Nach dem Kampf gegen Prinz Asim ziehen Jin, Toa und Gio sich an einen abgelegenen Ort zurück und genießen ihren friedlichen Alltag. Doch dann will die ISDA ihre Drachen loswerden.
One year later, with the ISDA under Gillard management, the Dragonauts are divided and hunted down. Since the Gillard King and Sakaki are convinced that dragons are dangerous, they are hunting down both original and artificially-made dragons, save those that are under their command. Also, there is now a new D-Project. Meanwhile, Jin, Gio, and Toa, have been living normal lives in an isolated town for the past year. Sieglinde and Kō unexpectedly show up on their doorstep to discuss the ISDA's current standpoint, and Toa tells them that Thanatos would merely leave Earth alone if it gets back its dragon eggs. Later, when Toa reaffirms her feelings for Jin, she, along with every other dragon on Earth, senses something from Thanatos.
火星の事件を機に、地球でのドラゴノーツ達の立場は激変していた。地球をタナトスの危機から救う英雄としての立場からの転落。
人類の敵とみなされたドラゴノーツ達に襲い来るかつての同胞。襲われ投獄されるドラゴノーツ達。辛うじて追跡の手を逃れたジークリンデは、素性を隠し生活しているジンの元を訪れる。決断を迫られ、戸惑いを隠せないジンと、それを支えるトア。
一方、地下に潜伏しているノザキとキタジマは、再起に向けての準備を進めるのだった――
