10年前の「消された潜航」に厚志と乗船していたのは潜航長・神尾（筒井道隆）と当時研究者だった石堂だった。深雪と高峰に問い詰められた神尾は、すべての真相を語り始める。その潜航は石堂、陣内、そして国会議員の菊屋（浜田晃）によって隠蔽されたものだった。潜航ポイントは、今は進入禁止になっている南海トラフの大規模泥火山だった。そこは、亡き父・厚志が追い続けた「深海の宇宙」がかつて発見された場所でもあった…。
