ジャイアンとスネ夫から不器用だとからかわれたのび太は、何かスゴいものを作り、アッといわせてやろうと考える。さっそくドラえもんに頼みこむが、ドラえもんは用事があるらしく、「机の前にある機械には、ぜったいにさわっちゃダメだよ」と言い残して、出かけてしまった。 さわるなと言われたのび太は、逆に気になってしかたがない。説明書を読んだところ、その機械は『架空動物製造機』といい、架空動物を作ることができるという。のび太は、機械を引き取りに来た未来デパートの配達人を追い返すと、何ができるのかわからないまま、機械に指示された材料を集めて、スイッチを入れてしまう！ 帰宅したドラえもんから、この道具は販売中止になったもので、なぜか超能力生物が生み出されてしまうというアクシデントが相次ぎ、未来では作り出された超能力生物たちが勝手に仲間を増やし、人間を征服しようとして大さわぎになっていると聞かされたのび太は大あわて。いそいで機械を止めようとするが、時すでにおそく、すでに超能力生物“ミュータン”が誕生していた…！