Die Serie dreht sich um die Wiener Schifffahrtspolizei. Behandelt die SOKO Kitzbühel ausschließlich alpine Fälle, ist die Wiener SOKO für die Aufklärung von Verbrechen auf der Donau und ihrer Nebenflüsse zuständig. Keineswegs nur – wie der ZDF-Titel vermuten lassen könnte – in der österreichischen Bundeshauptstadt, sondern ebenso in Nieder- und Oberösterreich, sowie im angrenzenden östlichen Ausland. So agierten die Donaucops beispielsweise schon in Bratislava und machten den einen oder anderen ungarischen oder russischen Ganoven dingfest. Im Unterschied zu den anderen SOKO-Serien wird sie deutlich modernisierter dargestellt, außerdem hat in diesem Falle auch die Forensik einen etwas höheren Stellenwert.