冤罪被害者の救済に取り組む団体「チーム・ゼロ」に所属する弁護士・藤嶋翔太(中島裕翔)のもとに、1通の手紙が届く。「信じてくれ、俺はやってない」。それは、25年前、岐阜県郡上八幡で起きた一家惨殺事件の犯人として死刑判決を受けた宮原信夫(五頭岳夫)からのものだった。藤嶋は、「チーム・ゼロ」のリーダーである東山佐奈(仁村紗和)、親友の安野草介(金子大地)たちとともに事件当時の資料を調査していくが……。
藤嶋たちは、宮原の担当弁護士・大坪志郎(綾田俊樹)の資料から、冤罪の可能性を示す証拠を見いだす。しかし宮原の指紋が凶器に付着していたという難題を打ち崩せず、チーム・ゼロは行き詰まる。一方で、宮原に死刑を求刑した検事で、現在岐阜地検のトップに君臨する稗田一成(緒形直人)は、チーム・ゼロの動きを察知して秘密裏に動き出す。藤嶋は安野とともに宮原のひとり息子・塚田信也(吉村界人)に話を聞こうとするが……。
藤嶋は郡上で出会った喫茶店の娘が、吉田川事件でただひとり生き残った棚瀬梨沙子(川島鈴遥)であったことを知り、衝撃を受ける。梨沙子に自分が宮原を冤罪から救済しようとしていることを言い出せず、葛藤する藤嶋。一方で、単独で調査を進める佐奈は、再審請求の突破口をつかみかけていた。事件の指紋鑑定を担当した志村寛文(近藤芳正)の新証言を元に再審請求に挑む藤嶋。しかし、三者協議当日、予期せぬことが起こり……。