ベイブレードが大好きな少年・蒼井バルト。しかし、ベイブレードが好きなだけで基本が未熟なバルトは、強豪・クミチョーこと黄山乱太郎に負けてしまう。そんな中、天才と名高い親友・紅シュウのバトルに感化され…。
1回戦突破で調子に乗るバルト。シュウに諭され、さらにその後のクミチョーとのバトルに敗北してしまう。再び特訓に精を出すものの気負い過ぎたバルトに、双子の弟妹・トコナツとニカが気分転換に誘う。
ヴァルキリーVSケルベウスのバトルはサードバトルへともつれ込む。緊張でガチガチになり、動揺で思わず転んでしまったバルトの目にケルとべスの人形が飛び込んできた。人形劇で見た勇者をふと思い出し…。
突然の閃きでベイブレードクラブを作ろうと思い立ったバルト。クミチョーは快く入部してくれたものの、クラブとして成立するためには残り3人が必要で、バルトは心当たりの緑川犬介を誘ってみるが…。
寝坊して遅刻したバルトの前に現れた次の対戦相手・黒神ダイナ。大会の前だというのにバトルを申し込むダイナに、何らかの良くない意図を感じた犬介だったが、その悪い予感は見事に的中してしまう。
母から言われた家事の手伝いをベイの特訓として全力でこなすバルト。一方、地区大会では優勝候補のシュウはもちろん、ほかの強豪たちも順調に勝ち進んでいく。そこでクミチョーたちはバルトを鍛える特訓を開始する。
新必殺技を狙って放つことができず、試行錯誤するバルト。しかし、シュウの助言をきっかけに、確実に放てるようさらなる特訓を重ねる。一方、バルトの次の対戦相手・紺田ホウジはとあることで悩んでいた。
バルトは皆の応援を受けて、ホウジはワキヤに勝利を誓い、それぞれの思いを胸にバトルに臨む。強力な必殺技を持つホウジを相手にしようとしているにも関わらず、バルトの顔には笑みが浮かんでいた。
バルトに興味を持った小紫ワキヤは、大量のパンをバルトの家から注文し、配達によっておびき出したバルトと強引にバトルをすることに。ワイバーンの防御は鉄壁で、ヴァルキリーは苦戦を強いられてしまう。
ワキヤに敗北し、悔しさからスランプに陥るバルト。そして、全てが空回りして負け続けることに嫌気が差した彼は部屋に引きこもってしまう。その頃、オロチは病院から出てくるシュウを見つけ…。
シュウがけがを負ったと聞いたバルト。彼が心配で余計な世話を焼き始めるバルトに、シュウは肩の痛みを隠していつも通りの様子を見せる。そして地区大会は準決勝を迎え、バルトとワキヤの因縁の対決が始まる。
本気で繰り出されたワキヤのシールドクラッシュは、バルトのフラッシュシュートと激しいバトルを展開。そして、バルトのフラッシュシュートが失敗かと思われたその時、ヴァルキリーが見たことのない動きを見せる！
観客へのパフォーマンスで心理戦を仕掛けるオロチ。シュウはそれに動じず、オーディンを追い詰める。その力にオロチは驚きながらも必殺技でのバースト勝利を宣言。一方、シュウも肩の痛みに耐えながら勝負に出る。
けがをしたシュウを心配するバルトが口を滑らせ、2人はけんかになってしまう。しかし、シュウはスプリガンの全力シュートを見せ、バルトと戦う決意を表明。そして迎えた決勝戦当日。約束のバトルが幕を開ける。
シュウが繰り出す新必殺技に全力で挑むバルト。しかし、シュウの圧倒的な実力にバルトは追い詰められてしまう。それでもバルトが諦めずに放ったシュートは、フラッシュシュートから予想しない軌道に変化し…。
シャカが稽古をしている灼炎寺道場でシュウが肩を治療中だと知り、バルトたちは道場を訪れる。するとユグドラシルを使う南翠ユーゴに、灼炎寺スペシャルと呼ばれる特殊スタジアムでのバトルを挑まれる。
シャカのエクスカリバーの強さに驚くバルト。四転皇の1人である彼の実力はバルトを圧倒して試合の流れを掴む。次は自分が相手だと名乗りを上げ、クミチョーはバルトの戦いを参考にエクスカリバーに立ち向かう。
再びシャカの道場を訪れたバルトたちの前に現れたのは、シャカのベイクラブのメンバー・雪吹右京。前回のバトルで陰からバルトたちを観察していたという彼に、手の内を見せていないダイナが1番手に名乗り出る。
苦戦しながらも強敵のユニコーンを追い詰めたクミチョー。しかし、右京は解禁した必殺技を活かした戦法でラグナルクに反撃を仕掛ける。そんな中、いつもとは違う犬介の態度にダイナは違和感を覚え…。
抱え込んだ悩みと負けられないという焦りで本来の力を発揮できない犬介。その様子を見て思わず同情を飛び出すバルト。彼の後を追って来たシュウに、バルトは犬介が転校してしまうことを打ち明ける。
四転皇のシャカを前に緊張を隠せない犬介。そんな彼にバルトは勝負に出るようその背中を押す。シャカも犬介の実力を認めてスタートから勝負に出ようと強烈な攻撃を繰り出し、犬介も健闘するが…。
バルトたちにエリア選抜大会への招待状が届く。喜ぶバルトたちだがクミチョーの分だけが届かなかった。その時、1枚の招待状が風で飛ばされてしまった。そして、いよいよエリア選抜大会が始まる。
強敵・ユーゴとの戦いに備えて練習に励むダイナ。バルトやクミチョーの意気込みと、弟・ソウタの応援に背中を押される。しかし、ユーゴを前にすると負けたくないという感情によるプレッシャーがダイナを襲い…。
選抜大会Aブロック第2回戦ではバルトとクミチョーによる親友対決では必殺技の応酬が繰り広げられていた。一方、Cブロックでは普段から一緒に練習して来たワキヤとホウジの真剣勝負が始まる。
正体を隠すため、ベイブレード仮面に変装をしてワキヤとバルトの下に向かう四転皇・ザック。彼こそがベイブレード仮面の正体だと知ったワキヤは、その実力を味わいたいがためにベイバトルを挑む。
ダイナが反則技を使ったことを知ったバルトはショックを受けてしまう。その頃、ダイナはユーゴに試合中の反則行為を謝罪してけじめをつける決意を固める。その翌日、決勝戦に参加するバルトはダイナが気掛かりで…。
ワキヤの別荘でベイブレード合宿を行うことになったバルトたち。そこにはワキヤが海外から取り寄せた、ベイブレード用の特別なスタジアムが用意されていた。そして、彼らは3対3のチームバトルを行うことに。
合宿でベイバトルや自炊を楽しむバルトたち。そんな中、高い木の上に立派な果実が実っているのを発見したトコナツとニカは、バルトたちに内緒で林の中へ入っていく。しかし、嵐に見舞われて迷ってしまい…。
全国大会で選手宣誓をすることになったバルト。黄緑クオンという少年と出会い、彼が乗りこなすスケボーに興味が湧いたバルトはそれを貸してもらうが、転んだ拍子にヴァルキリーをなくしてしまい…。
団体戦の第1試合は米駒学園ベイクラブVSアイスブレイズ。バルトと対戦するファーストブレーダーは、シャカと競い合った強豪ブレーダーと言われるクオン。全国大会の激戦がついに始まろうとしていた。
チーム内で衝突ばかりを繰り返す米駒学園。また、ビースツの犬介は調子が上がらないバルトを心配する。一方、団体戦にザックが率いるスーパースターズが登場し、観客を魅了するパフォーマンスでバトルを行う。
ザックのコンサートに招待されたバルトたち。そこに四転皇にして最強のブレーダー・白鷺城ルイが現れる。四転皇は闘志の火花を散らし合い、そしてサイクロンベイスタジアムでベイバトルが始まる。
全国大会団体戦の2回戦でシャカが率いる強敵・ソードフレイムスと対決することとなったバルトたち米駒学園。ワキヤがファーストブレーダーとして、四転皇の1人であるシャカとのバトルに臨む。
