Paulino, recién ordenado sacerdote, tiene todo preparado para irse a Ruanda de misiones pero el obispo le cambia sus planes. Tienen una baja y le mandan temporalmente al pueblo de Villanueva de San Francisco donde están en vísperas de sus fiestas patronales. Al descubrir la extraña manera de celebrar las fiestas del patrón tendrá su primer enfrentamiento con sus vecinos.
Una granizada rompe el tejado de la iglesia y Paulino se ve en la necesidad de encargar el arreglo. Acude a donativos y al obispado para conseguir el dinero pero estos son insuficientes. El Nano se presenta dispuesto a comenzar la reparación, pero Paulino se encuentra con el problema de buscar un sitio alternativo donde dar misa.
Las obras en la Iglesia se complican y Paulino acude de nuevo al obispo. Se siente superado y tiene a los vecinos en contra. Este le recomienda que se busque una actividad que le relaje. Ya encontrará el modo de hacerse con la parroquia. Así Paulino cada vez se ausenta más del pueblo y toma una actitud de distanciamiento lo que hace cundir rumores de todo tipo.
Paulino sigue con su política de hacer recortes para pagar las obras. Dando misa se da cuenta de que el grosor de las hostias representa un peligro y es hora de cambiar de proveedor. Lo que pasa es que el proveedor es Lidia y ésta emprende una campaña en contra de Paulino haciendo que nadie acuda a las celebraciones.
Las obras continúan en la parroquia y se recomienda retirar la talla de San Francisco. Esa ocasión se aprovecha para que el Santo peregrine por las casas de los feligreses. Amelia y Trini entran en dura pugna por llevarse las primeras al santo. Irene y Paulino cada vez sintonizan mejor en el baile.
El hijo del alcalde y la sobrina de Amelia quieren casarse en la parroquia. Paulino superado por el trabajo le pide a D. Primitivo que se ocupe de darles un cursillo acelerado. Salvador está dispuesto a todo con tal de que no se oficie una ceremonia religiosa y le ofrece un piso a la pareja a condición de que no se casen por la Iglesia e imponer sus condiciones.
Las beatas caminan por la carretera y ven a Paulino reunirse con la profesora a escondidas, e irse juntos en el coche. Los rumores de que están liados no tardan en extenderse y aunque Paulino explica lo de las clases de baile nadie parece dispuesto a creerle. Paulino llega a plantearse si lo mejor es abandonar el pueblo.
El padre de Macarena un exsindicalista y comunista de toda la vida muere de un infarto. Todo se prepara en su funeral y en la lectura de sus ultimas voluntades ven que quiere que se le entierre por el rito católico y con un coro. Por otro lado Salvador insiste en hacer un funeral laico mejor que el religioso.
Ludivina se siente atraída por Pablo y piensa que sus sentimientos son mutuos. Pero debe poner fin a eso y escribe una carta que se extravía. Pablo se volverá loco intentando evitar que esa carta llegue a su mujer. En la parroquia hacen una colecta en favor de los niños de Ruanda. Los vecinos al principio son reacios a los métodos de Paulino y tiene que recurrir a las viejas huchas. La cosa no se da mal pero Don Primitivo pierde el dinero camino del obispado. Paulino e Irene siguen con las clases de baile. Discrepan sobre cual es el mejor modo de ayudar.
La esposa de Salvador le ha puesto de patitas en al calle sin darle tiempo ni tan siquiera a coger la ropa. Esto hace que Salvador poco a poco se vaya poniendo en contra a todos sus vecinos. Manda a la policía a cerrar la iglesia, cierra el centro social, el bar, despide a su cuñao del ayuntamiento. Los vecinos deciden entonces movilizarse en su contra. Por otro lado Paulino intenta poner solución a la discusión con su mujer pero no parece obtener los resultados deseados.
Paulino se entrena junto a Irene para participar en un concurso de baile. El problema surge cuando el padre Medina empieza a soñar recurrentemente con que besa a Irene. Esto hace que renuncie a seguir bailando con ella y le lleva a replantearse su fe. Así que pide su traslado al obispo. Salvador se ha casado con Rocío para confirmar los votos y esta además le pide que debe ir a misa.
Paulino, tal y como le pidió, redacta una carta para el obispo. En ella relata como han sido los últimos meses al frente de la parroquia. Mientras tanto se ocupará de las rencillas entre Concha y Amelia. Paulino entrega su carta al obispo que aún sin conocer sus auténticos motivos acepta su renuncia.
Paulino comunica a los vecinos que va a dejar el pueblo. Los feligreses no entienden sus motivos. Ni tan siquiera Irene que se enfada por el plante en el concurso y ahora esta huida. El vecino que hace el número cuatro mil muere solo en su finca. Esto es una desgracia para Salvador porque un descenso demográfico le dejaría sin ayuntamiento. Salvador moviliza a El Nano y el agujetas para hacer desaparecer el cadáver.
