The Black Nebula Empire attacks Earth and threatens to blow up the planet with a bomb they placed on Earth if counter attacked. Earths hopes rest on the Yamato crew as they go to the Black Nebula Planet and try to find a way to difuse the bomb before it's too late.
L'impero della Nebulosa Nera (Black Nebula) attacca la Terra e minaccia di far saltare in aria il pianeta con una potentissima bomba se l'esercito terrestre dovesse contrattaccare. L'unica ed ultima speranza per la Terra è rappresentata dall'equipaggio della corazzata spaziale Yamato, che tenterà di disinnescare la bomba prima che sia troppo tardi.
西暦2203年、太陽系は暗黒星団帝国艦隊による奇襲を受ける。暗黒星団の上陸部隊によって防衛軍本部は陥落し、地表に飛来した人間の脳細胞のみを破壊する恐怖の兵器・重核子爆弾により、人類は降伏を余儀なくされる。古代ら元ヤマトクルーは、地球脱出を試みるが、乱戦のさなか森雪が傷を負い、地上に残されてしまう。小惑星帯に隠されていたヤマトに合流したヤマトクルーは、重核子爆弾のコントロール装置を破壊するため、暗黒星団帝国の敵本拠地へと向かう。一方、地球防衛軍長官・藤堂は、森雪らと共にパルチザンを組織し、重核子爆弾の占拠を画策する。宇宙のヤマトと地球のパルチザン、2手に別れた地球の反撃が、いま始まる。
Das Imperium des Schwarzen Nebels attackiert die Erde und droht damit den Planeten mit einer gigantischen Bombe in die Luft zu sprengen falls die Erde sich verteidigen sollte. Die letzte Hoffnung der Erdlinge ruht auf der Besatzung der Yamato, die sich zum Heimatplaneten der Aggressoren aufmachen um einen Weg zu finden die Bombe noch rechtzeitig zu entschärfen …