‘Nerede bir güzellik varsa orada kavga vardır’ misali Kara Ağaç’ın kavgası da Harran’dan gelen genç bir adamla başlar. Harranlı Celal, bir avuç toprak için yakıp yıkmaktan, cana kıymaktan çekinmez. Diğer ağaları saf dışı bırakarak, maraba olarak geldiği Kara Ağaç’ta geniş topraklara sahip, kudretli bir ağa olur. Celal Ağa’nın zulmüne uğrayanlardan biri de Kara Ağaç’a su getirmek için gece gündüz çalışan Osman Ağa’dır. Osman Ağa’nın karısı Raziye ve Celal Ağa’nın karısı Asiye Hatun hamiledir ve ikisinin de aynı anda doğumu başlar. Kara Ağaç’ın geleceği dünyaya aynı anda gelen iki bebek ‘Ömer’ ve ‘Sultan’ ile dönüşü olmayan bir şekilde değişir. Yıllar geçer, Ömer herkes tarafından sevilen, Kara Ağaç’ı daha mamur hale getirmek için canla başla uğraşan bir genç olur. Yörede çökmesi uğursuzluk sayılan deve, yaklaşan fırtınanın habercisi gibidir. Sultan ise yıllar sonra Kara Ağaç’ın sonunu getirecek bir haberle geri gelir. Böylelikle Ömer ile Sultan’ın kaderleri yeniden kesişir.
Sultan’ın baraj yapımı için gelen bir mühendis olduğunu ilan etmesiyle herkes şok olur. Sultan’ın babası Osman Ağa’nın evine yerleşmesine ses çıkarmayan Celal Ağa’nın başka bir planı vardır. Ömer, babasının evlilik baskısına direndikçe onun karanlık yüzüyle tanışır. Ömer’in bir diğer sınavı ise Sultan’ladır. Onunla konuşarak hayatını düğümleyen baraj meselesini çözmeye çalışır. Asırlardır birçok sırra şahit olan Kara Ağaç, bu sefer Ömer için tarihi bir ana tanıklık eder.
Rahim’in ölümüyle Kara Ağaç’ta bütün dengeler altüst olur. Latif Bey, yaptığı hamleyle Celal Ağa’yı zor bir durumun içine sokar. Çıkmaza giren Ömer’e, gördüğü bir rüya yol gösterir. O yolun sonunda karşısında Sultan’ı bulur. Sultan, bir yandan Osman Ağa ile ilgili açığa çıkan sırrın ağırlığıyla savaşırken diğer yandan ise barajla ilgili kararını vermek üzere vicdanıyla baş başadır. Kara Ağaç, ya huzur bulacak ya da kavga, herkesi içine alarak büyük bir yangına dönüşecektir.
Sultan’ın, Osman Ağa’nın ölümüyle ilgili söyledikleri ve Merdo’nun Latif Bey’e teslim edilmesi Ömer’i hayal kırıklığına uğratır. Merdo adım adım infaza götürülürken Ömer, onu kurtarmak için kendi yöntemleriyle hareket etmeye karar verir. Sultan, babasının kendi eliyle yaptığı beşikte beklenmedik bir gizeme rastlar. Bu gizemin peşine düştüğünde beşiğin daha büyük bir sırrın parçası olduğunu anlar. İşin içinden çıkamayınca Sultan’ın yolu Asiye’ye düşer. Asiye bir yandan büyük sırrı açığa çıkarmakla tehdit eden esrarengiz kadınla baş etmeye çalışırken diğer yandan Sultan’ın zorlu sorularına cevap vermek zorundadır. Ömer’le arası bozulan Celal Ağa, tek varisinin elinden kaydığını gördüğü anda, tavrını değiştirir. Ömer’i kaybetmeyi göze alamayınca Latif Bey ile karşı karşıya gelir. Latif Bey, uğradığı hakaretin karşısında öyle bir hamlede bulunur ki Kara Ağaç’ta dengeler sil baştan değişir.