全国大会の団体戦は第3回戦目に突入。米駒学園の相手は犬介が所属するビースツ。試合で米駒学園を敵として潰しに掛かってくる犬介を目の当たりにし、バルトは全国大会の厳しさを実感して気を引き締める。
激しく繰り広げられる米駒学園VSビースツのバトルは、勝利を懸けたバルトとベンの戦いにもつれ込む。獲物に食らい付くようなベヒーモスの攻撃にバルトとヴァルキリーは果敢に立ち向かっていくが…。
準決勝BブロックのライドアウトVSスーパースターズの団体戦では、豪とオロチによる決勝進出を懸けたバトルが始まる。その翌日、ベイクラブは放送部の取材を受けることに。その最中、ライドアウトと対決になり…。
ライドアウトとの対決に備えて激しい練習を続けるバルトたち。しかし、疲れが溜まって実力を発揮できていないとシュウに指摘され、バルトは意外な特訓を決断。そして、ついに団体戦の決勝が始まり…。
米駒学園からバルトが、ライドアウトからは王者・ルイがスタジアムに満を持して登場する団体戦決勝。そんな中、バルトとルイの白熱するバトルを見て、シュウはかつて自分が戦った時のことを思い出していた。
白鷺城ルイの恐るべき実力を前に、追い詰められていく米駒学園。強敵を前に闘志を燃やすバルトと、ルイを倒すための努力を重ねてきたシュウによる、王者・ルイとの死闘がついに決着の時を迎える。
ブレーダーを研究しているという水面ナオキに誘われて、バルトは彼の実験に付き合うことに。そして全国大会の個人戦が開幕。その試合直前、バルトの下に母・千春が交通事故に遭ったという連絡が入り…。
全国大会の個人戦1回戦、バルトとナオキのバトルが開始。ナオキはヴァルキリーを研究したデータと、ネプチューンのトランスドライバーが持つ二つのモードを駆使した戦術でバルトを追い詰めて…。
数々の強豪ブレーダーたちが試合を終えていく中、シュウ対ジンの試合が始まる。粘り強くスプリガンの攻撃に耐えるジンのヨルムンガンドに対し、それでも必殺技で攻めていくシュウの身に予期せぬ事態が起こり…。
シュウとワキヤにベイクラブを離れると告げられて、仲間が離れた理由が分からずに悩むバルト。バルトは調子が上がらないままクオンとの試合を迎え、追い込まれながらも2人が離れた本当の理由を見出そうとする。
お互いの戦い方を良く知る「ビースツ」の仲間同士である、犬介と小豆ベンの試合が開始。仲間であっても今回は倒すべき敵として、犬介が新しい戦法で攻撃を繰り出し、ベンも新技でそれに負けじと対抗する。
全国大会ベスト8が出揃い、シュウ対ワキヤのバトルが幕を開ける。打倒シュウを誓って特訓を重ねてきたワキヤは新たな必殺技を解禁する。因縁のライバル対決は互角のまま一進一退の攻防が繰り広げられていき…。
全国大会でバルトはついに四転皇の1人・シャカと対戦することに。試合前から激しく火花を散らす2人が、開幕からアタックタイプ同士の全力シュートで激突。その熱いバトルに会場が大歓声と熱気に包まれる。
ザック・ザ・サンシャインと山吹アキラによるトップアイドル対決で、スタジアムはいつもとは少し違う盛り上がりを見せていた。アイドルとして、そしてブレーダーとしての互いのプライドがぶつかり合う。
全国大会もいよいよ準決勝。パワーを持ち味としたバルトと華麗に立ち回る四転皇・ザックのバトルが始まる。一方、シュウと白鷺城ルイの準決勝も開始。前回の敗北を乗り越えたシュウは新必殺技で勝負を懸ける。
激突するスプリガンとロンギヌス。前回大会の雪辱を果たそうというシュウの気迫が宿った一撃は、ついにルイに一矢報いることに成功。しかし、ルイはなおも余裕を崩さずシュウを完全に潰すと宣言する。
バルトはベイクラブの仲間たちと共に必殺技の特訓に取り組む。そして迎えた全国大会決勝戦。仲間たちからの声援を受けてステージに立つバルトと全国大会4連覇中の絶対王者・ルイとのバトルが今始まる。
絶対王者・ルイの強さに闘志を燃やし、勝利への道を模索するバルト。そしてルイもバルトとのバトルに闘志を燃え上がらせる。そして、ヴァルキリーに導かれるようにバルトは新必殺技を繰り出し…。
今バルトはスペイン行きの飛行機の中。スペインの名門ベイクラブ・ＢＣソルにスカウトされ、世界へ飛び出したのだ！スペインの地に降り立ったバルトは、そこで出会った少年キットに連れられて広場へと辿り着く。そこにはベイスタジアムがあり、謎のブレーダー・シスコとのベイバトルとなる。ブレーダー魂に火が付いたバルトを待ち受けるのは思いもよらぬ世界の洗礼だった！？
バルトはやっと目的地のＢＣソルに到着した。しかし大遅刻の罰として入団テストを受けさせられる。世界中から集った入団希望者。その中には、何とクミチョーが！再会を喜びながらも合格を争うライバルとして２人は闘志を燃やす。進化したラグナルクで勝ち進むクミチョー。入団できるのはたった１人！勝ち残るのは誰だ！！
バルト達のもとに、強豪レアルサンバットとの親善試合の知らせが届いた。対戦メンバーの選考はエースであるフリーとのバトルで決めると知って、盛り上がるバルト。だが、フリーはベイを手で回すと宣言。馬鹿にされたと怒るバルトは気合のシュートを放つが、その直後フリーが手で回すと言った意味を思い知る事に！？
ワキヤＶＳクミチョーの対戦で始まった親善試合。進化したワイバーンとの攻防に、ラグナルクは苦戦。第２ゲームもワキヤは続けて試合に出ると、バルトとの対戦に。相性の悪いワイバーンを前にヴァルキリーは攻めきれない。その様子を見ていたフリーは意外なアドバイスをする。バルトは進化したヴァルキリーの新たな一面を見ることに…！？
バルトＶＳシスコ。シスコはランチャーを持ち変えると、まだ本気を出していなかったと不敵にほほ笑む。バルトを追い込み、強豪ブレーダーの実力を見せつけるシスコ。一方のバルトは、ヴァルキリーをコントロールできずに苦戦する。勝利をつかむのはどちらか！？そして、ＢＣソルは遂にフリーが登場。会場はフリーのバトルに驚く事となる……。
レアルサンバットとの親善試合、最終ゲームはクミチョーＶＳワキヤ。勝利をつかむのはどちらのチームか？そして、ヨーロッパリーグに向けて特訓を開始するＢＣソル。トップチームを選考するテストバトルが行われる。バルトはジャンゴと対戦、激しいバトルがくり広げられる！そんな中、ＢＣソルの入団テストを受けに意外な強豪ブレーダーが現れた！！
ジャンゴがＢＣソルを抜けたのはバルトのせいだと冷たくあたるスタン。その態度に困惑するバルトだが、自分は自分らしくとベイの特訓に打ち込む。その姿はイワンやシャーサたちＢＣソルのブレーダー達を刺激する。そしてヨーロッパリーグの出場メンバーを決める日がやってきた。トップチームの意地にかけて負けられないスタンは、バルトとのバトルにのぞむ！果たして勝負の行方は！？
ドイツの強豪ベイクラブ・トップヴァントのクーザは、偵察でＢＣソルに潜入！しかし、思わぬハプニングでバルトに追われることになる！？一方、アメリカの強豪ベイクラブ・ニューヨークブルズのオーナー、ギルテンはフリーに接近する。彼はＢＣソルからフリーを引き抜くため、着々と準備を進めていた……。そして、ヨーロッパリーグ初戦、ＢＣソルＶＳトップヴァントの試合が始まる！
ＢＣソルＶＳトップヴァント。追い詰められたＢＣソルからはフリーが登場。対するクーザは世界ランクＮＯ．１のフリーを倒すべく一気に勝負を掛ける。ドレインファブニルとアルタークロノス、勝利はどちらのベイに！？そして、ＢＣソルはヨーロッパリーグ初戦で勝利を飾る事が出来るのか？
