定年退職を迎えた清田清一（北大路欣也）は、最後の出勤の夜、幼なじみの立花重雄（泉谷しげる）の居酒屋へ出かける。そこには同じく幼なじみの有村則夫（志賀廣太郎）も来ていて、３人で「正義の味方」を名乗り近所では"三匹の悪ガキ"と呼ばれていたころを語り合う。そして、物騒になってきた町内をパトロールする"三匹のおっさん"を結成する。一方、清一は再就職先で、データと帳簿の収支が合わないことが気にかかり…。
近所の原田隆憲（隈部洋平）が、清田家を訪ねてくる。商店街にある健康食品店「パレット・ピース」に通いつめる母・靖代（草村礼子）を仲のいい芳江（中田喜子）に説得してもらいたいという相談だった。芳江は清一（北大路欣也）に店がどんな様子か探らせようと提案。清一は重雄（泉谷しげる）、則夫（志賀廣太郎）と潜入捜査を開始。一方、家で則夫の隠した大量の健康食品を見つけた早苗（三根梓）は祐希（大野拓朗）に相談を。
清田清一（北大路欣也）から芳江（中田喜子）とレストランへ行った話を聞いた立花登美子（藤田弓子）は重雄（泉谷しげる）を誘うが一蹴されてしまう。仕方なく一人で出かけた登美子にある紳士が声をかけてくる。広田作治（大和田獏）と名乗る男は、登美子の小学校の同級生だと言う。広田と楽しい時間を過ごした登美子は久しぶりにときめきを感じる。そんな中、広田と並んで歩く登美子を祐希（大野拓朗）と早苗（三根梓）が目撃。
中学校で飼育しているカモが何者かに傷つけられる事件が発生。飼育係の工藤昴（中野澪）と新垣美和（吉田里琴）から犯人を捕まえてほしいと頼まれた清田清一（北大路欣也）ら"三匹のおっさん"は、卒業生の祐希（大野拓朗）と協力して犯人捜しを開始。まずは、校長に話を通して「動物虐待対策会議」に出席。そこで有村則夫（志賀廣太郎）が会議室に盗聴器が取り付けられていることに気付いて…。
ある日、会社帰りの清田健児（甲本雅裕）は男が女の子を恫喝している場面に遭遇。女の子が祐希（大野拓朗）の知り合いの富永潤子（水崎綾女）と気付き助けに入る。ところが数日後、健児は先日の男・小久保（古舘寛治）から潤子と健児の親密そうな写真と引き換えに金を要求される。一度は払った健児だが２度目の要求に応えられずトラブルに。事態を知った清田清一（北大路欣也）ら"三匹のおっさん"はある作戦を開始する。
専業主婦だった貴子(西田尚美)が商店街の精肉店で働くことに。初めてのパートで要領の悪い貴子に、パート仲間たちはいい顔をしない。ある日、居酒屋で貴子の悪口を言うパート店員たちに遭遇。重雄(泉谷しげる)が文句を言うと、リーダー格の克恵(木野花)と一触即発の雰囲気に。心配になった清一(北大路欣也)が貴子の様子を見に行くと、仲間の一人・育代(藤田朋子)と親しくしていることがわかり安心するが…。
祐希(大野拓朗)と早苗(三根梓)は中学生３人組が万引きをする場面に遭遇。また、重雄(泉谷しげる)も馴染みの書店が万引き被害に遭っていると知り、清一(北大路欣也)、則夫(志賀廣太郎)と共に見張りに立つことに。ある日、店内を見張る清一が女子中学生の万引きを見つける。店長の井脇(阿部丈二)が呼び止め事情を聞くと、とんでもない事実が発覚する。一方、中学生たちの犯行には、裏で手を引く大人がいるようで…。