Merdo’nun teslim olmasıyla, Gülnaz serbest kalır. Latif Bey, olanların hesabını tek tek sormaya başlar. Kara Ağaç’ta, iki büyük aile arasında gerilim iyice tırmanır. Celal Ağa, Latif Bey’in hamlelerini karşılıksız bırakmaz. Ama Latif Bey’in, kendi ailesine uzanacak kadar ileri gidebileceğini tahmin etmemiştir. Bulduğu çaputla, sırrı çözmeye yaklaşan Sultan’ı, Naile durdurur. Ömer ve Sultan’ın, Kara Ağaç’ın kaderini birlikte değiştireceklerine dair inançları günden güne pekişir. Artık gördükleri rüyaların gerçek anlamını sorabilecekleri biri daha vardır. Raziye, Kara Ağaç’a dönmüştür.
Zeynep'in kocasının öldürülmesi, konakta şok etkisi yaratmıştır. Herkesin gözü Celal Ağa'nın üzerindedir. Ya savaş büyüyecek ya da dökülen kanın diyeti ödenecektir. Celal Ağa, Latif Bey'in sulh için uzanan elini sıkacak mıdır? Kara Ağaç'a dönen Raziye, Sultan'ı baraj hayalinden vazgeçirip bir an evvel geri götürmek derdindedir. Fakat Sultan, tam aksine projeyi hızlandırır. Sultan'ın meydan okurcasına açıkladığı yeni harita, Kara Ağaç'ta dengeleri nasıl değiştirecektir? Merdo'yu kurtarmak için harekete geçen ömer'in önünde, Sultan'ın desteğiyle birlikte yeni bir yol açılır. ömer ve Sultan, ortak bir amaç uğruna yürümeye karar verirler. Artık onlar için Merdo'yu kurtarmak, Kara Ağaç'ın kaderini değiştirmek ile eşdeğerdir.
Ömer ile Sultan, Merdo’yu kurtarmak için aşklarından aldıkları güçle büyük bir mücadeleye soyunurlar. İkilinin yakınlaşması Asiye ile Raziye için er ya da geç sırrın açığa çıkması anlamına gelmektedir. İki anne, çocuklarını korumak için onları birbirlerinden ayırmaya karar verir. Asiye bunun üzerine, ailesiyle birlikte Devranoğlu Konağı’na bir ziyaret gerçekleştirir. Ömer, Sultan ve Gülnaz’ın gayretleriyle mahkemeye sunulan yeni delil, Merdo için umut ışığı olur. Latif Bey ise bu hamleler karşısında boş durmaz.
Ömer, Merdo’yu kurtarmak için son bir gayret gösterse de çabaları karşılıksız kalır. Merdo’nun erkene alınan idamı herkes için büyük yıkım olur. Ömer, Latif Bey’e karşı savaşa açar. Can yakıcı bir saldırı hamlesi planlarken geçmişin karanlık sırları ortaya dökülür. Bu mücadelede Ömer’în en büyük destekçisi olan Sultan, Latif Bey’e meydan okur. Celal Ağa, beşikte oğlunun isminin yazılı olduğunu gördükten sonra sırrı çözmek adına Asiye ve Naile’nin üzerine gider. Konakta ortaya çıkan karmaşa Ayten için bulunmaz fırsattır. Asiye ile Raziye’nin çocuklarını ayırma planında beklenmedik bir gelişme olur. Sultan’ın başına gelen olay her şeyi altüst eder. Ömer, hayati bir kararın eşiğinde sıkışıp kalmıştır.
