名前の無い男（柄本明）に「私はあなた方と同じで兄弟です」と言われたベム（亀梨和也）、ベラ（杏）、ベロ（鈴木 福）。 ベムは名前の無い男に緑色のアメーバ状のものをかけられた瞬間、過去の記憶が断片的に蘇ってきた。 そして、その記憶の中にはベム・ベラ・ベロに優しく話しかける緒方晋作博士（柄本明）の姿もあった。 ベム・ベラ・ベロは失われていた記憶、誕生から今まで歩んできた道を辿っていくことになる・・・。