町内で不審火が相次ぎ"三匹のおっさん"は見回りを強化。ある日、バイト帰りの祐希（大野拓朗）が３人組の中年男に不審者と間違われて口論に。通りかかった清一（北大路欣也）らが仲裁に入るが、リーダー格の男・松木（大和田伸也）は疑われる祐希が悪いと決めつける。そんな中、松木らは火事を消し止めたことで一躍時の人となり、話題の"謎の中年三人組"も自分たちだと嘘をつく。一方、則夫（志賀廣太郎）に見合い話が。
あれから1年、夜回りを続ける清一(北大路欣也)、重雄(泉谷しげる)、則夫(志賀廣太郎)の3人。町内ではある屋敷の周りでお化けの目撃情報が次々と挙がっていた。小学校でも噂は広まり、興味を持った隼人(鈴木福)ら小学生が退治を試みるなど、騒動はどんどん大きくなっていく。そこで、三匹はご町内を守るべく、調査に乗り出す。一方、お化けが出ると噂になっている竹田(竜雷太)の店は、地上げ屋に悩まされていて…。
祐希(大野拓朗)と早苗(三根梓)は、怪しげな男・鈴木博之(濱口優)ともめていた小学生のみちる(信太真妃)を助ける。その夜、清一(北大路欣也)、重雄(泉谷しげる)、則夫(志賀廣太郎)は、博之が民家を窺っているのを見つけ、声をかけると男は逃げていった。 後日、祐希と早苗はみちるに話しかけるが、なぜかみちるはその男のことを母親・真智子(星野真里)に話すのを嫌がる。一方、夜回り中の清一たちは、今度は博之が暴行されているところに出くわして…。
夜回り中に、清一(北大路欣也)、重雄(泉谷しげる)、則夫(志賀廣太郎)は迷い犬を見つけ、3人はその犬の飼い主を探し始める。清一のところで預かることになったその犬の飼い主を孫の祐希(大野拓朗)も見つけたいと思い、大学のアニマルボランティアサークルやそこの顔なじみのペットシッター・丸岡(六平直政)にも協力を依頼する。 飼い主探しを続けていると、ほかにも迷子の犬の情報が次々と発覚して…。
商店街に活気を取り戻すため、清一(北大路欣也)たちは、始(阿部丈二)の知人・佐伯(葛山信吾)が出したご当地アイドルを誕生させるという提案の実現に向け動き始める。オーディションには多数の応募者が集まり、公募でグループ名も決定する。 アイドルグループメンバーの努力や清一たちの協力の結果、デビューイベントは大成功するが、その影で佐伯と彼の会社の丸山社長(西岡馬)が怪しげな動きをしていて…
夜回り中の清一(北大路欣也)たちは、コンビニ前にたむろして騒いでいる若者たちに出くわす。注意をするものの、彼らはあたりにゴミを散らかしたまま立ち去ってしまった。清一は、勤務先でも同じように騒ぐ中学生を見かけ、注意をする。 しぶしぶではありながらもゴミを拾って退散したかに見えたが、しばらくしてから清一がその場に戻るとゴミがさらにひどく散乱していた。さらには、大きな家庭ごみがいくつも撒かれるようになり…
清一(北大路欣也)たち三匹のおっさんの町では、市民オーケストラが、有名なピアニストの黒田寛子(中山忍)をゲストにチャリティコンサートを行うことになった。しかし、その黒田は他の団員たちと何度も衝突しており、コンサートの成功を誰もが危ぶんでいた。そんな時、指揮者の野尻(石井正則)宛に、黒田を出演させるなという怪文書が届く。コンサートの開催すら怪しくなってしまった状況を解決するため三匹のおっさんが立ち上がる!
