巡洋艦ヴォークリンデ艦内で、グノーシスに襲われるシオン。その危機を救ったのは、シオンが開発主任を勤めていたＫＯＳ─ＭＯＳであった。だが、ＫＯＳ─ＭＯＳはシオンすら知らない謎の指令に従い、ゾハルを確保しようとする。しかし、ゾハルはグノーシスに持ち去られ、ヴォークリンデは轟沈した。かろうじて脱出に成功するシオン。一方、ＫＯＳ─ＭＯＳは、戦闘終了後の宙域に残骸を目当てに現れた貨客船エルザと接触していた。
