With high school graduation right around the corner, Takumi Fujiwara has a lot on his mind and a lot to prepare for. Everything becomes even more complicated when Takumi is offered a spot on Ryosuke Takahashi's elite Kengai Racing Team, which seeks to assemble the greatest racers in the Gunma area for a tour of Japan's mountain passes. Before he can accept however, Takumi feels the need to settle the score with the Lancer Evo driving Emperor team, defend his downhill-racer crown against the son of his father's greatest rival, and finally settle things with his unfaithful girlfriend Natsuki
Peu de temps après avoir intégré l'université, Takumi est sollicité par le leader des RedSuns, Ryosuke Takahashi, pour rejoindre une formation professionnelle de courses de voitures. Cependant, avant de donner sa réponse, Takumi s'impose un dernier challenge et défie à nouveau Kyouichi Sudo, le leader des Emperor, contre lequel il avait perdu précédemment à cause d'une défaillance de son moteur. En même temps, Kai Kogashiwa dont le père avait été le plus redoutable concurrent de son propre père, lui lance à son tour un défi...
El hijo del mayor rival de la juventud de Bunta (Kay Kogashiwa) viene a buscar a Takumi para retarlo y vencerlo.
Se pone un final a las historias sin concluir de Takumi y Natsuki, en donde al final se aclaran los problemas y el amor de estos dos vuelve a la normalidad, concluyendo con la invitación de Ryosuke Takahashi a un nuevo proyecto, que sería todo un reto para Takumi. Antes de decidir aceptar, Takumi reta al líder de los Emperor en una carrera en el propio terreno rival.
秋天来了。秋名86改装了涡轮增压引擎并击败了秋山涉之后的某一天，高桥凉介突然来访，并向拓海提出了加盟的邀请，希望能集合群马县的高手，向全国的山路进行挑战，拓海犹豫着，并没有马上答应高桥凉介的邀请，他觉得在自己还有其它的一些事情需要解决。首先，拓海前往日光，挑战帝皇队的须藤京一，进行了激烈的比赛，在那曲折迂回的伊波吕山道上，先行的拓海并没有让须藤京一超越，似乎是拓海赢了，但是拓海认为自己仅仅是与须藤京一打成平手，而这就让他感到很满足了。
几天之后，同样是日光的车手小柏前来秋名对拓海进行挑战。小柏本来的对手是须藤京一，但是却被拓海抢先打败了，所以小柏自然将目标转移到拓海上。同时，小柏的父亲与拓海的父亲竟然是老对手!一场两代人之间的恩怨就在伊波吕山道上展开……小柏利用山道的转角进行跳跃(就是从上面的山道，不走正确的行车线，而直接利用高度差跃过转角到下一条山道)在中段超越了拓海，但是拓海迅速掌握了这种疯狂的行驶方法，在最后一段的路程中以沟渠行车法赶上与小柏并行，在终点前，小柏的赛车因为路面的落叶而打滑，拓海仅以一线之差赢得这场比赛……
在拓海困惑于毕业后的路向时，他与茂木夏树的态度也开始发生了转变，由于得知茂木夏树与开平治的男人有援助交际之后而疏远了茂木的拓海，在茂木夏树的努力下终于言归于好。然而拓海的同校前辈，足球队的御木(也就是在中一的时候给拓海打的那个)在圣诞假期回到秋名，并强行带走了茂木夏树以求再续前缘，在接到茂木夏树的求救电话后，拓海驾驶着86与御木的LANEVO3在雪地的秋名山进行一场剧斗，终于救回了茂木夏树。在回程中，茂木夏树终于向拓海说出了自己内心的想法……
终于到了春天，高中毕业了，竹内树成为了GS油站的正式员工，茂木夏树到了东京读书，而拓海在秋名湖边，向茂木夏树说出自己希望成为职业车手，向最快最强的赛车手进军的理想……
Project D计划……正逐渐的开展当中……
Der erste und einzige Film in der Initial D Reihe bildet hier das inhaltliche Verbindungsstück zwischen Second und Fourth Stage. Diesmal heißt es für Takumi alte Rechnungen begleichen, neue Herausforderungen annehmen und Entscheidungen bezüglich seiner Zukunft treffen. So soll nun das neue Gunma Team gegründet werden, doch Takumi ist sich dessen noch unsicher, auch wegen Mogi. Dieser innere Konflikt ist das Hauptthema der Third Stage, romantischer, dramatischer und bildgewaltiger präsentiert als in den ersten beiden Staffeln.