清一(北大路欣也)たちは、ご当地アイドルに続く商店街の盛り上げ策として、神社のお祭りを復活させることを思いつく。商店街のメンバーの了解を得るが、神社に行くと祭りの目玉となる神輿が壊れてしまっていることが発覚した。商店街の店と神社だけでは、修理費用を負担できない中、町の住民にも寄進を募ろうと考える。 しかし、町内会長に相談すると頑なに拒まれてしまった。三匹のおっさんは祭りを実現させるため奔走する。
清一（北大路欣也）たちは、夜回り中に落書きされた選挙ポスターを発見する。今回も、犯人捜しをすることに決めるが、ポスターの中に同窓生・高橋雅夫（マサ）（前田吟）のものがあることに気付く。同窓会に行くとその雅夫も来ていた。 懐かしい面々に次々出会ったが、マサの妻・美代（音無美紀子）、タケ（でんでん）の様子がおかしい。さらに、マサが立候補している選挙でも現区長・橘花代（朝加真由美）と唐沢進（丸山智己）が怪しげな動きをし…!?最終回もご町内を守るため、人知れず悪党どもを三匹が痛快に成敗する！
有川浩の小説のドラマ化第3弾。清一（北大路欣也）、重雄（泉谷しげる）、則夫（志賀廣太郎）から成る私設自警団が町内の悪をぶった斬る痛快コメディー。清一らが暮らす商店街では、父親を捜すために来日したアンナ（シャーロット・ケイト・フォックス）をはじめ、外国人観光客を狙った民泊詐欺が次々と発生していた。
清一（北大路欣也）、重雄（泉谷しげる）らの行きつけのラーメン店「万福」が、ワンコインラーメンが人気のチェーン店「とんてんラーメン」からフランチャイズ化の誘いを受ける。「万福」の一人息子でサラリーマンの誠は、一人で店を切り盛りする母・洋子の体を心配し、反対する洋子をよそに仮申込書にサインしてしまう。
清一（北大路欣也）ら“三匹のおっさん”は、夜回り中に芝居の稽古中という商店街の面々と出くわす。シルバー劇団「セカンドライフ」は、元新劇女優の村松洋子（丘みつ子）の下、旗揚げ公演を控えており、なぜか清一らも参加することに。そんな中、洋子が連れてきた演劇プロデューサー・荒木（前川泰之）が、ある提案をする。
貴子（西田尚美）の元に、健児（甲本雅裕）から取引先に渡す100万円が入ったかばんをなくしたと電話が入る。貴子は取引先の男と合流するが、お金が足りないと告げると男は去ってしまう。その晩、清田家ではオレオレ詐欺未遂だと騒ぎになり、清一（北大路欣也）は一連の詐欺未遂が町内で多発していることに気付く。
清一（北大路欣也）の知人が監督を務める少年野球チームに、元プロ野球選手の本間（徳重聡）がコーチとして参加することに。喜ぶ子供たちを尻目に、親たちは自分の子供を試合に出すよう登板の約束を取り付けるなど、コーチらへのアピールに躍起になる。そんな中、スコアボードがペンキで汚されてしまう事件が発生し、騒ぎになる。
清一（北大路欣也）らは、貴子（西田尚美）と共に「子供食堂」の手伝いをすることに。そこで貴子は、同級生の遠山（田口浩正）と再会。遠山がボランティアスタッフのいずみ（酒井若菜）に気があると気付いた貴子は、二人の仲を取り持とうとする。そんな中、「子供食堂」では、窓ガラスが割られるなどの事件が発生する。
芳江（中田喜子）が手伝う老人クラブが、イベントに出演する芸能人を探すことに。健児（甲本雅裕）の同級生で芸人のキャッチ松本（橋本じゅん）を思い出した芳江は、健児を通し出演を依頼する。しかし、松本がイベントに出演した後、老人を狙った詐欺事件が連続して発生。清一（北大路欣也）らは、松本のことを疑う。
“家族の絆”をスローガンにした卓球大会の開催が間近に迫り、栗田豆腐店の真一（小倉久寛）と美奈代（ふせえり）夫妻は、息子・博光（今井悠貴）のために出場を決意する。一方、町内では連続不審火が発生。同一犯だとにらんだ清一（北大路欣也）らは、ある出来事から博光の関与を疑うが、真一に一蹴されてしまう。