A band of ninja, led by a mysterious villain named Megavolt, are stealing electronic equipment from power plants all over the city, and the Turtles are being blamed for the crimes. The Turtles must find a way to defeat Megavolt & clear their names before it is too late.
Después de derrotar a un misterioso grupo de ninjas en la Central Eléctrica Emeryville, las Tortugas decodifican parte de un mapa que pudieron liberar de los posibles ladrones. Desafortunadamente, las únicas palabras que pueden entender son: "" EMERYVILLE "" y "" GREEN POWER "". Mientras tanto, Vernon en Channel Six News continúa informando que son esas tortugas "miserables" las responsables de todos los crímenes ninja que ocurren en toda la ciudad. Las tortugas se apresuran a la acción. Pero antes de que puedan salir de las alcantarillas, son atacados por el coronel Wesley Knight de las Fuerzas Armadas de los EE. UU. Y su grupo de élite de soldados, una unidad especial creada para cazar al TMNT. Sin embargo, las Tortugas escapan, demostrando ser más de lo que el Coronel Knight había esperado.
