パラダイムシティに撒き散らされた大量のチラシ。人々の畏れを煽るその書面の署名は、あのシュバルツバルトのものだった。パラダイム社の幹部陣は、ロジャーを呼びつけると、かつてのアレックスとの契約不履行を理由にシュバルツバルトとの交渉続行を依頼。その横柄な態度には腹立ちを感じつつも、自身もシュバルツバルトの真実に興味を隠せないロジャーは渋々依頼を受ける。 手掛かりを求めて、再び地下神殿に足を踏み入れたロジャー。奇妙なメッセージを打ったタイプライターが打ち捨てられたその奥は、パラダイム社の地下工場に繋がっていて、そこにはビッグデュオや異国の３体のメガデウスの修復作業が行われていた…。 さらに異国のメガデウスの中には、製造中と思われる白いメガデウスが顔を覗かせていた。そこに姿を現すアレックスとアラン。アレックスは自分こそが、生まれながらにメガデウスを動かす資格を持って生まれてきた人間だと言い放つ。ただメガデウス・ドミュナスとして唯一揃っていない力を得るために、画策していたのだ。 その頃街ではメガワーム・リヴァイアサンが出現し、砂状化攻撃をしはじめる…。