The Sonic Underground finds a village that has been destroyed by its Freedom Fighter occupants. The Sonic Underground find that it seems to have something to do with Robotnik's flybots which are all over the desert, as Manic finds out when one of them injects him with a mind-control toxin, making him a slave to Dr. Robotnik.
La banda encuentra una aldea que ha sido destruida por sus ocupantes Freedom Fighter. ¿Por qué ha sucedido esto? Parece tener algo que ver con los Flybots por todo el desierto, como Manic descubre cuando le inyectan una toxina de control mental.
Erneut machen sich die drei Igel auf die Suche nach ihrer Mutter. Dabei begegnet ihnen der Freiheitskämpfer Rudy, gegen den sich seine eigenen Leute gestellt haben, nachdem diese von seltsamen Fliegen gestochen wurden. Die drei Helden vermuten, dass Robotnik dahinter steckt. Und richtig, der Doktor hat die so genannten Flybots ausgesandt, damit sie aus all ihren Opfern willenlose Sklaven machen. Als Sonic, Manic und Sonia ein Exemplar fangen wollen, wird Manic gestochen und spioniert nun seine Geschwister aus …