graben, stoßen jedoch auf ein Wasserrohr, das sie beschädigen. Dadurch wird der gesamte Garten überflutet, was den Zoodirektor wütend macht und die Freunde enttäuscht. Doch schließlich bringt das Wasser etwas ans Licht, das alle erfreut.
Im Zoo verschwinden immer mehr Schlüssel, was den Zoodirektor Tierlieb und die Reporterin Karla Kolumna beunruhigt. Benjamin und Otto sind überzeugt, dass ein Schlüsseldieb am Werk ist und nehmen die Ermittlungen als Detektive auf. Doch anstatt einen Verbrecher zu finden, entdecken sie, dass die verschwundenen Schlüssel mit einer Erfindung von Eddi Eddison zusammenhängen.
Tom besucht den Zoo mit seinem grünen Gummiboot und will Pirat spielen, aber Karl hat keine Zeit. Benjamin und Otto wollen mitmachen, doch Tom paddelt allein davon. Nach einem Paddelgerangel auf hoher See fällt Tom ins Wasser und wird von Benjamin gerettet, woraufhin er erkennt, dass Streit spielen viel lustiger ist als echter Streit.
Benjamin und Otto sollen auf ein Zottelhasenkänguru aufpassen. Was kann dem Gast Spaß machen? Da haben die Freunde ganz unterschiedliche Vorstellungen. So kommt es statt zu einem gemeinsamen Ausflug zum Streit. Dem Zottelhasenkänguru wird das zu dumm und es hüpft einfach davon. Auweia! Bei der gemeinsamen Suche und einer waghalsigen Rettungsaktion erkennen die Freunde, dass sie den Gast am besten einfach gefragt hätten.
Otto übernachtet bei Benjamin, als sie plötzlich ein seltsames Geräusch hören, das Otto für ein Gespenst hält, während Benjamin unbesorgt bleibt. Doch als Karl schreiend durch den Zoo läuft und bei Herrn Tierlieb mitten in der Nacht die Tür offensteht, wird auch Benjamin unsicher. Die Freunde beschließen mutig, sich der vermeintlichen Gefahr zu stellen und verkleiden sich als Gespenster, um nachts durch den Zoo zu jagen.
Herr Tierlieb hat Geburtstag, und Benjamin sowie Otto beschließen, ihm eine Werkzeugkiste zu schenken, da sie denken, dass es das perfekte Geschenk ist. Anfangs zeigt Herr Tierlieb wenig Begeisterung, weil er nicht weiß, was man mit den Werkzeugen alles machen kann. Doch Benjamin und Otto demonstrieren ihm die praktischen Anwendungen, und am Ende finden sie zusammen eine Lösung, die Herrn Tierlieb doch noch erfreut.
Karla Kolumna ist auf der Suche nach einer Sensation. Ein fliegender Elefant – das wäre etwas! Aber so etwas gibt es natürlich nicht … Doch Benjamin baut mit Lea und Otto einen Elefantendrachen, um zu beweisen, dass die Reporterin sich irrt. Zuerst fliegt nur der Drache, aber plötzlich kommt ordentlich Wind auf. Benjamin, Otto und Lea fliegen durch die Lüfte und landen auf dem Dach des Elefantenhauses. Jetzt hat die Reporterin ihre Sensation.
Benjamin hat neue Buntstifte. Damit malen er und Otto ein wildes Krikelkrakel-Bild. Stolz zeigen sie es Karl. Doch der Tierpfleger fragt verwundert, was das sein soll? „Das ist ein Ruckeldirumms“, erklären die Freunde. Davon hat Karl noch nie gehört – so etwas gibt es doch gar nicht! Doch zum Beweis bauen die Freunde eins. Nur leider vergessen sie Türen und Fenster. Nun sind sie gefangen in ihrer eigenen Idee …
Benjamin und Otto wollen ein Picknick machen, aber der Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Benjamin schlägt vor, das Elefantenhaus mit Farbe zu verschönern. Eine gelbe Sonne und himmelblaue Wände schaffen eine Waldatmosphäre. Ein Wasserhahn und eine Kuckucksuhr imitieren Bach und Vogelgezwitscher. Sie picknicken auf einer schwebenden Leiter, als der Bach überläuft – alles ist perfekt!
