Após a morte do pároco local, Amaro chega a Leiria para o substituir. O seu amigo e confessor Cónego Dias instala-o na casa de São Joaneira, uma viúva sua amiga. Cedo se cria uma cumplicidade entre o jovem padre e Amélia, a filha da dona da casa.
Afetado pelo deslize cometido, Amaro sai de casa da São Joaneira para grande desgosto de Amélia. João Eduardo, o seu eterno pretendente, faz avanços e põe Amélia a pensar no futuro, mas o regresso de Amaro leva João Eduardo a tomar medidas drásticas.
O artigo de jornal provoca ondas de choque na sociedade leiriense e faz divergir os caminhos de Amélia e Amaro. Natário desmarcara o autor do artigo e alia-se a Amaro para arruiná-lo. Josefa Dias organiza um jantar especial que aproxima novamente Amélia e Amaro.
João Eduardo é despedido, humilhado e abandona Leiria. Amaro arquiteta um plano para poder estar a sós com Amélia regularmente. Profundamente apaixonados, Amélia e Amaro vivem um verdadeiro idílio, mas uma sombra paira sobre a relação.
Preocupada com Amélia, São Joaneira pede ao Cónego Dias para investigar. Amaro é confrontado pelo seu mestre, mas ganha um aliado. O cónego leva São Joaneira a banhos, enquanto Amélia trata de Josefa na sua convalescença, o que permite esconder a sua gravidez.
Amaro decide retirar a criança a Amélia e entregá-la a uma ama no dia do seu nascimento, mas a separação traz consequências inesperadas.
Making of da série "Crime do Padre Amaro". Os bastidores, conversas com o realizador, guionistas, equipa técnica e atores sobre as suas personagens e todo ambiente vivido nas filmagens.