ヨーロッパリーグ初戦を終え、世界ランキング入りしたバルトとクミチョー。２人に刺激されＢＣソルのブレーダー達も気合が入る。一方、シスコは活躍できぬまま不満を溜め込んでいた。そんな中、エースのフリーに関する驚くべきニュースがＢＣソルを駆け抜ける！動揺を隠せないバルトは、導かれるようにフリーがよく行く森の中へと…。
活躍を期待されるバルトとクミチョーに対して反感を持つスタン。そしてシスコもチームに不満を感じていた。そんな中、ヨーロッパリーグで苦戦が続いたことも重なって、次第にチームの雰囲気が悪くなっていく。
ヨーロッパリーグで敗戦続きのBCソルは、リーグ敗退が決まる大事な試合でフランスのパリブレーダーズと対戦することに。バルトとクミチョーは対戦相手のエースが親友のダイナと知って衝撃を受ける。
かつて弱小と言われたパリブレーダーズはエース・ダイナと共に努力を重ねて力を付け、勝ち上がって来た意地があった。一方、負ければ後がないBCソル。互いに譲れない思いを懸けてバルトとダイナが激突する。
イギリスの強豪ベイクラブ・ロイヤルズの秘密兵器と呼ばれるガゼムは、因縁の相手であるシスコに復讐を誓って襲い掛かる。場外乱闘は免れたものの、因縁の2人の勝負はヨーロッパリーグへ持ち越され…。
BCソルとロイヤルズの試合でガゼムを直感的に真似て裸足になったバルトは、これまでに見たことのない強烈なシュートを放つ。それはヴァルキリーの秘められた力をさらに引き出すことになり…。
シュウが行方不明になったという知らせを受けたバルトたちは、ワキヤのジェット機でメキシコを目指す。強さを求めるブレーダーたちの秘密特訓場「スネークピット」を目指し、一行は道なき道を進んで行く。
うわさのスネークピットには強さのみを追求するブレーダーたちが集結していた。その奥で待っていた仮面の男・アシュラムは、仮面ブレーダー5人とのバトルを提示する。彼らが持つベイにバルトたちは驚かされ…。
ブラックデスサイザーを持つ仮面ブレーダー・ブラックアイに、ダイナがキラーデスサイザーで対決。一方、針の山のステージで待ち受けるシルバーアイのブラッククロノスに、クーザがアルタークロノスで立ち向かう。
ブラックヴァルキリーを使いこなすアズールアイにバルトは苦戦。しかしその時、ゴッドヴァルキリーに新たな進化の兆しが現れる。一方、ワキヤはヴァイオレットアイと対峙するが、苦手な高所で力が出し切れず…。
バルトと一緒にベイがやりたいとクーザがBCソルに入団を希望。新たな戦力が増えるとバルトたちは喜んで彼を迎え入れようとするが、チームの方針をめぐってクリスとトラッドがぶつかってしまう。
ハリウッドスター兼世界ランク3位のジョシュア・ブーンからBCソルに映画出演の依頼が舞い込んだ。ジョシュアのファンが大騒ぎする中、撮影とはいえビッグ5とのバトルにバルトたちは意気込んで臨む。
「ヒーローは1度ピンチに陥るが、最後は逆転勝利するもの」だというハリウッドスター・ジョシュアの、ドラマチックなヒーローバトルが展開。クミチョーはジョシュアのバトルに翻弄されてしまい…。
ワールドリーグに向けて練習をするBCソルの一同。しかし、バルトたちはベイトレーナーがいないという問題に気付く。それならばと、キットはヴァルキリーを進化させたゾロをトレーナーに迎えようと提案する。
ニューヨークブルズのキャプテン、ジョシュア・ブーンは、大ファンであるフリーにクラブで出会えていないことに悩んでいた。そこで、姉・カリーナや映画スタッフの協力を得て、運命的な出会いをする作戦を開始する。
シャカは新たなエクスカリバーを手に、ブラジルの強豪チーム・ブラジルリオスの門を叩く。伝説のブレーダー・バーナに弟子入りするために、シャカは入門試験として課せられた100人バトルに挑戦することに。
BCソルのワールドリーグ2回戦目の相手はイギリス・ロイヤルズ。そこにはかつてのチームメイト・イワンの姿があった。ガゼムはトレーナーであるイワンから秘策を授けられ、因縁の相手であるシスコを追い詰める。
ワールドリーグ2回戦のレアルサンバットVSブラジル・リオスの試合が東京で行われることになった。レアルサンバットを率いるワキヤは、リオスのシャカを倒すために新しい必殺技の準備を進めていた。
ダイナのパリブレーダーズがワールドリーグ2回戦でBCガレオンと対戦。パリブレーダーズに新たに加わった新メンバー、クリオ・ドロンは吸血鬼のようなバトルでBCガレオンを恐怖に陥れていく。
ワールドリーグの準決勝に進んだBCソルの相手・リオスの本拠地であるブラジルは、ベイカーニバルで賑わっていた。そんな中、リオスのルーウェイがバルトたち3人を相手にした3対1のベイバトルを挑んでくる。
ゾロ直伝の戦法でシャカの必殺技を封じるシスコに、シャカは意外な戦法で必殺技封じに対抗する。一方、ニューヨークでもブルズとパリブレーダーズによる準決勝が開始し、パリブレーダーズはクリオを勝負へ送り出す。
準決勝の第3ゲーム。クーザVSルーウェイ、ダイナVSフリーのバトルが開始。ベイの動きを予測する能力を持つルーウェイに対し、クーザは雪辱を誓って勝負に出る。一方、フリーを相手に善戦するダイナだが…。
ジョシュアの必勝パターンを崩そうとダイナは闘志を燃やし、その様子にジョシュアはプレッシャーを受ける。一瞬の隙も見逃せない緊迫した展開となったバトルで、ダイナはパリブレーダーズを決勝に導こうと奮闘する。
ワールドリーグ決勝前、レッドアイがシャカとルーウェイを襲う。一方、BCソルの練習場でバルトはフリーと再会し、バルトは試合前にも関わらずフリーに勝負を挑む。そして、ついに決勝戦を迎え…。
ワールドリーグ決勝戦、第3試合はシスコVSフリーの勝負。ドレイン攻撃を封じるシスコにフリーは追い込まれ、ファブニルの回転が弱まっていく。そして突如白鷺城ルイが姿を現し、決勝戦の熱気は最高潮に達する。
最高潮の盛り上がりを見せるワールドリーグ決勝戦は終盤を迎えていた。シスコの前に立ちはだかるジョシュア。バルトたちの思いを背負ってスタジアムに立つシスコの手には、ヴァルキリーのフレームが握られていた。
ルイの挑発を受けてカナダの原野に現れたレッドアイ。敵意をむき出しにするレッドアイに対し、悪夢を見せてやると言い放つルイ。スネークピット最小のレッドアイと白き暴君・ルイの必殺技がぶつかり合う。
ワールドリーグで優勝したBCソル。喜びの直後に訪れた親友との再会から、バルトは強さを求め始める。そんなバルトの下に世界最強ブレーダーを決める「ゴッドブレーダーズカップ」開催の知らせが飛び込んで来る。
BCソルに突然フリーが現れる。フリーが移籍した経緯を知るバルトは森の練習場で彼を待ち受ける。一方、スネークピットでは、最強を目指すレッドアイにアシュラムがさらなる力を授けようとしていた。
ゴッドブレーダーズカップのためにアメリカにやって来たバルトは、ベイバトルの音をたどっていくうちに地下空間へと落ちてしまう。そこは皇帝と呼ばれるブレーダー・クルツが君臨するアンダーワールドだった。
全世界が注目する中、ゴッドブレーダーズカップの幕が開ける。AグループはBCソルからバルトとクーザ、スネークピットからシュウ、ボア、ノーマン、そして皇帝・クルツの6人が戦いへと臨む。