Benjamin entdeckt einen kleinen Kuckuck und widmet ihm seine ganze Aufmerksamkeit, indem er ihn füttert, in den Schlaf singt und spazieren fährt. Dabei vernachlässigt er seinen Freund Otto, der sich verletzt zurückzieht. Als der Kuckuck flügge wird, merkt Benjamin, wie sehr er Otto vermisst und erkennt, dass er seinen Freund vernachlässigt hat. Er hofft, dass Otto noch keinen neuen besten Freund gefunden hat.
Benjamin, Otto und Lea beginnen ein Ritterspiel mit Blecheimern als Helme, nachdem sie Löcher hineingebohrt haben, um besser sehen zu können. Lea spielt die Rolle der Ritterin Lea die Fürchterliche und verteidigt einen Schatz aus Zuckerstückchen gegen Benjamin und Otto. Während des Spiels versuchen die Gauner Hinki und Pinki, den Schatz zu stehlen, doch am Ende können die Ritter die Gauner erfolgreich fassen.
Während eines Sommerinterviews erzählt Benjamin Frau Kolumna von seinem Plan, auf den Mond zu reisen. Trotz einer zu kurzen Leiter entdecken Benjamin und Otto den Mond im Zoosee und beschließen, mit einem Gummiboot dorthin zu fahren. Sie machen ein Picknick und fotografieren einen Mondfisch, was Frau Kolumna am nächsten Morgen begeistert.
Herr Eddison erzählt Benjamin und Otto von den Planeten und möglichen Außerirdischen. Beeindruckt wünscht sich Benjamin, einen Außerirdischen zu treffen. Als ein Hund namens „Mars“ auftaucht, glauben sie, ihr Wunsch geht in Erfüllung. Sie rufen auf dem Mars an, doch es erscheint nur Herr Eddison mit seinem Neffen Bert. Der Hund gehört Bert, und obwohl Benjamin und Otto enttäuscht sind, geben sie die Hoffnung auf echte Außerirdische nicht auf.
Alfons Affe bringt Benjamin, Otto und Lea auf die Idee, Musik mit einfachen Dingen wie Blecheimern und Töpfen zu machen. Sie gründen das Krachmacher-Orchester und musizieren an der Zoomauer, was Baron von Zwiebelschrecks Ruhe stört. Der verärgerte Baron nimmt die Instrumente weg, aber die Gruppe findet neue. Als der Baron erneut kommt, entdeckt er die entspannende Wirkung des Krachmachens und trommelt schließlich mit Karl und Herrn Tierlieb.
Siegfried, der singende Seeelefant, begeistert im Zoo alle außer Benjamin, der den Gesang eintönig findet. Er versucht, mit einer zweiten Stimme zu helfen, wird aber von der Bühne geschubst. Sein eigenes Konzert scheitert kläglich. Otto tröstet ihn und Benjamin beschließt, ein Seeelefant zu werden. Doch erst als er Karl beim Laubblasen hilft, erkennt er, dass es wichtiger ist, seine eigenen Talente zu entfalten und nicht jemand anderer zu sein.
Im Zoo ist es ruhiger geworden, seit die Tierkinder jeden Mittag schlafen, was Baron von Zwiebelschreck sehr glücklich macht. Doch als laute Musik aus dem Radio des Barons die Kinder weckt, zögern Benjamin und Otto zunächst, ihn um Rücksicht zu bitten. Schließlich zeigt sich der Baron jedoch sehr verständnisvoll und vereinbart mit ihnen, künftig offen über Ärgernisse zu sprechen.
Nino Nilpferd steht traurig auf der Wiese, und niemand weiß, wie man ihn aufheitern kann. Herr Eddison hat eine Idee und baut mit Benjamin und Otto eine Gute-Laune-Maschine. Sie vermuten zunächst, dass Nino Kirschen möchte, aber das ist nicht der Grund für seine Traurigkeit. Benjamin entdeckt einen Ball in der Baumkrone, den Nino vermisst. Mit der Maschine befreien sie den Ball aus der Astgabel, und Nino ist wieder glücklich.
