ドラえもんに出してもらった宝さがしゲームであそんだ、のび太たち。だが、ゲームの世界で宝を見つけても、手もとに何にも残らないことを残念がる。 それを聞いたドラえもんは、みんなに「ホンモノの宝さがしをしてみようか？」といい、『宝のチーズ』を取りだす。これを食べた人は、本当にある“宝の地図”と同じものがかけるようになるという。 さっそくのび太がチーズを食べてみたところ、手がスラスラとうごき、宝の地図をえがきはじめた！ だが、できあがったのは、見知らぬ島の地図とナゾの暗号だった。 いったいどこの島かもわからず、とまどうのび太たち。だが、その地図を見た出木杉が、ある小さな島と形が似ていることに気づく。それは、戦国時代に海賊（かいぞく）として名をはせた水軍（すいぐん）がいた島だという。 海賊の島なら、秘宝（ひほう）が眠っていてもフシギはない！ のび太たちは、さっそく島へと出発するが…!?