Salvador se resigna a la nueva situación tras la marcha de Paulino, la muerte de Mateo y la negativa de Alberto, el nuevo párroco, a empadronarse en el pueblo. Los días de Villanueva como ayuntamiento independiente están contados. Paulino se encuentra a las afueras de Villanueva cuando recibe una llamada que le obliga a dar la vuelta y volver al pueblo.
La doctrina es clara: los niños que mueren sin bautizar acaban en el limbo. Ante esta dramática perspectiva Amelia y don Primitivo sienten que tienen la obligación de bautizarlo, aún sabiendo que Pualino se opone por no tener el consentimiento de los, todavía desconocidos, padres. Vicentito, el antiguo sacristán de Villanueva, mantiene un tira y afloja con Inma, la nueva sacristana.
Conchi no puede comprender los motivos que puede tener Dios para haberla castigado con unos hijos como los suyos. Paulino piensa que Conchi ha descubierto que su hija es la madre del niño abandonado, lo que ocurre es que ha sorprendido a Rodolfo, su hijo, en la cama con un hombre. Salvador ve en esta situación la posiblidad de dar un golpe a la Iglesia, piensa oficiar la primera boda gay de Villanueva.
Juande juega la partida sin saer que dentro de poco tendrá que cambiar de bando. Salvador, le culpa por cada jugada que fallan y termina despidiéndolo del ayuntamiento de Villanueva. El único puesto que queda libre en el pueblo es el de sacristán. Mientras tanto, se imparte un curso sobre planificación familiar que Lourdes ha organizado en el ayuntamiento.
La situación económica de Lucas Gómez preocupa a Amelia y a Paulino. Un nuevo robo en la iglesia moviliza a Vicentito y a Paulino que hacen de detectives. Lourdes encuentra cuatro mil euros entre unos viejos libros que don Primitivo acaba de donar al ayuntamiento. El viejo párroco exige a Salvador que le devuelva el dinero, pero el alcalde se niega.
Urbano, el nuevo policía municipal, llega a Villanueva y se encuentra con Salvador, que le encarga vigilar a don Primitivo ya que su falta de reflejos le han convertido en un peligro al volante. Ludivina ha dejado escapar a una de sus ovejas y Salvador la declara en busca y captura.
Un brote de gripe lega a Villanueva. Paulino, Salvador y Trini caen gravemente enfermos. Sin tres de sus vecinos más representativos, Don Primitivo, Juande y Pablo toman las riendas del pueblo, realizando las funciones de párroco, alcalde y encargado del bar respectivamente.
Durante la celebración de una misa, un accidente saca a relucir el grave problema de soledad que sufren algunas personas mayores como Asunción. Preocupados, Paulino e Irene acuden a Salvador con la intención de crear un servicio de atención y compañía para las personas de edad avanzada.
Comienza el periodo electoral en Villanueva y en el ayuntamiento están preocupados porque no se han cumplido las promesas hechas en la campaña anterior por lo que deciden hacer un polideportivo. Mientras tanto, Paulino anuncia a sus feligreses la eminente visita del señor obispo e Irene le dice tiene la intención de marchase del pueblo.
Con las elecciones cerca, crece la tensión entre el bando de los católicos y el de los ateos. Paulino trata de convencer a Salvador para que colabore en la restauración del “peto de ánimas” pero la noticia de la candidatura de Trini (bando católico) hace que la postura de Salvador sea la de no colaborar con traidores.
Durante la celebración de una misa, Primitivo intercala la homilía con un lúcido discurso político. Es el comienzo de la carrera política de don Primitivo, que decide presentarse a la alcaldía de Villanueva. Mientras, don Paulino se e envuelto, sin querer, en un lío de faldas. Pepa, una feligresa de La Cala, empieza a frecuentarle para consultar con él una serie de problemas personales.
Pepa, una de las feligresas de La Cala, pide asilo después de haber sido expulsada de casa por su marido, el cual cree que mantiene una relación con el párroco. Paulino y Amelia, se ven en la obligación de acoger a toda la familia. Mientras tanto, los candidatos a la alcaldía usan todas sus artimañas para ganar las elecciones, hasta en el mismo día de las votaciones.
La nueva condición de Don Primitivo como alcalde del pueblo, trae a Villanueva una serie de cambios que no tardan en desatar la polémica. Su primera decisión al frente de la alcaldía es recuperar el servicio de taxis, medida afecta directamente a Salvador, que será el taxista. Por otro lado, Gregorio, el profesor de religión, está iniciando los trámites de divorcio, situación que no gusta para nada a las beatas y mucho menos al nuevo alcalde.