Otto möchte lieber im Zoo bleiben und erwachsen werden, um der Schule zu entkommen. Er versucht sich als Porträtmaler und führt Erwachsenengespräche, doch beide Versuche scheitern. Schließlich erkennt er durch ein gefährliches Abenteuer mit dem kleinen Tom, dass das Erwachsensein nicht so einfach ist, und entscheidet sich, wieder zur Schule zu gehen.
Karl überlässt Benjamin und Otto die Pflege seiner Pflanze Mimi während seines Urlaubs. Trotz ihrer Bemühungen, Mimi durch Zoobesuche und Spiele aufzuheitern, verschlechtert sich ihr Zustand. Der Baron klärt sie darüber auf, dass Mimi eine empfindliche Mimose ist. Daraufhin verwandeln sie das Elefantenhaus in eine Mimosenklinik. Mit einer speziellen Medizin schaffen sie es schließlich, Mimi wieder zum Blühen zu bringen.
Benjamin, Otto und Lea rudern zur Enteninsel im Zoosee für ein Picknick, doch das Boot treibt ab, da es nicht fest genug vertäut wurde. Die drei sind nun Schiffbrüchige im Zoo und senden eine Flaschenpost als Hilferuf, die von der rasenden Reporterin Karla Kolumna gefunden wird. Erst durch ein Lagerfeuer und Rauchzeichen werden sie von Karla und Karl entdeckt und gerettet.
Im Zoo gibt es mehrere falsche Feueralarme. Zuerst bei den Löwen, dann in Karls Schuppen und schließlich in seiner Küche. Die Zoofeuerwehr rückt aus, um vermeintliche Brände zu löschen, die sich als Staubwolke und angebrannter Kuchen herausstellen. Karl ist nicht verärgert über das Missgeschick, sondern erfreut sich an der erfrischenden Abkühlung. Die Geschichte endet mit einem Löscheinsatz im Zoosee gegen die Sommerhitze.
Benjamin und Otto sehen durch eine Lupe eine Mücke und glauben, es mit einem gefährlichen Monster zu tun zu haben, weshalb sie Karl bitten, die Mücke zu fangen. Ihre Versuche, Tiere und Zoobesucher zu schützen, scheitern, da diese nicht kooperieren und die Zoobesucher nur lachen. Schließlich lernen sie vom Baron von Zwiebelschreck, dass Lavendelöl die Mücke vertreiben kann und beschließen, ihre Angst mit Mückenspray zu überwinden.
Beim Fußballspielen erfahren Benjamin und Otto von Karl, dass ein nächtlicher Einbrecher im Zoo sein Unwesen treibt. Gemeinsam mit dem Kletterer Winni Waschbär legen sie sich auf die Lauer, um den Eindringling zu fangen. Nach einer aufregenden Verfolgungsjagd stellt sich heraus, dass der Einbrecher Herr Tierlieb ist, der schlafwandelt, weil er einen neuen Schlaftee ausprobiert hat.
Lea möchte die Hauptrolle in der Schwanensee-Aufführung ihrer Ballettschule tanzen, aber sie muss dafür die Pirouette meistern. Benjamin und Otto helfen ihr beim Üben, doch Benjamin ist zu trampelig und verursacht Chaos. Schließlich entschuldigen sich Otto und Lea bei Benjamin, und sie ändern die Handlung, sodass Benjamin als Primoballerino mit einem Stampfetanz auftreten kann, was zu einer erfolgreichen Aufführung führt.
Lea hört Herrn Tierlieb über einen möglichen Zeiträuber sprechen, was Benjamin und Otto dazu veranlasst, im Zoo nach dem Übeltäter zu suchen. Sie bauen verschiedene Fallen, um den Zeiträuber zu fangen, doch diese führen nur zu Missverständnissen mit ihren Freund:innen. Schließlich klärt sich das Missverständnis auf und die Freunde genießen ein gemeinsames Picknick, bei dem sie über die Ereignisse lachen und sich Zeit füreinander nehmen.