宮本武蔵（みやもとむさし）にあこがれて、ジャイアンが剣道を習いはじめた。武蔵のことをよく知らないのび太は、武蔵が“巌流島（がんりゅうじま）の戦い”にちこくしたのは作戦ではなく、ただの寝ぼうじゃないかと言って、ジャイアンを怒らせてしまう。 ジャイアンから決闘（けっとう）を申し込まれ、果たし状までもらったのび太は、大弱り。話を聞いたドラえもんが、相手を自動的に倒してくれるひみつ道具『名刀電光丸』を貸してくれるが、押し入れにかくれてふるえるばかり。 そんなのび太を見かねたドラえもんは、「本物の武蔵に会って、勇気をもらおう」と提案。『着せかえカメラ』で武士風になったのび太と、町娘風になったしずかを連れて『タイムマシン』に乗りこみ、武蔵と小次郎が戦った１６１２年の巌流島へと向かう。 ところが、のび太がレバーをいじったため、戦いよりも少し前の時代の宿場町に到着してしまった！ その宿場町で、ひょんなことから悪党にからまれたのび太は、電光丸のおかげでなんとか相手を倒すことに成功。ところが、悪党をやっつけたのび太に感動した青年・たけぞうから、「拙者（せっしゃ）を弟子にしてくだされ！」と頼みこまれ、さらには町の用心棒まで引き受けるハメになって…！？