ラオモト・カンの強大な力の前に倒れるニンジャスレイヤー。 その時、彼のニューロンに宿るナラク・ニンジャがついに肉体を完全支配し、 暗黒カラテの力でラオモトに対抗する！ 邪悪なるニンジャソウルに呑まれ、異形の怪物へと変わり果ててしまったニンジャスレイヤー！ このままでは、たとえラオモトを倒せたとしても、彼は永遠に呪わしき怪物と成り果ててしまう。 だが力の源たる憎悪を否定すれば、妻子の仇は討てぬのだ！ その時、ドラゴン・ドージョーより授かりし奥義とインストラクションがフジキドの脳裏に響き、 ゼンめいた悟りをもたらす。 ……ジゴクより再び甦れ、ニンジャスレイヤー！ いまや一心同体となったフジキドとナラクは、ラオモトに最終決戦を挑む！ 「ニンジャ、殺すべし！」