Right after Ran admits being the criminal behind everything, she and Shinichi are separated and put to sleep. Hearing Takagi's voice, Shinichi wakes up, finding himself at Beika Marina and Ran lying still nearby. However, Ran is declared dead by a Medical Examiner named Hajime Hirata, and will be dissected to find out the cause of death; Shinichi can't do anything, being taken to the police station as an important witness. He and Kogoro later deduce Ran is only in an "apparent death" condition and may be revived. Will Shinichi be able to locate the true culprit of the white room? More important, can he save Ran?
新一はホワイトルームに閉じ込められてきたのは蘭の仕業だと推理した。しかし2人の間にガラスの間仕切りがされた後、白いガスが注入され、2人は意識を失う。高木刑事に声をかけられ新一が目が覚ますと、近くで横たわっていた蘭が警察に取り囲まれていた。監察医の平田は蘭が絶命していると診断し、死因究明のために解剖すると告げ、さらに自分を覚えているかと新一に尋ねる。事件の重要参考人として警察に連行された新一は隙を見て逃走し、現場の米花アリーナで小五郎と合流。そこに落ちていた蘭の携帯電話と佐藤刑事から聞いた現場の状況などから、蘭は急速冷凍され、まだ生きているかも知れないと新一は推理。そこへ真犯人から蘭の携帯電話に着信があり、1時間後に蘭が解剖されることを聞いた新一は小五郎とともに警察署内の遺体安置所へ急ぐ。遺体安置所で蘭が横たわっている棺桶にはロックがかかっており、解錠するためのキーワード入力画面に出てきた日付は2009年5月15日。この日付は、宅配便会社の冷凍倉庫で殺人事件が起きた日で、被害者が誤って冷凍倉庫に閉じ込められたという平田の診断が誤りだと指摘し、被害者が殺された後で冷凍倉庫に運び込まれた殺人事件だと新一が推理（回想のみで、この事件の真犯人については本編では描写されていない）。入力したキーワードは「ヒラタハジメ」。キーワード入力後に解錠したが、棺桶に横たわっていたのは蘭ではなく、腹部にメスの刺さった人形だった。
