JAMSTECの広報活動の一環としてパイロットに抜擢された深雪。だが出航直前に、父のロッカーにあるビデオテープから謎の映像を発見してしまう。それは6Kが深海で忌まわしいトラブルに襲われた映像であり、亡き父も映っていた。動揺する深雪を乗せ、研究船よこすかは出航する。そのころ石堂は、資源分野以外の研究を切り捨て始める。あまりの苛烈な改革に反発する研究者たち。一方深雪は、ついに6Kに乗り深海に臨むが…。
