차기 유력 대선후보의 성희롱 혐의를 입증하며 화제가 된 국가인권증진위원회. 그 곳에 실력은 있지만 ‘비인권 검사’로 악명이 높은 홍태가 파견되어 온다. ‘인권위’에 대한 이해도 성의도 없는 홍태와 사사건건 부딪히는 에이스 조사관 윤서. 한편 임금협상 문제로 대중의 이목이 집중된 대기업 노조 조합원이 간부로부터 추행을 당했다는 진정이 들어오고, 앙숙 같던 두 사람은 반강제로 함께 조사에 착수하는데.. 진정인과 피 진정인 모두 과도하게 언론을 이용한 진흙탕 싸움을 벌이며 조사는 난항에 빠진다.
성추행 피해자인 소지혜가 제출한 증거를 두고 갑론을박을 벌이는 조사관들. 윤서와 홍태는 최근 사망한 피해자 연인의 존재를 알게 되고, 그가 생전에 연루되었던 고발 사건에 대해 석연치 않은 의구심이 생긴다. 검사 출신인 홍태는 특유의 기지로 그의 죽음을 파헤치는 한편, 윤서는 목격자를 통해 사건 이면에 숨겨져 있던 엄혹한 진실과 마주하게 되는데..
살인 혐의로 교도소에 수감 중 무죄를 주장하며 자살한 외국인 노동자 나뎃. 오태문 변호사가 나뎃 사건과 관련하여 변호를 맡고, 경찰의 관행적인 강압 수사에 대한 조사를 요청하며 인권위에 진정을 넣는다. 홍태는 수사에 문제가 있다면 조사를 통해 진실을 밝혀야 한다고 주장하지만, 윤서는 진실을 밝히는 것은 인권위조사관의 역할이 아니라고 선을 그으며 홍태와 언쟁을 벌이는데..
외국인 노동자 살해 사건의 강압 수사 여부를 조사 중인 홍태. 해당 경찰관은 불가피한 수사 과정이었을 뿐, 강압은 없었다고 주장하고 윤서는 수사 기록과 사건 당시 정황 조사를 통해서 나뎃의 알리바이를 입증하는데 성공하며 결정적 목격자를 알아내는 듯 보이는데.. 윤서와 홍태는 제3의 용의자를 추적하던 중 수사에 개입할 수 없는 조사관의 한계와 직면하고 낙담한다.
동창생들이 술자리를 벌이던 오피스텔에서 다툼이 일어나고, 출동한 경찰이 쏜 테이저건에 맞아 누군가 죽음을 맞게 된다. 윤서와 홍태는 출동 경찰의 의도적인 조준 사격인지 단순 오발 사고인지를 두고 조사를 벌이지만, 서로 다른 판단으로 극단적 대립을 하게 된다. 사건의 목격자는 진술을 회피해 사건은 미궁 속에 빠지고. 윤서는 진술 속 엇갈린 점을 찾아내는 한 편, 예측 못했던 또 다른 희생자가 발생하는데..
한 여성이 살해되고, 유일한 용의자는 남편인 살해 사건! 해당 사건의 담당 검사였던 홍태는, 일주일 안에 새로운 증거를 찾아내지 못하면 용의자를 무죄로 풀어줘야만 하는 상황에 빠진다. 한편 윤서는 경찰의 불법 긴급체포로 인한 인권침해 진정에 대해 조사한다. 피 진정인인 경찰은 체포 과정의 사소한 문제로 확실한 범인을 놓치게 생겼다며 인권위와 조사관들을 압박해오고, 홍태가 직접 증거 찾기에 나서게 되는데..
