ジャイアンたちに「宝島（たからじま）を見つける！」と宣言（せんげん）してしまったのび太は、ドラえもんが出してくれたひみつ道具『宝探（さが）し地図』を使って、宝島を探しはじめる。ところが、地図が示（しめ）した場所は、なんと太平洋上に突然（とつぜん）あらわれた新しい島だった！
“ノビタオーラ号”と名付けた船で宝島に向かったのび太たちは、上陸する直前、急にあらわれた海賊（かいぞく）におそわれてしまう。しかも、しずかが海賊船にさらわれてしまった…！
海賊がにげた後、のび太たちは海にただよう少年・フロックと、オウム型ロボットのクイズと出会う。実は、フロックは海賊船から逃げてきたメカニックで、宝島の重要な秘密（ひみつ）を知っているらしい。
海賊からしずかを助け出すため、フロックとともに宝島に向かうのび太たち。はたしてのび太たちは無事しずかを助け出すことができるのか？ そして、宝島に眠る財宝（ざいほう）と、そこにかくされた秘密とは…！？