ゴッドブレーダーズカップ1回戦、レッドアイVSボア。レッドアイに追い付き、そして追い越すためにスネークピットで勝ち残ってきたボアは、バハムートの新必殺技でスプリガンを追い詰めていく。
ゴッドブレーダーズカップ1回戦、Bグループの試合が幕を開ける。かつてワールドリーグの準決勝で敗れたシャカと再び戦うことになったシスコは、エクスカリバーに対する作戦を編み出していた。
ゴッドブレーダーズカップ2回戦。レッドアイVSクルツの因縁の対決が開始。クルツはスカイスクレイパーショットによる強烈な攻撃を仕掛ける。その時、スタジアム内での驚愕の事態に会場が騒然とする。
ゴッドブレーダーズカップもいよいよ3回戦。バルトとノーマンのバトルが開幕。戦略家のノーマンは撃ゴッドヴァルキリーの弱点を見抜いて攻めを展開。それでもバルトは必殺の一撃を決めようと狙いを定める。
ゴッドブレーダーズカップもいよいよ4回戦。決勝トーナメントに進める上位2人のブレーダーが誰になるのか、勝ち星が多いブレーダーたちに注目が集まるなか、バルトと変わり果てたシュウの対戦カードが決まる。
シュウにヴァルキリーのリブートドライバーを破壊されたバルトは、再選を誓いゾロにドライバーの修理を託す。シュウと再戦するには決勝進出が条件だと告げたクリスは、バルトにフリーの秘密特訓を見せ…。
ルイとロンギヌスに対して、オーバーリミッターによる超回転ファブニルで攻めるフリーの頂点対決が展開。一方、バルトとボアの試合の時間も迫るなか、バルトはいまだに新パーツを使いこなせず特訓を続けていた。
クルツを前に緊張するクーザだったが、バルトたちの声援を受けて観客も驚く曲芸シュートでクルツに挑む。自由で冒険心に満ちたクーザらしいプレーで、ククルカンの一撃にも負けない攻撃をクロノスは繰り出していく。
ゴッドブレーダーズカップ・決勝トーナメント第1試合、レッドアイとルイのバトルが開始。圧倒的な力で悪夢を見せるルイと、リベンジを誓って蘇ったレッドアイこと紅シュウ。その気迫に場内は緊張に包まれる。
王者・フリーの限界をも超えた強さを前に、バルトとヴァルキリーの攻撃は通じず追い詰められていた。しかし、バルトは自分自身を研ぎ澄まして極限まで集中力を高め、両者は最高のシュートを打つべく全力を振り絞る。
かつて決勝でバトルをする約束を交わしたバルトとシュウが、海を越えた地のゴッドブレーダーズカップ決勝戦でついに相まみえる。彼らは親友に勝ちたいという想いを胸に、全てを懸けた運命のラストバトルに臨む。
ゴッドブレーダーズカップから２年後、無敗の世界チャンピオン蒼井バルトは、伝説のベイトレーナー赤刃タイガを探しに日本の辺境の地に向かっていた。タイガに出会い、ヴァルキリーをメタルの「超ゼツベイ」へと進化させたバルトだが、予期せぬことが起きる。タイガの息子、赤刃アイガが挑戦をしてきたのだ！そして、その手には超ゼツベイ、ゼットアキレスが……！？今、ベイブレード界に新たな波乱が起きようとしていた！！
バルトに敗北してから数ヶ月間、アイガはベイバトルに明け暮れていた。近隣のベイバトルで敵無しになっていたアイガは、かつてバルトがつくった米駒学園ベイクラブに超ゼツベイ、エンペラーフォルネウスを持つ墨江フブキがいる事を知る。フブキが日本で最強のブレーダーだと言われていることを知り、ベイクラブに乗り込む決意をするが…！？
フブキとのベイバトル後、アイガは妹のナルと共に米駒学園へ転校し、一緒に寮で暮らすことになったと知らされる。一方、乱ベイ組のソーチョーこと黄山乱次郎は、アイガを決闘バトルに呼び出す！乱ベイ組を蹴散らしたアイガは許してはおけない！！河川敷で睨み合うアイガと乱次郎。どっちが強いのか白黒つくまで終わらない、夕日の決斗が始まろうとしていた！！
世界チャンピオンのタイトルマッチが開催される。蒼井バルトｖｓクルツ・バラティエ。世界レベルのベイバトルに感化されるアイガは、改めて打倒バルトを心に誓う。一方、アイガに恨みを持つ乱ベイ組が、アキレスを盗んで逃げるトラブルを起こす。騒ぎを聞きつけたベイクラブも巻き込み、事態は大騒動に！アイガ、ソーチョー、フブキが衝突し、ブレーダーとしての誇りをかけたバトルに発展してしまうが…！？
世界タイトルマッチ、蒼井バルトｖｓ白鷺城ルイ！世界最強ブレーダーによる超ゼツベイ対決に世界中のブレーダー達が騒然とする！！試合前、ルイがベイアリーナで練習していることを知ったアイガは、会場に忍び込んでバトルを挑む。超ゼツベイに進化したブラッディロンギヌスが、アキレスに反応するのを見たルイは、相手をしてやると言う。アイガを待ち受けているのは勝利か？それとも、悪夢か……。
優勝者がルイに挑戦できる、ロンギヌスカップの開催が発表された。大会を待てないアイガ、ソーチョー、フブキは、ルイに直接対決を挑みに行く。しかし、ルイからは、１対１では戦うに値しない相手だとして、３対１のハンデキャップバトルで遊んでやると言い渡される！バトルは明日、見下されて悔しい３人だが、どうしても勝てる方法が見つからない。意地でもルイに勝ちたい３人が出した答えとは…！？
白鷺城ルイに完全敗北したアイガたち３人。異次元の強さを誇るルイを倒すことを目標に、彼らは訓練に取り組む。そしてやってきたロンギヌスカップ予選当日。第一次予選はなんとシュートパワー測定！一定以上のシュートパワーを出さないと突破ができない！！訓練の成果を出して健闘していくアイガ達だが、海外の予選会場ではとんでもないブレーダーが現れて……！？
御朱印スオウ。フブキとの名コンビで、米駒学園ベイクラブを全国優勝に導いた「天才」と呼ばれるブレーダー。華道の名門、御朱印家の御曹司でもある彼は、一族に伝わる「竜の牙」から超ゼツベイを作り上げる決断をする。次第に形作られていく新ベイとともに、スオウの顔が豹変していき…！？ロンギヌスカップ前哨戦！地獄の火炎竜がアイガに襲いかかる！！
ロンギヌスカップ最終予選。いち早く予選突破をしたのはシュートパワーでトップを誇ったオウ・ホウイ。アイガ達は負けじと気持ちを高めていく。一方、最終予選の対戦相手がスオウに決まった常夏は、特訓の成果が出せずに落ち込んでいた。そんな常夏に手を差し伸べたのはアイガだった。さらにソーチョーも加わり、打倒スオウの特訓が始まる！スオウ相手に勝利をつかみ取る決意を固めていく！！
ホウイのアーチェリー練習を目撃するアイガ。研ぎ澄まされた集中力と、正確なコントロール能力を持つ、一流アスリートのホウイに対し、アイガは自分の未熟さを痛感する。そんな中、ロンギヌスカップ準々決勝の相手が発表された。アイガの相手はなんとソーチョー！河川敷のバトルでは決着がつかなかった対決が、今ロンギヌスカップの会場で繰り広げられる！！
ロンギヌスカップ準決勝。組み合わせはフブキｖｓスオウ、アイガｖｓホウイに決定。天才を自負するスオウは、フブキを完全に見下し「君はもう終わっている」と冷たく告げる。事実上の勝利宣言を突き付けられたフブキは、これまで積み上げてきた努力を信じ、勝利に向けて特訓に打ち込む。そして準決勝第一試合、かつては最強コンビと呼ばれた２人の、誇りをかけた激闘が始まる！！
ロンギヌスカップ準決勝進出を決めたホウイだったが、アーチェリーの練習に身が入らずコーチたちからベイブレードを禁止されてしまう。期待を裏切るわけにはいかず、ホウイは国に帰ってアーチェリーに専念するべきかを悩む。アイガと交わしたバトルの約束に心残りを感じながら…。一方、そうとは知らず、試合会場で準決勝を心待ちにするアイガ。しかし試合直前、驚きの知らせが飛び込んできて……！？