지뢰 폭발사고로 사망한 정일병! 진실을 조사해달라는 진정이 인권위에 접수된다. 홍태는 과거 친구였던 우변호사의 소개로 조사에 착수하지만, 몇 가지 단서와 군의 지나치게 비협조적인 태도에 의구심을 가지게 된다. 군의 철통같은 방어와, 국가 기밀이라는 사유로 이틀의 조사기간 동안 아무 성과도 얻지 못하고조사 마지막 날에 이르러, 윤서는결정적인 은폐의 단서를 발견하게 되는데..
윤서는 지뢰 폭발 사건의 유일한 목격자인 최병장을 만나지만, 두 다리를 잃고 패닉에 빠진 그에게서 아무런 정보를 얻지 못한다. 홍태는 검사 시절 가까웠던 법의학자를 통해 사망한 정일병의 사인이 지뢰가 아닐 수 있다는 결정적 증거를 얻게 되고, 심각한 인권침해 여부를 의심하게 된다. 의문의 총의 행방에 대해 침묵으로 일관하는 부 소대장 박중사와 뭔가를 숨기는 듯한정일병의 아버지. 홍태와 윤서가 맞닥뜨릴 뜻 밖의 진실은..?!
대기업 한 부품 공장에서 노조간 언쟁 끝에 사고가 발생, 노조원 이정완의 시신이 발견된다. 윤서와 홍태는 사망한 노조원의 죽음을 둘러싸고 인권침해 여부가 있었는지 직권조사를 시작한다. 사측과 해고, 두 노조의 해산 과정에서 경찰의 대응은 적절했는지, 용역업체의 폭력 진압은 없었는지 조사하지만 경찰과 용역업체 그리고 회사는 서로에게 과실을 떠넘기기에 급급한데.. 용역업체에서 보내온 영상 자료에서 사망한 해고 노조원의 결정적인 장면을 포착하게 된다.
홍태는 노조 사고 현장 피해자의 손에 쥔 손수건을 주목한다. 손수건에 새겨진 이니셜을 추리하던 홍태는 유력한 용의자의 실체에 접근하게 되고, 윤서는 사망한 이정완과 마지막까지 함께 있던 동료의 병실을 찾아가지만 그는 침묵으로 일관한다. 조사가 개인들 간의 문제로 모아지는 가운데 새로운 제보를 받는 조사관들. 윤서는 사건 현장에 있던 증인으로부터 뜻밖의 진실을 듣게 되는데..
아동보육시설에 거주하는 한 소녀가 부당한 이유로 정신병원에 입원 당했다는 진정이 제기된다. 조사관들은 해당 보육시설에 대한 직권조사를 시작하고, 소녀들의 일탈 문제로 고충을 겪고 있다는 시설 관계자들의 원망 섞인 하소연만 듣게 된다. 윤서는 조사하면서 알게 된 미래라는 소녀를 통해 동생 윤진을 떠올리고 관심을 갖던 중, 한 아동이 위험에 처해 있다는 미래의 제보를 받고 현장에 달려가게 되는데..
사라진 미래를 찾기 위해 집을 찾아간 윤서. 미래의 엄마는 대수롭지 않게 가출이라 여기고, 미래가 시설 집기를 훔쳐 다른 아동까지 데리고 사라졌다는 사실이 알려진다. 윤서는 시설 간호 선생으로부터 사라진 아이의 성폭행 피해가 의심된다는 정황을 듣게 되는데.. 홍태와 윤서는 소녀들이 누군가로부터 납치 되었다는 연락에 급하게 추적을 시작한다.
최철수 사건의 피해자 가족은, 딸의 시신이라도 찾기 위해 그를 만나려고 한다. 시한부 암 선고를 받은 최철수는 사형수에게도 인권이 있다며 인권위에 형 집행정지 진정을 넣는다. 윤서는 사형수의 형이 집행되지 않았다는 원칙적 이유로 진정을 종료하려 하고, 피해자 가족을 위해 마지막으로 최철수를 만나보기로 결심 한다. 최철수는 윤서에게 피해자 가족이 찾고 있는 시신을 되찾을 뜻 밖의 방법을 제안하는데..