El 11 de marzo de 2004, España sufrió el primer atentado islamista de Europa con el estallido de varias bombas en los trenes de Atocha en Madrid. El G.E.O. fue la unidad encargada de la operación policial que cercó a los miembros del grupo yihadista en un piso de Leganés y que se saldó con el suicidio de ocho terroristas y la muerte de un miembro de la unidad.