シスコを挑戦者に迎えたバルトのタイトルマッチ。会場に謎の新進ブレーダー、ファイが乱入し、「壊しがいがありそうだ…」と不気味にバルトを挑発する。世の中には強いブレーダーがまだまだいることを実感するアイガは、まずはスオウを倒し、ルイを倒すことを心に誓う。そして迎えたロンギヌスカップ決勝。観戦に現われたルイに、アイガとスオウは強烈な対抗心を燃やす！今決戦の火蓋が切られる！！
風の声を聞く、謎の占い師ラバン。自分の占いに絶対の自信を持つ彼は、アイガにルイの攻略法を占おうかと問いかける。だがアイガは、攻略法はすでにあると言い放ち、特訓に集中する。そのアイガの元にソーチョーとホウイも合流し、ロンギヌス攻略の必勝策を練り上げていくのだった！一方、ルイのもとにも現れたラバンは、占いで出たルイの意外な運命を忠告する。ルイに一体何が起きるのか！？波乱のバトルが今始まる！！
絶対王者ルイに手も足も出ないアイガ。決死の必殺技もルイに破られ追い詰められてしまう。そんな中、ナルやソーチョー、ホウイたちの応援が会場全体に響き渡り、アイガを包み込む！これを受けてアイガは集中力を取り戻し、アキレスと語り合う。ルイよりも強いシュートを打たなければ！ロンギヌスを倒すためにはどうしたらいい！？ルイとのバトルは最終局面へと向かう！！
大航海の船上大会「バトルシップクルーズ」。新世代トップブレーダー達が世界王者バルトへの挑戦権を賭けて戦う！ロンギヌスカップで優勝したアイガは、大航海の冒険へと世界へ飛び出す！！ベイバトル専用船で行われるこのバトルには「Ｚ４」と呼ばれる新世代ブレーダーの頂点４人のうち２人が参加していた。占い師だと思っていたラバンと、正体不明のファイ。新世代Ｎｏ．１を決める大海原の激闘が今始まる！！
海洋上の王国に寄港したベイクイーン号。練習中のアイガの前に、エクスカリバーが突然襲いかかってきた！そこにいたのはＺ４の１人、ジャン・ボガード。王国の王子であり、灼炎寺カイザからエクスカリバーを受け継いだブレーダーだった。ライバルに値するブレーダーがベイクイーン号にいるのか試してやると言う。ジャンの挑発にヒートアップするアイガたち！超ゼツ進化したエクスカリバーの斬撃が襲いかかる！！
濃い霧の中から、幽霊船が突然現れた！バトルシップクルーズ、次のチャレンジは幽霊船バトルだ。船内に仕掛けられたトラップを攻略してゴールに辿り着かなければならない。次々と脱落者が出ていく中、先へと進んでいくアイガ達。そこに、不気味な仮面を付けた怪しい人影が現れて……！？響き渡る叫び声！逃げ惑うブレーダー達！生き残りをかけた幽霊船バトルが繰り広げられる！！
ベイアスロン！それはベイによる様々な競技で争う、生き残りをかけた競争だ！！シュートパワーとスタミナを競う１０００回シュートから、ベイが飛ぶ美しさの競い合い、そして、ベイでホールインワンを狙うなど、難易度が高い試練が続く！ブレーダーとしての総合能力が問われる過酷な競技をクリアしたブレーダーだけが、最終バトルの権利を得られる！勝ち残れ、ベイアスロン！！
ニューヨークに到着したベイクイーン号。アイガとソーチョーは、ニューヨークブルズで練習中のフブキと再会する。ベイバトルで腕比べをして、さらなる高みでの再戦を誓い合う。そして、バトルシップクルーズでは、９人目のブレーダーが参加し、２段スタジアムでのバトルロイヤルが始まる！！その時、ファイのフェニックスが黒く輝き、スタジアムは爆炎に包まれ始め……！？
今回のチャレンジバトルはタッグバトル！第１試合はソーチョー＆スオウｖｓジャン＆カイル。そして第２試合はアイガ＆フブキｖｓホウイ＆ラバンとなった。ベイスターが少ないソーチョーとスオウは、協力する気がなく早くもピンチに。一方のアイガとフブキは連携を深めていく。ライバル同士だからこそ仲間の強さを知っている！チームワークで勝ち抜くバトルが始まる！！
３人１組でのバトルロイヤル、３ベイバトルが始まった！残りのベイスターが１つしかないソーチョー、スオウ、ホウイはもう後が無い。しかもスオウとホウイは同じ組、負けた方がバトルクルーズからの脱落が決まってしまう！！一方、追い込まれて弱気になっていくソーチョーを見たアイガは、一緒に闘争心を燃やして特訓を始める！最初の脱落者は誰になってしまうのか！？
ソーチョー、フブキ、スオウのベイスターは残り１つ。Ｚ４のジャンが相手に決まったソーチョーは、新必殺技をあみだして打倒エクスカリバーの戦略を練りあげる！一方、フブキの相手はスオウに決定。シュウとの修行であみだした新シュートで攻めに出る！そして、アイガの相手はラバン。レオパルドのハウリングバイトを攻略しないとアイガに勝ち目はない。ベイスターを守るため、負けられないバトルが続いていく！！
シーカヤックの競争で意地になり、無人島に迷い込んでしまったアイガ、ジャン、ラバン。自然の猛威とハプニングに襲われるなか、共鳴力を発揮して覚醒したアイガに救われたジャンは、アイガの中にある不思議な力を見抜く。一方、ラバンは対戦相手のファイを占うと、見てはならぬファイの本性を覗いてしまう！衝撃の結末に全てのブレーダー達が戦慄する！！
最終目的地であるスペインに到着したベイクイーン号。アイガは早速、バルトの所属チーム・ＢＣソルへ向かうが、森に迷い込んでしまう。そこで出会ったのはフリー・デラホーヤ！世界最強ブレーダーを目の前にして闘争心をむき出しにするアイガはバトルを挑む！しかし、最強無敵を求めて急成長したアイガが危険な何かに目覚めていくのを感じ始めたフリーは、本気を出してアイガを倒しにかかる！！
残り４人となったバトルシップクルーズ。第１試合はファイｖｓジャン、第２試合はアイガｖｓフブキに決定！ゾロから受け取った新たなランチャーとドライバーの性能を引き出せないアイガは、必ず勝つとソーチョー相手に特訓を始める。しかし、その戦い方はまるで相手のベイを破壊するようで、見ていたナルたちを不安にさせる。そんな中、いよいよバトルシップクルーズは最終局面のバトルへと突入する！！
世界チャンピオン、蒼井バルトへの挑戦権を得たアイガとファイ。しかしタイトルマッチを前にして、エクステンドプラスドライバーを使いこなせないアイガに、ジャンは師匠であるシャカこと灼炎寺カイザを連れて現れる！アイガに興味を持ったシャカは、バルト戦に向けたシャカ流の特訓を始めるのだった！タイトルマッチ前哨戦、エクスカリバーとシャカが立ちはだかる！！
急激に強くなっていたアイガに、驚きながらもバトルを楽しむバルト。しかし、アイガは違った。勝ってこそのバトルだと最強への執念を燃やし、もっともっと強くなることを追い求める。しだいにアイガの様子に変化が……。アキレスと深く共鳴したアイガは、力を暴走させ漆黒のオーラを浮かび上がらせた！危機感を覚え、全力で迎え撃つバルト！タイトルマッチは死闘になっていく！！
満月の下、アイガとファイ、２人だけの決闘が始まる！ファイの目的は、共鳴で強さを得たアキレスを自分の手で破壊することだった。しかし、黒いオーラを発して立ち向かってくるアイガは、底知れぬパワーをファイに見せつける事になる！？一方、破壊に突き動かされるアイガに、不安をおぼえるバルトは、大きな決断をする！さらに、波乱のベイブレード界では、Ｚ４の最後の１人がついに動き始める！！
