巨大で危険なエイリアン "ネウロイ "は、いまだ世界の各地を徘徊し、破壊の限りを尽くしている。ストライクウィッチーズは、驚異的なパワーと強力な武器、そして先進的な機体を持つ少女たちで構成され、ネウロイに対して大きな前進を遂げた。しかし、ネウロイとの戦いはまだ続いている。かつてストライクウィッチーズのメンバーだった宮藤芳佳は、ネウロイとの戦いでその能力を犠牲にした。戦えない彼女は今、医者になる夢を追いかけ、人々を助け続けたいと願っている。新米兵士で魔女の服部静香が、彼女をヨーロッパの名門医大に案内することになったが、その旅は当初の予定よりもはるかに危険なものとなった。ネウロイは変化し、その能力は以前よりはるかに強くなっていたのだ。ストライクウィッチーズは再び団結し、敵に立ち向かうことができるのか？それとも、芳佳の能力なしには無理なのか？
The Neuroi, a large and dangerous alien race, still roam parts of the world leaving destruction in their path. The Strike Witches-a group of girls with extraordinary powers, formidable weapons, and advanced aircraft appendages-have made great strides against the Neuroi. But the war against them still rages on. Yoshika Miyafuji was once a member of the Strike Witches and sacrificed the ability to use her powers in a major fight against the Neuroi. Unable to fight, she now wishes to pursue her dream of becoming a doctor and continue to help people. When new soldier and witch Shizuka Hattori comes to escort her to a prestigious European medical school, their journey becomes far more dangerous than originally planned. The Neuroi have changed, and their abilities are far stronger than before. Can the Strike Witches comes together once again to face their enemy? Or will they be able to without Yoshika's abilities?
