Years after the events of Megazone 23 II, the only city on Earth is the supposedly idyllic Eden. There lives Eiji Takanaka, a B Level hacker who has just been accepted into EX, the organization that controls Eden. However, before his first day on the job, he becomes embroiled in a network war, a legendary figure named EVE, and a plot to re-inhabit the Earth.
Mille ans après le retour de la Megazone 23 sur Terre, la cité d'Éden dresse ses flèches luxuriantes vers le ciel. Entièrement gérée par le Système, un complexe informatique hautement sophistiqué, ses citoyens y mènent une vie paisible et heureuse faite de loisirs et de jeux. Mais les hackers perturbent le bon fonctionnement de la cité radieuse, pour des motifs troubles ignorés du grand public : la société E=X les pourchassent sans répit mais le dirigeant de cette organisation illégale reste inconnu.
Secoli dopo gli eventi di Megazone 23 part II, sulla Terra i sopravvissuti dell'astronave Megazone 23 hanno fondato l'idilliaca città di Eden. Qui vive Eiji Takanaka, un hacker di livello B, assunto dalla EX, l'organizzazione che si occupa del controllo di Eden, di proprietà del misterioso Bishop Won Dai. Durante il suo primo giorno di lavoro, Eiji viola il sistema dell'azienda per ricavare informazioni sul programma conosciuto come Eve.
(2화의 내용이 있은 지 상당히 긴 시간이 지나고) 지구에 정착한 메가존의 시민들은 다시금 지구를 메가존에서와 같은 환경으로 만든다. 그러던 중 상당한 게임실력을 가진 타나카 에이지와 그의 친구들은 게임 실력을 인정받아 회사에 입사한다. 그러던 중 에이지는 우연히 오랜 시간이 지난 쇼고의 베히모스(가란드)를 발견하고, 시스템 이브의 중추인 실제 이브를 만나 쇼고가 완전히 성공하지 못한 것을 자신이 이어받아 웜을 타도하려 한다. 그러나 웜의 인간을 넘어선 힘에 결국 에이지 역시 당하고 마는데...
地球に残された唯一の街・エデンシティ。
バイクとゲームに明け暮れる少年、エイジ・タカナカは、友人たちと訪れたサイコランドでウエイトレスのリョオと出逢った。リョオはCGパフォーマーであるイヴに憧れるごく普通の少女だが、なぜかネットワーク上にリョオに関するデータが存在しない。エデンシティでは大規模なハッカー集団であるネットジャッカムが横行していたのだ。超一級のハッカーでもあるエイジは、親友のバドと共にリョオのデータを消した犯人を探そうとネットワークの不法侵入を試みた。
ハッキングに失敗したエイジは、彼の所属するシティのシステム管理機関E-Xで反逆行為だと厳しく糾弾されるものの、ネットジャッカムに対抗するためにはエイジの高い能力が必要という事もあり、その件は不問に伏されガーランド部隊に配属される。シティの動脈というべきネットワークを守るために結成されたガーランド部隊は、ついにネットジャッカムのシオン率いるハーガン部隊と激突した!
エデンシティを支配するE-Xと、それに反発するネットジャッカム。
しかし戦いの最中、エイジの身体はシステムを介して侵入してきたE-X局長のヤコブに乗っ取られてしまう。その猛攻に倒されるシオン。その時彼は、エイジにエデンシティの最下層「ポイント・ゼロ」へ行くように言い渡した。
「まさか、そんな…」
そこでエイジが見たものは、なんと静かに横たわる本物のイブだった。
Nachdem die Erde von der Gier und der Rücksichtlosigkeit der Menschen völlig verwüstet wurde, beschloss die Menschheit ihren Planeten zu verlassen, um in gigantischen Städten weiterzuleben. Diese Städte, die innerhalb von riesigen Raumschiffen angelegt wurden, nannte man »Megazones«. Jedoch schaffte es von allen Megazones lediglich Nummer 23 wieder zurück auf die nun wieder regenerierte Erde zurück.
