大きな月が空に浮かんだ夜。もうすぐ中学2年生になる朝日奈みらいは、空から何かが落ちてくるのを見た。彼女は好奇心が旺盛。次の朝、みらいはぬいぐるみのモフルンを連れて、前日に見た何かを探しに行く。
みらいとリコは、伝説の魔法つかい・プリキュアに変身した。みらいは、魔法学校に戻って校長先生に相談する、と言うリコに連れられて魔法界へ行くことになった。勝手に魔法界から出てきたリコは…。
春休み中、みらいはリコと一緒に魔法学校に通うことになった。早速、魔法商店街で、学校の制服や魔法のほうきを買う。これでみらいの気分はすっかり魔法使い。だが、すぐに魔法使いにはなれず…。
魔法学校の授業が始まった。みらいとリコと一緒に勉強するのは、ジュン、エミリー、ケイ。アイザック先生の下、計6回の授業を受けることになった。授業では紙でできた魔法の蝶々を捕まえたりする。
みらいとリコは、図書室で魔法界の伝説の本「リンクルスマホン」を見つける。すると、リンクルスマホンから突然、妖精の赤ちゃんが生まれた。校長先生もそのことが理解できず、どうすることもできない。
3回目の魔法の授業。リコは教室に入ってきた先生を見て驚く。先生は彼女の姉・リズだった。リズは魔法学校の生徒だが、魔法の杖を使うのがうまかった。体調不良のアイザック先生に代わって、リズが教えることに。
魔法の授業は、海の中で始まった。先生は人魚のロレッタ先生だ。マール貝に話し掛けて、口を開くことができれば、合格となる。マール貝は無理矢理開けようとしたり、大声で話し掛けても、全く口を開かない。
5回目の魔法の授業は、空を飛ぶペガサスと一緒に魔法のはねペンで記念撮影をすることだ。そうするには、魔法のほうきでペガサスを追い掛ける必要がある。みらいは1人でほうきに乗るのは初めてだが…。
魔法の授業では、最後のテストが行われる。リコは合格すれば、2年生になれる。テストの内容は、つぼみに魔法をかけてビックリ花を咲かせること。みらいは、やる気があるが、リコは少し寂しそうだった。
みらいは補習の授業も終わり、ナシマホウ界に帰ることになった。そんな時、リコがほうきでみらいが乗っているカタツムリニアを追い掛けてきた。リコもナシマホウ界へ行くことになったため、2人は大喜びする。
みらいはリコと一緒に、久しぶりに家に帰ってきた。リコは、みらいと同じ中学校に通うことになった。また、みらいのお母さんから「うちから通えばいいじゃない」と言われ、リコはみらいと一緒に暮らすことになった。
ナシマホウ界の学校の授業が始まる。リコは勉強に自信があり、張り切っていた。放課後、クラスメートにバレーボールに誘われても、みんなが遊ぶ様子をメモして、バレーボールの研究のために先に帰ってしまう。
みんなでバーベキューをすることになった。みらいとリコは、友達たちと一緒にみらいのお父さんの車で目的地に向かうことになった。また、魔法界からリコの姉・リズがやって来て、彼女も一緒にバーベキューをする。
リコは数学のテストで、クラスで1人だけ100点を取った。一方、みらいは赤点を取ってしまう。再度テストを受けることになったみらいだが、国語、英語、理科は気持ちが高ぶるのに、数学だけはそうならなかった。
ある朝のこと。お腹がすいて目が覚めたはーちゃん。みらいやリコに朝ごはんを食べようと言いたいが、寝坊したみらいは準備に大忙し、リコは授業の予習をしていて、モフルンは寝ぼけて、起きようとしない。
魔法界で一緒に授業を受けたジュン、ケイ、エミリーがナシマホウ界へやって来て、みらいとリコは大喜び。だが、魔法学校の2年生になったジュンたちは、魔法が上手に使えるようになっていてリコは焦る。
家で掃除をするみらいたち。すると、古いアルバムが出てきた。ある公園で写っている15歳ぐらいの女の子は、みらいのおばあちゃんだった。この公園で出会った不思議な人のことを忘れられないとおばあちゃんは言う。
はーちゃんが持っていたリンクルストーン・ガーネットが、ガメッツに奪われてしまい、はーちゃんはショックで泣いてしまう。そんな時、みらいとリコ宛に手紙が届いた。それは、ガメッツからの挑戦状で…。