アイガｖｓハーツのタイトルマッチ！Ｚ４の最後の１人であり、ファイの双子の弟ハーツは、デッドハデスと一心同体になる究極の共鳴をするブレーダー。ベイの力を最大に高める代償に、ベイのダメージも自分自身に受けるバトルスタイルを持つ。最重量級ベイ、デッドハデスの痛恨の打撃が、深々とアキレスに打ち込まれる！アイガもより深くアキレスと共鳴するが、ベイの衝撃を感じるようになっていき……。
自分の力をコントロールできないアイガ。アキレスとの共鳴を高めようと特訓するが、アキレスが思うように動いてくれない。少しでも気晴らしにと、動物たちと遊んで気分転換しようとするが、アイガの黒いオーラに動物たちも逃げ出してしまう。行き詰まったアイガは大きな決断をすることになる！一方、バルトは赤刃タイガの工房を訪れ、新ヴァルキリーの開発に動き出す！！
超Ｚヴァルキリーを完成させたバルトのもとに、フリーが訪ねてくる。超Ｚ覚醒の力を身につけるため、バルトはフリーと特訓を開始する！一方、魔城デッドグランに到着したアイガとソーチョー。ハーツのもとにたどり着くためには様々な仕掛けを突破しなければならない。そして、アイガの前に仮面を脱いだ地獄の門番、カイルが襲いかかる！！
魔城デッドグランに乗り込んだアイガとソーチョー。迷いながら辿り着いたのはイベルの研究室だった。研究データを取るため、イベルはオーブイージスでアイガに襲いかかる。鉄壁を誇るイージスの守りに、アキレスの攻撃は通用するのか！？さらに、アポロスとアルテミスが回転する超Ｚ無双ベイスタジアムが設置された部屋では、天井が落ちてくる罠が仕掛けられていた。制限時間以内に攻略することができるのか？
怪盗ナイト伯爵。世界中で気に入ったベイを盗み取る彼は、ハーツのベイを狙い、魔城デッドグランへ忍び込んでいた。しかし現れたアイガに興味を持ち、アキレスを手に入れるためアイガの前に立ち塞がる。アポロスとアルテミスを合体させたベイ、エクリプスとのバトルになる！勝ったらハーツの居場所を教えるという条件で、勝負を受けるアイガだが、エクリプスの秘密に驚くことになる！！
アイガの前に姿を現したのは伝説のブレーダー、紅シュウだった。アイガの共鳴がアキレスとの絆を無視した悪魔の共鳴だと伝えに現れたのだ。納得できずにベイバトルを挑むアイガの前に、シュウの進化したスプリガンが立ちはだかる。なおも諦めないアイガに、バトルを通じてベイとの絆を伝えようとするシュウ。果たして、シュウの想いはアイガに届くのだろうか！？
デッドグラン内にある試合会場、デッドコロッセオ。そこではアイガｖｓハーツのバトルが始まろうとしていた。遂にハーツとの再戦を迎えたアイガは、闇の共鳴力を高めてハーツに挑み掛かる。同じく闇の共鳴を極めたハーツも暗黒のパワーを高めていく。リベンジマッチを観戦する世界中のブレーダー達。観客席では不安げに見守るバルトとシュウ。今、暗黒のパワーを極めた２人のブレーダーがぶつかり合う！！
バルトｖｓハーツ。セカンドバトルを終えても互角の勝負を繰り広げる2人。ハーツは闇の共鳴を極めたブレーダー。ベイの衝撃を自分自身に感じ、痛みを受ければ受けるほど、強力なパワーを発揮してバルトを追い詰める。ヴァルキリーと語り合うバルトは、ヴァルキリーの超Ｚ覚醒で対抗する！激突に次ぐ激突はデッドグランを揺るがす衝撃を生み、遂に決着の時が訪れる！！
共鳴しても勝てないアイガは、バルトとヴァルキリーの戦う姿を振り返って、ようやく気づく。自分が共鳴だと思っていたのは、アキレスとの絆を深めるどころか断ち切るものだったと。アイガは自分のあやまちを認め、今度こそアキレスとの絆をつなぐと決意する。そしてシュウの手を借りて、アキレスを復活させるべく動き始めた！！
ハーツとの再戦が決まり、ソーチョーやフブキたちと特訓に打ち込むアイガの元へ客人が訪れる。彼はキット。バルトのチームメイトで、ＢＣソルを代表するトップブレーダーの１人だ。アキレスに興味を持ったキットは案内役にアイガを連れ出し、２人でバルトの思い出の場所を巡っていく。バルトの成長の足跡をたどり、ブレーダーとしての自分を見つめ直していくアイガは、ハーツ戦へ魂を込めたバトルを誓う！
アキレスとの絆を結びなおしていこうと気を引き締めるアイガ。その時、空からハングライダーでキットが登場！彼はバルトへの挑戦をかけて、アイガにバトルを申し込むのだった！そして、１つ頼みごとを打ち明けた。赤刃タイガに会ってエアナイトを見せたいと。２人はアイガの故郷に一緒に向かい、タイガの工房を訪れる。エアナイトをさらに進化させるヒントを得たキットは、アイガと共に開発を始め…？
アイガと超Ƶアキレスの前に敗北したハーツは、激しい特訓に打ち込む。そこには、デッドグランを見下ろすファイ。幼い頃から全てにおいて弟であるハーツに優っていたファイの、ただ１つの心残り。それは父からもらったベイ、デッドハデスをハーツから奪い取ることだった。決死の覚悟で阻止しにかかるハーツと、真の力を見せつけるファイ。今、ベイブレード界に新たな戦慄が走る！！
ハデスを破壊したファイに対し、闘志を燃やすアイガ。そんな時、篠田学園長は、アイガ達の特訓用にと２段式スタジアムをプレゼントする。米駒学園のブレーダー６人でバトルロイヤルを始めるアイガたち。ベイブレードを始めた頃のライバル達を前に、初心に戻るアイガ。一緒に強くなってきた仲間達とのバトルは、アイガとアキレスの絆に大きな課題を突きつけることになる！？
ファイｖｓフリーのスペシャルマッチ！ファイの狙いは、フリーのガイストファブニルを破壊し、バルト達に絶望を与えること。コンディションを万全に整えてバトルにのぞむフリー。ハデスを取り込んだデッドフェニックスの猛攻に対し、ガイストファブニルは回転力を吸収して逆襲！だが、デッドアーマーによる不規則な攻撃で追い詰めてくるファイ！！フリーはオーバーリミッターをさらに解除し、全力を超えた全力を出し始める！！
アキレスとの絆を作るため、武者修行の旅に出たアイガ。その最初の目的地はジャンの王宮だった！アイガと再会したジャンは、早速いろいろな修業へと連れ出す。瓦割り、空手の組手、バランス修行など、ジャンが日頃こなしている修業に挑戦するアイガ。そして攻撃特化の特殊スタジアムで対峙した２人だが、アイガの中に迷いがあるのをジャンは見抜く。アイガの迷いとは…！？
アイガの次の目的地はアフリカだ！ラバンの出迎えを受けて、キリマンジャロへ向かうアイガ。しかしキリマンジャロは高く険しい山。途中で野宿をすることになったアイガは、食料を探しに出かける。その時、濃い霧がアイガを包み込み、キリマンジャロの精霊がアイガに語りかけてくる…。キリマンジャロの精霊の正体とは！？今、アフリカの野生の大地が、アイガの本能に火をつけ始める！！
アイガの修行の旅、その最後の相手はキットだ！サバンナからBCソルへと移動したアイガは、バルトとのタイトルマッチを終えたばかりのキットに勝負を挑む。意気込むアイガを、キットは地下室に案内する。そこには、キットが得意な空中戦にも対応した新型スタジアムが設置されていた！！アイガは空中戦を攻略し、キットに勝利することが出来るのか！？
シュウｖｓファイのスペシャルバトルがついに始まる！レッドアイと呼ばれていた時以上の気迫を出すシュウを見て、さらに喜びを感じるファイは、スプリガンの破壊を宣言する！！そして始まるファーストバトル。シュウの出方を探るように守りに徹するファイに、デッドアーマーを封じる速攻で勝負を決めにいくシュウ！トップブレーダー同士の激戦、全世界が注目するバトルの行方は！？
