When people finish their day and hurry home, his day starts. His diner is open from midnight to seven in the morning. Pork, miso soup combo, beer, sake and shochu is all that he has on his menu. Nevertheless, he makes whatever his customers request as long as he has the ingredients for it.
華燈初上，新宿的某條小巷裡，食堂老闆(小林薰 飾)的一天才正要開始。菜單上只有一道菜和三樣酒，但請隨意點菜，條件若允許就可以料理。營業時間是晚上十二點到早上七點左右，大家都稱這裡作「深夜食堂」。
聽說男人都抗拒不了穿喪服的寡婦，在出版社擔任編輯的範子(河井青葉 飾)，卻有個奇怪的癖好：穿著喪服、大吃燒肉定食來舒壓。沒想到卻在參加真正的喪禮時，對一面之緣的男子產生好感，她能就此逢凶化吉迎接幸福嗎？明明身為蕎麥麵店第二代傳人的清太(池松壯亮 飾)，卻更喜歡吃炒烏龍。不想成為媽寶，白天作著簡單的麵店外送工作，不得已週旋在母親與比自己大十歲的女友之間；接到兒子需要錢救急的電話，從九州鄉下匆匆趕來東京的夕起子(渡邊美佐子 飾)，來到深夜食堂點了唯一出現在菜單上的豬肉味噌湯，當她訴說著自己的遭遇，本人雖然毫無自覺，但週遭常客卻都想著「被詐騙了吧」，私下為她擔心著。
新年即將來臨，這一夜大家齊聚在深夜食堂，把煩惱一口口吃下肚，無論心中有著什麼樣煩惱的人，總能在享用老闆的美食後獲得重新出發的力量，這就是深夜食堂的魔力。
