重慶の連合軍司令部の動きを察知しつつ、なかなか腰を上げなかったギガノス上層部に対して、グン・ジェム大佐は苛立っていた。彼は「ギガノスの汚物」と蔑まれ、恐れられる凶悪な部隊の隊長として、独断で重慶への攻撃作戦を実行しようとついに動き出す。 一方、重慶ではプラート博士の指揮の元、リンダとローズもスタッフに加え、ドラグナーの徹底リチューンが行われていた。もはや新造メタルアーマーと言ってもおかしくないほどの徹底改造を施され、ドラグナー３機は大きく生まれ変わる。しかし格段にアップされたスペックに、ケーン、タップ、ライトは振り回されるだけだった。ドラグーン部隊との模擬演習対決でまだ自分たちがドラグナーのカスタム機をうまく扱えていないことを痛感させられたケーンたちは、その一方でライバル視していたドラグーン隊の働きを見て素直にその実力を認める。 そこへグン・ジェムの部隊が攻撃に現れた。出撃したドラグーン隊はセオリーを無視するグン・ジェムの戦いに手も足も出ない状態。ケーンたちも出撃するが、敵の圧倒的な戦闘力の前に彼が撤退するのを待つしかなかった。 一同は新たな敵を脅威に思いつつ、自分たちが独立部隊「ドラグナー遊撃隊」に任命されると知り新たな闘志をみなぎらせる。