ファイとのバトルが決まったアイガ。米駒学園の仲間たち全員と一緒に、ファイを倒すための猛特訓を始める。しかし相手はファイとデッドフェニックス。レベルが格段に高い相手に、決め手がなかなか見つからない。その時、米駒学園に現れたのは紅シュウ！デッドフェニックス攻略のための試練を与える。アイガはシュウの試練を乗り越える事ができるのか？
フェニックスによって再びアキレスが破壊される悪夢を見るアイガ。試合を前に緊張感を隠せないが、シュウとの特訓を乗り越えた自信で気持ちを落ち着かせる。因縁の対決を目前に控え、実家に帰ってきたアイガは、父・タイガとのベイバトルを心から楽しむのだった。そして遂に決戦の日、ファイは驚きの試合方法を提案してきて…！？アイガｖｓファイ、決着の火蓋が今切られる！！
フェニックスの猛攻に耐え、オーバーフィニッシュを決めたアキレス。ファイは、想像以上に成長したアキレスの一撃に驚きつつも、壊しがいがあるベイだと邪悪な笑みを浮かべる。ファイの気迫に圧倒されるアイガだが、仲間たちの想いを胸に、アキレスと共に真っ向勝負で立ち向かう！白熱のバーストマッチは最終局面に突入する！！
王者バルトｖｓアイガのタイトルマッチ！初めてバルトと出会い、ベイの楽しさを知った時を思い出すアイガ。一方のバルトも、強くなったアイガとのバトルに胸を躍らせる。そしてついに、ネオベイアリーナにて頂上決戦の幕が開ける。超Ƶ覚醒を解除して、バースト狙いで正面からぶつかり合うアキレスとヴァルキリー！最強無敵のブレーダーを決める世紀の対決に、全世界のブレーダー達が熱狂する！！
赤刃アイガvs蒼井バルトのタイトルマッチから１年後。蒼井バルトは、新たな進化をとげた「ガチンコベイ」のスラッシュヴァルキリーを作り上げた。ＢＣソルの後輩、虹龍ドラムと茜デルタの前で打ち放たれるヴァルキリーは、黄金に光り輝き疾走する。ベイの無限の可能性を目の当たりにしたドラムは、光のベイを目指すと決意し、相棒のエースドラゴンと共に日本へ修行の旅に出る。今、新たな才能がベイブレード界に旋風を巻き起こす！
虹龍ドラムvs草葉アマネ。ブシンアシュラの12枚刃による強固なディフェンスの前に、攻撃を封じられるエースドラゴン。追い詰められるドラムだが、ドラゴンを最高の光のベイにする決意を胸に、さらに闘志を燃やす！しかし、アシュラは必殺のハリケーンディフェンスで、ドラゴンの攻撃パターンを崩してくる！ドラムは修行の地、日本で直面した試練を乗り越えることができるのか！？
ビクトリーズでトレーニングを開始したドラム。ランニング中、ドラムは目に留まったベイクラブ、スパークデビルスの練習場へふらりと寄り道をする。そこはアマネのライバル、金道フミヤ率いる国内屈指の強豪クラブだった。フミヤのガチンコベイ、ウィザードファブニルに興味を引かれるドラムだが、ファブニルには魔法のような未知の能力が秘められていた。ファブニルの驚異の魔法がドラゴンに襲い掛かる！！
フミヤのウィザードファブニルに刺激されたドラムは、ドラゴンを進化させるため、新しいベースを作り出した。スタミナ能力を飛躍的に高めたベース、その名はグラン！しかし、新たな課題に直面する。今のドラムのシュートでは、グランドラゴンの能力を引き出せないのだ。シュートフォームを改善するため、タンゴが指示した訓練とは！？
ビクトリーズに驚きのニュースが飛び込んでくる。ベイブレードカーニバル優勝候補のフミヤが、ドラムとビクトリーズに対して親善試合を申し込んできたのだ。しかも、バトルは全世界への生中継で行われる。間違いなく罠だと心配するアマネとイチカだが、ドラムはやる気満々！波乱が予想される親善試合、フミヤの狙いは何なのか！？
ポイントを先取され、後が無くなったドラム。弱点がないファブニルに圧倒されるが、次の勝負をグランドラゴンに賭ける！積極的な攻めで、ドラムを追い込こんでいくフミヤ。ウィザードファブニルの必殺攻撃に対し、粘り強いスタミナ力で必死に耐えるグランドラゴン。ベイカーニバル前哨戦、ドラムはファブニルの壁を打ち破ることができるのか！？
すっかりビクトリーズに馴染んだドラム。今日もガチンコ勝負をアマネたちと繰り広げていた。そんな時、トレーニング中にふらりと現れたのは、蒼井バルトだった！ベイカーニバル開催に合わせて、ドラムの様子を見に来たのだ。突然のレジェンドブレーダーの訪問に驚くドラムたち。この機会を逃すものかとビクトリーズ一同は闘志全開でバルトに挑戦する！！
バルトの掛け声と共にベイカーニバルが始まった！ドラムは新開発したロックドラゴンで初戦にのぞむ。そんな中、ビクトリーズ一同の前に現れたのはギャンブルブレーダー、瑠璃川ジョー。彼はこの大会で、自分がビクトリーズ全員を倒せるかどうか賭けて戦うと宣言する。ミステリアスなジョーの初戦の相手はなんとタカネ！くせ者ぞろいのベイカーニバルは波乱の幕開けとなる！！
ベイカーニバルのベスト８が決まった！準々決勝、注目の第一試合はアマネvsジョー！賭けが当たったと余裕のジョーに対し、負けられない理由があると闘志を燃やすアマネ。自分を鍛えてくれたタンゴのために、弱小と呼ばれ続けるビクトリーズを有名にするため、優勝を目指していたのだ。アマネとアシュラは、ジョーカーの壁を打ち破れるのか！？
ベイカーニバル準決勝。運命のルーレットが回り、第一試合はドラムvsジョーに決定。ジョーは自分の賭けどおり、ついにビクトリーズ全員と当たることになり一同を驚かせる。一方のドラムは、アマネたちと対策を練り始める。エース・グラン・ロックをどのように使いこなして戦うかが勝利への鍵となる。果たしてドラムは、変幻自在のジョーカーを攻略できるのか！？
先制しながらもジョーに追いつかれたドラム。変幻自在で動きが読めないジョーカーの攻略方法が見つからず焦り始めるが、ドラゴンと語り合い、エースドラゴンで挑むと決める。攻めて攻めて攻めまくる、真っ向勝負でバトルだ！ドラムの戦略を見たジョーも、一か八かの真っ向勝負に出る！スピードをつけたベイ同士が、正面から激突！！生き残るのはどちらのベイか！？
ベイカーニバル準決勝第２試合は、前回優勝者フミヤと、超人的パワーの持ち主ロダン。この大会は通過点にすぎないと宣言するロダンは、バースト狙いで決めにくる。しかし、フミヤは高度なテクニックで、ロンギヌスの攻撃を無効化していく。強敵に巡り会えたとさらにパワーを上げるロダンに対し、巧みな攻守でバトルを支配するフミヤ。パワーvsテクニックの熾烈なバトル！会場の熱気は最高潮に！！
ロダンの圧倒的なシュートパワーを目にしたドラム。今までより強いシュートを打とうと特訓に励むが、完成しないまま決勝戦をむかえる。迷いを抱えるドラムに対し、ファーストバトル、ロダンは５秒でドラゴンをバーストさせると宣言！騒然とする会場で、ドラムは冷静さを失っていく。日本でむかえた最大の試練！ロンギヌスの猛攻がドラゴンに襲いかかる！！
バトルを通じて更に強さを増すドラムとロダン。フォースバトル、彼らの渾身のシュートが放たれた！ロンギヌスの重量を生かした一撃に対し、ロックドラゴンの能力をフル活用して反撃するドラム。観客席のバルトも見入るほどの激しく熱いバトル。ロンギヌスは最大攻撃ツヴァイハンマーで攻め込み、ロックドラゴンはロッククラッシュで応戦する。その時、黄金の光がスタジアムを駆け抜けていく！？
