神々の戦争 パート1：これまでの48話とは関連のない特別編で、石ノ森章太郎の未完の最終章「完結編：神の戦争」をゆるやかにベースにしている。この第1話では、石ノ森章太郎は架空の人物だと思っていたギルモア博士から連絡を受け、自身の漫画「サイボーグ009」が実は001が放送した精神暗示に基づいていたこと、そして世界の終末が近づいていることを知る。00サイボーグチームは数年後に解散している