Ölümden dönen Sultan, Ömer’i yanında göremeyince bir şeylerin ters gittiğini anlar. Sultan, Ömer’le yüzleşmesinden sonra onunla birlikte kurduğu hayali tek başına sürdürmeye karar verir. Hem Celal Ağa’ya hem de Latif Bey’e karşı büyük bir mücadeleye girişir. Sultan’ı korumak için sevdasından vazgeçen Ömer, düğün hazırlıklarının hızlanmasıyla sıkışıp kalmıştır. Üzerine bir de Sultan’ın, Kara Ağaç’tan ayrılma kararıyla sarsılır. Ömer Sultan’ı kararından döndürebilecek midir? Celal Ağa, konaktaki sırrın Ayten’de düğümlendiğini fark eder. Bir yandan sırrın peşine düşerken diğer yandan büyük planını gerçekleştirmeye devam eder. Ayten’in can havliyle yaptığı son hamle ise Sultan’ın hayatını alt üst eder.
Öğrendiği sırla hayatı altüst olan Sultan, Kara Ağaç’ta kalmaya verir. Diğer tarafta Ömer ile Gülnaz’ın düğün hazırlıkları tüm hızıyla sürer. Karaağaç’a has adetlerle yürütülen düğün süreci Ömer’e ağır gelir. Ayten, hapisten kurtulmak için sırrı Latif Bey’le de paylaşmaya karar verir. Latif Bey, Celal Ağa’ya karşı kullanacağı bu fırsatı kaçırmaz. Celal Ağa, sessiz ve derinden ilerleyerek büyük planına devam eder. Celal Ağa, istediğini elde ederse Kara Ağaç’ın rakipsiz, tek hâkimi olacaktır.
Kara Ağaç’ta herkes kana bulanan düğünün şokunu yaşar. Merdo’nun masum olduğunu düşünen Ömer için oklar Celal Ağa’yı gösterir. Ömer, aradığı kanıtı bulduğunda baba oğul karşı karşıya gelir. Babasına meydan okuyan Ömer yeni bir mücadeleye girer. Sultan, Ömer’in Gülnaz ile evlenmesinden dolayı kırgındır. Düğünü kana bulayan Celal Ağa’nın zalim yüzüyle bir kez daha karşılaşan Sultan, Celal Ağa’nın gerçek hikayesini öğrenmeye karar verir.
Ömer, Celal Ağa'ya meydan okuyup kendi toprağının sahibi olduktan sonra baba-oğul arasında mücadele başlar. Taraflar, ekim şenliğinde karşı karşıya geldiğinde herkes acı bir şekilde anlar ki Kara Ağaç'ta safların ayrılma vakti gelmiştir.
Sultan, Celal Ağa'nın safında yer alınca Ömer ve Raziye ile arası açılır. Celal Ağa, Sultan'a, Ömer'in yokluğunda işlerin başına geçmesini teklif eder. Ömer'in tohum deposunu ortadan kaldırmak için plan yapan Celal Ağa, Ömer'i kaybetmekle karşı karşıya kalınca onu konağa getirmek için son kozunu oynar.
Kara Ağaç’ta ekime devam eden taraflar ‘toprak kurdu’ sorunuyla karşı karşıya kalır. Ömer, ekim yapmayı imkânsız hale getiren bu problemin üstesinden gelebilmek için Osman Ağa’nın yıllar evvel ürettiği çözümü bulmak zorundadır. Sultan’ın büyük sırrı bildiğini öğrenen Asiye, zor ve acı verici de olsa kızıyla duygusal bir yüzleşme yaşar. Sultan, gerçek annesiyle kavuşmanın coşkusu içindeyken sevdiği adamı kaybetmenin eşiğine gelmiştir. Kavuşmalarının önündeki engelin sır olduğunu bilen Sultan, Ömer’e büyük sırrı açıklayacak mıdır?
Ömer ile Sultan, Celal Ağa'yı Merdo'nun elinden yaralı halde kurtarır. Ölümle yüzleşmek baba-oğul arasındaki buzları eritir. Sultan, dengeleri altüst etmemek adına büyük sırrı Ömer'le paylaşmaktan vazgeçer. Ömer, Sultan, Merdo ve Gülnaz büyük bir yüzleşmenin eşiğine gelir.