はーちゃんの言葉に答えたリンクルスマホンの光が、ガメッツの闇のオーラを消した。みらいとリコは、このことを校長先生に聞いてみようと魔法学校へ向かう。ところが、校長先生は誰にも言わずにいなくなっていた。
リンクルスマホンの中で、熟睡してしまったはーちゃん。すると、スマホンが光り、開かずの扉が開いた。だが、扉の先に向かうと、そこはぶどうが並んだ魔法商店街。校長先生はどこを探しても見当たらない。
はーちゃんが眠っているリンクルスマホンをドクロクシーが飲み込み、完全体になった。魔法樹の葉がどんどん枯れて、魔法界もナシマホウ界も闇に包まれていった。だが、みらいはめげずに、リコとモフルンを励ます。
消えてしまったはーちゃんは、どんなに探しても見つからなかった。みらいは、あきらめきれず「もう一度、はーちゃんを探しに行こう」と言う。だが、リコはもっと勉強をするために魔法界へ帰ることを決めていた。
はーちゃんが、みらいたちと同じぐらいの大きさの女の子になって帰ってきた。みらい、リコ、モフルンは抱き合って再開を喜ぶ。魔法のほうきで空を飛んでみたかったはーちゃんは、みらいの後ろに乗せてもらう。
みらいの家で暮らすことになったはーちゃんは、よく寝て食べて、元気いっぱい。一方、みらいははーちゃんと同じベッドで寝ているため、寝不足気味だった。そこで、屋根裏部屋をはーちゃんの部屋にしようとする。
夏休みとなり、みらい、リコ、はーちゃんは、みらいの家族やクラスメートのまゆみとかなも誘って海へ行くことになった。到着してすぐに、イチゴメロン味のかき氷がおいしい海の家へ向かってみると…。
はーちゃんは、何度もヤモーに狙われる。自分のせいで、みらい、リコ、モフルンを 危険な目に遭わせていると思ったはーちゃんは、家を出た。行く当てもないはーちゃんが歩いていると、背後に怪しい影が現れる。
みらい、はーちゃん、モフルンは、魔法学校の夏休みを体験しようと、リコと一緒に魔法界へ向かった。学校の中では、生徒たちが忙しそうにしている。それは魔法学校の夏祭りの準備をしているためだった。
魔法学校の夏祭りが開催される。魔法界では、あらゆるものがナシマホウ界で見るものとは違っていて、みらいは大はしゃぎする。クライマックスの打ち上げ花火に使うのは、人の背たけよりも大きなドンドン花だった。
みらいたちは、魔法学校の図書館で絵本を見ていた。ナシマホウ界と同じように「シンデレラ」などの絵本が置いてあるが、ストーリーが少し違う。モフルンは、寮の部屋に戻ってからも「シンデレラ」に夢中になる。
魔法界での夏休みも終わり、みらい、リコ、はーちゃん、モフルンはカタツムリニアに乗ってナシマホウ界へ帰ることになった。そんな中、ジュンたちから「自由研究を手伝ってほしい」とお願いされて…。
みらいたちは、カタツムリニアに乗って魔法界からナシマホウ界へ帰る。だが、車両がカタツムリニアから外れてしまい、宙に投げ出されてしまった。車両から外に出てみたが、カタツムリニアはどこにもいない。
2学期が始まる。みらいとリコがいる中学校にはーちゃんが転校してくることになった。初登校日、みらいやリコと同じ制服を着たはーちゃんは、心が弾んでいた。そんな中、クラスメートの壮太は元気がなかった。
魔法界で考古学者をしているリコのパパ・リアンがナシマホウ界にやって来た。リアンは、いつも仕事で世界中を飛び回っていて、リコと会うのは久しぶり。だが、調べものに夢中でリコのことはそっちのけだった。
クラスメートのまゆみが、ある男の子に一目惚れした。だが、名前もどこの学校に通っているかも不明で、分かっているのは着ている制服だけだった。みらいは、その話を聞いてまゆみを応援することにした。
みらいたちの学校では、生徒会長を決める選挙が始まり、リコは立候補することにした。すると、リコはポスターを作り、モフルンをマスコットキャラクターにして、みらいやはーちゃんたちに協力してもらう。
