遠い未来、人類が外宇宙に進出、地球以外にも定住し、多くの惑星国家が成立した。しかし、空間の拡大と人口の増大に比例して、紛争規模も拡大していた。相次ぐ大規模紛争を回避する為に、各惑星系政府は協議の上、『宇宙惑星連合』を成立させ、平和と安全の維持、人類と言う「種」の更なる繁栄を目指した。その為、武力を使う紛争は減少し、各星系は繁栄の道を歩み始めたが、それに伴い今度は経済による衝突が顕在化し始めた。それらは新たな惑星間戦争の火種になる事が十分に懸念されたため、宇宙惑星連合は惑星国家群相互の関税と貿易を監視し、取り締まる実行機関として、銀河通商関税機構（Galactic Organization of Trade and Tariffs）＝GOTTを設立した。GOTTに所属する2人の少女、「美獣」とも言える戦闘能力を誇るエクレール（声：永田亮子）と超コンピューター的情報処理に長けているリュミエール（声：平野綾）は、普段はGOTTの受付嬢をしているが、局長エクリプスの特務指令『Eシフト』を命ぜられると、経済に基づく紛争に、実力で対抗するエージェント、『ESメンバー（Encounter of Shadow－work Member）』の任務に就くのだった。2人は専用の高速巡航艦・ラミューズを駆り、ガードロボットのドナシュラークと共に、各惑星間や組織間の諸問題を、時にはスマートに、時には破滅的に解決を図る。しかしその活動自体には、罠が潜んでいた……。