Das VirenBiest hat ProtoMan ausgelöscht. Lan und seine Freunde machen sich auf zum Anwesen von Mr.Gauss, nicht wissend, dass es inzwischen das Hauptquartier von Mr. Wily ist. Dort finden sie die verschwundenen NetNavis und den Käfig des Monsters.
The Grave VirusBeast continues absorbing the internet. Lan and his friends team up with former WWW members to try and stop Grave. However, Mr. Gauss and MagnetMan intervene, and a strange bug left behind by Bass in MegaMan's system begins to consume him. Meanwhile, Bass attempts to absorb the VirusBeast, but is himself absorbed instead.
ブルースもまたゴスペルに吸収されてしまった。炎山の情報によると、今回の事件にはガウスが絡んでいるという。熱斗達は元ＷＷＷ基地からプラグイン、ガウスの電脳空間へロックマンらを送りこむ。そこには消えたナビ達が収容されていた。ロックマンはマグネットマンと戦うが大苦戦。そして再びゴスペルの前に現れたフォルテは一度はゴスペルを自身の中に取り込むが・・・。
Il Virus Bestia della Grave continua ad assorbire tutti i Net-Navi della rete. Lan e i suoi amici fanno squadra con gli ex membri della Mondo Tre per cercare di fermare la più tremenda minaccia che mai abbiano affrontato finora; tuttavia, Mr. Gauss e MagnetMan intervengono a difesa del Virus Bestia, e uno strano bug lasciato da Bass nel sistema di MegaMan inizia lentamente a consumarlo. Nel frattempo, Bass tenta di assorbire tutto il potere del Virus Bestia, ma finisce egli stesso assorbito al suo interno. Mr.Wily si manifesta a tutti come capo supremo della Grave, svelando di aver progettato il Virus Bestia partendo dai dati residui di PharaoMan e che anche Bass è un prodotto incompleto elaborato dai dati di quest'ultimo.