みらいの家では、パンケーキとハチミツ、クリームでおやつの時間を過ごしていた。すると、みらいの家からの甘い匂いに誘われて妖精が部屋に入ってきた。それは、プリキュアを狙うオルーバのスパイ・チクルンだった。
再び校長先生が魔法学校からいなくなる。みらいたちは、教頭先生から連絡をもらい、カタツムリニアで魔法界へ向かう。そんな中、水晶のキャシーから校長先生がぬっくい島にいるとの情報が寄せられる。
魔法界のお祭りの日。街はお菓子であふれ、みらいたちの気持ちは高ぶる。ところが、リコは「そんなに甘いお祭りじゃない」と一人気合が入っていた。そんな中、ナシマホウ界のアイドル・マユが姿を現す。
魔法学校のみんながハロウィンを体験しようと、ナシマホウ界にやって来た。みらいはモフルンに、リコは黒ネコに、はーちゃんはユニコーンに、モフルンは憧れのプリキュアの仮装にチャレンジするが…。
テレビで活躍している料理研究家のリリアが、大量の野菜や肉、フルーツを抱えてみらいの家へやって来た。テレビでリリアを見ていたみらいたちは驚くが、彼女は、リコのお母さんだった。今日はリコの誕生日だった。
魔法界とナシマホウ界の行き来が早くなったため、学校から帰ったみらいたちは、すぐにカタツムリニアで魔法界へ向かう。そして、魔法学校でも魔法の勉強をして、その後はまたナシマホウ界に戻って夕食を取る。
魔法学校で調理実習をすることになった。魔法界に泊まったみらいたちも一緒に参加する。リズ先生が教えてくれるのは、魔法で作るナシマホウ界のプリン。手を使わずに、卵を割ったりする様子にみらいたちは驚く。
アメジストの力で、チクルンのふるさとである妖精の里への扉が開く。そこには、うっとりとするような妖精の世界が広がっていた。その時、はーちゃんは頭にある昔の記憶がよぎったため、小さな体に戻ってしまう。
何かが光り、みらい、リコ、はーちゃんが小さな子供になってしまった。空からオルーバが3人に何かをしたらしい。みらいたちは大慌てで、校長先生に相談しようとするが、結局子供であることを楽しんでしまう。
魔法学校の校長先生がナシマホウ界にやって来た。見た目が若くてイケメンな校長先生は、カフェにいるだけで、みんなの注目を集める。みらいたちは、落ち着いて話をしたくて、校長先生を近くの公園へ連れ出す。
魔法商店街はクリスマスムードに包まれていた。みらいたちは、魔法界のサンタに会いに行き、サンタの帽子をかぶったグスタフさんやアイザック先生を発見。また、みらいは、サンタの正体が魔法使いだと知り驚く。
冬休み最後の日。みらいは、ナシマホウ界でしかできないことをしようと考え、みんなと初詣に行くことにした。神社でみらいたちは、「魔法界もこっちの世界もみんな一緒に笑顔になれたら」と願う。
ナシマホウ界なのに、ペガサスや魔法のほうきで飛んでいる人が存在していた。ナシマホウ界と魔法界が混ざり合ったような世界が築かれていたのだ。みらいたちは校長先生にこのことを説明しようとする。
プリキュアたちの強い思いが届いたことによって、レインボーキャリッジに太陽の魔法陣が完成した。3人は手を繋ぎ合って、デウスマストの「終わりなき混沌」にひるむことなく立ち向かおうとするが…。
みらいたちは「もう会えないかもしれない」と思っていたが、再会が叶って大喜び。モフルンも話すことができるようになった。成長したみらいたちは、思い出の公園でイチゴメロンパンを食べながらおしゃべりをする。
人間界にやってきたみらいとリコは偶然、先輩であるプリンセスプリキュアと出会う。ところが魔女・ソシエールと手下のトラウーマに襲われ、離れ離れになってしまった。魔女たちが狙うのは「プリキュアの涙」。その涙で最悪の魔法が完成するというのだが…。
どんな願いもかなえてくれるという「願いの石」。その復活を祝う大魔法フェスティバルで、朝日奈みらいたちは石へ願い事をする。石の力に選ばれたのは、何とモフルン。ところが、突然現れた謎の熊・ダークマターにモフルンが連れ去られてしまい…。
