学校から帰ってきたのび太は、見たこともないチョウが部屋からひらひらと飛んできたのを見て、追いかけようとする。 ところが、ドラえもんは、それはチョウではなく花だという。 ドラえもんによると、新しい植物を作りだす機械『新種植物製造機（しんしゅしょくぶつせいぞうき）』を使って、チョウのように飛ぶ花のタネをつくり、“タイム風呂敷(ふろしき)”をかけて成長させたのだという。 そんなとき、ママから「今夜はおでんを作るから、だいこんを買って来て！」とたのまれたのび太は、この『新種植物製造機』で、おいしいだいこんを作ろうとひらめく。だが、できあがったのはなんと２本の足をもつだいこんで、陽気にダンスをはじめたからビックリ！ さらに、のび太がるすにしたあいだに、なぜか新種のだいこんが仲間をふやしていたのだ…!! しかも、その“だいこん軍団”は、しずかを人質にとって部屋からにげだしてしまい…!?