ドラムの前に突然現れ、エースドラゴンをバーストさせたデルタ。ゴールドターボを絶対的な強さと考えるデルタは、ディアボロスを唯一最強とするため、ベイカーニバル決勝でゴールドターボの輝きを見せたドラゴンを倒しに来たのだ。続くバトル、ドラムはグランドラゴンのスタミナをいかした連続攻撃で、ディアボロスを遂にバーストさせたかに見えたのだが！？
サードバトル。これが最後とベースを付け替えたイレイズディアボロスをドラムに突き付けるデルタ。勝負を諦めず、ロックドラゴンで挑むドラム。左回転のイレイズディアボロスによる激しい攻撃に耐えて逆転を伺うドラムだったが、再び分身したディアボロスの驚異の連携技がドラゴンに襲いかかる。底知れぬ実力を持つディアボロスに対し、ドラムとドラゴンは勝利を信じて立ち向かう！！
デルタのバトルを目の当たりにしたタンゴは、ドラムたちと世界へ修行の旅に出ると決める。目的地は、神の子と呼ばれるポット・ホープがいる秘境、天空の城。ポットは、「ＧＴ３」と称される、世界ランクベスト３のブレーダーの一人だ。どんな恐いブレーダーかと思いきや、実際にはとんでもないイタズラ小僧だった。到着早々、彼のイタズラに引っ掻き回されるドラムたちに、条件付きでバトルをしてもいいと言うポットだが……。
次の目的地へと足を運んだデルタ。そこはＧＴ３の一人、ブリント・デボイの別荘だった。さらなるゴールドターボの輝きを目指すデルタにとって、ブリントは越えるべき壁。貪欲に強さを求め、荒々しく獰猛なデルタに、芸術家として美しさを感じたブリントはバトルに応じるのだった。猛攻を掛けるディアボロスを防ぎきる鉄壁のドレッドバハムート。ＧＴ３同士の初対決！デルタのゴールドターボがバハムートに通用するのか！？
ゴールドターボを封じたブリント。それでも更なる輝きを目指すデルタ。マグマのように煮えたぎる闘志のオーラを放つデルタに、ブリントは待望の美しさを見出す。そして始まるサードバトル。真円のドレッドサークルで全ての攻撃を無効化する鉄壁のバハムートに対し、ディアボロスはデュアルファントムを発動し、連携技で圧倒的な一撃を狙う。その時、ディアボロスが眩しいほどに輝き始め…！？
天空の城に辿り着いたドラム達だったが、アマネに修行を任せてワガママ放題のポットに振り回されていた。強くなりすぎてどの大会でも簡単に優勝できてしまうポットは、ベイへの情熱が冷めていたのだ。しかし、ドラムの勢いに押されたポットは、１回だけ勝負を受けることに。負けた方が、勝った方の言うことをきく条件。完全にドラムを見下していたポットだったが、このバトルで初めてゴールドターボを見ることに…！？
ゴールドターボの輝き。初めて光り輝くベイを見たポットは、もう１度バトルをすることに。未知なるゴールドターボをドラムから引き出すため、積極的に攻めるポット。それに対し、グランドラゴンで粘り強く応戦するドラムだが、ドラゴンはゴールドターボの輝きを見せない。もしかすると、ゴールドターボは見間違いだったのか？ペガサスが勝負を決めに行くその時、ドラゴンは今まで以上にまぶしい輝きを見せて…！？
バトルジャーニー。それは、世界王者・赤刃アイガが企画した、チャンピオンの座をかけた大会だ！舞台は全１８ステージが用意された孤島、バトルアイランド。振ったサイコロの目だけ進み、同じステージで止まったブレーダー同士がバトルする。最後まで進んだブレーダーだけがアイガに挑戦できる！ＧＴ３や世界中から選ばれた強豪たちが、アイガを目指して一斉にサイコロを振り始める！！
ドラムvsブリント。真円のドレッドサークルでどんな攻撃も跳ね返すディフェンス力を持つバハムートに対し、さらなる輝きを求めてゴールドターボで立ち向かうドラムとドラゴン！ドラムはＧＴ３の壁を乗り越えられるのか！？そして振られた２回目のサイコロ。ステージ７ではデルタとフミヤが対峙する。ディアボロスを研究し、秘策を用意してきたフミヤはデルタに対し自信を見せる！！
バトルジャーニー、３回目のサイコロチャレンジ。ポットとデルタがステージ１２で遭遇。ＧＴ３対決の実現に盛り上がる観客たち。アイガも注目する中、バトルの火蓋が切られた！猛攻を掛けるディアボロスに対してペガサスはロックリバースでダメージを回復！デルタを翻弄するポットの実力に驚くドラムたち。しかしデルタは、予想通りとばかりに、むしろペガサスを喰らおうとディアボロスと共に気持ちを高ぶらせる！！
４回目のサイコロチャレンジでゴールに到達したアマネが、アイガへの挑戦権を獲得した！アマネは王者・アイガに全力で戦う決意を固め、ついに世界タイトルマッチが始まる！初体験のハイパーダブルスタジアムに驚きつつも、あっという間に順応したアイガは、その勢いで守りを固めるブシンアシュラを圧倒的な攻撃で追い詰める！観客全員が、世界王者の実力を目の当たりにすることに！！
残る挑戦者はドラムとデルタ。２人が振ったサイコロの結果は何と同時ゴールだった！？先にゴールにたどり着いた者が、先にアイガへの挑戦権を得る。距離が遠いドラムは道なき道を駆け抜け、デルタより早くゴールへ到着！ドラムとのバトルを楽しみにしていたアイガは、気合十分でドラムを迎え撃つ。果たしてドラムは、アイガのゴールドターボを打ち破ることが出来るのか！！
アイガに先制されながらも、楽しいバトルに満足するドラムに「それで良いのか」と問うドラゴン。その言葉から勝ちたいという気持ちが湧き上がったドラムは、アイガにガチンコ勝負を挑む！再び激突するドラゴンとアキレス。果敢に攻めるドラゴンだが、百戦錬磨のアキレス相手に決め手を欠く。その時、勝利への強い想いが高まり、ドラゴンのゴールドターボがより強い輝きを発して…？
アイガVSデルタ。バトルジャーニー最後のバトルが始まろうとしていた！アイガとアキレスを倒し、唯一の最強を目指すデルタは殺気にも似た闘志でディアボロスを打ち放つ！分身攻撃で猛攻を掛けるディアボロスに対し、ゴールドターボで反撃に出るアキレスだが、ディアボロスは更にゴールドターボで追撃する。激突する２つの黄金の輝き！世界タイトルをかけたバトルはクライマックスを迎える！！
タイトルマッチに突然乱入してきた謎のブレーダー、アーサー・パーシヴァル。自分を王と称し、強さこそがベイブレードの全てと宣言する彼に、真っ向から立ち向かうアイガ。睨み合いの末、アイガVSアーサーのバトルが組まれることに！運命のバトル、アキレスがゴールドターボの輝きを見せたその時、「終焉」のベイ、アポカリプスは謎の能力を発動！アイガとアキレスは、アポカリプスを攻略できるのか！？
アーサーに対し挑戦状を叩きつけたドラムとデルタ。不敵にもアーサーは２人まとめて相手にすると告げる。そして始まるスリーベイバトルだが、アーサーを倒すのは自分だと１人で突き進むデルタ。一方のドラムはそのデルタの動きに合わせて立ち回り、果敢にアポカリプスに挑んでいく。ゴールドターボで勝負に出たドラゴンとディアボロスに、アポカリプスの恐怖の剣が襲いかかる！！
ドラゴン復活に悩むドラムは、河川敷で数式を書き続ける少年、グウィンに出会う。謎のレイヤー、ジェネシスを開発し、パワーコア理論を研究する天才少年だ。一方、アーサーはwbba.に対抗し、強者のみが生き残るベイブレードの組織「HELL」を結成。世界王者を破った力に惹かれ、次々とHELLに集うブレーダーたち。負けられない気持ちから、ドラムは新たなドラゴンのイメージを作り上げる！！
打倒アーサー！ HELLの本拠地へ乗り込んだビクトリーズだが、ドラムたちを出迎えたのはブリントとジョーだった。アーサーに辿り着くには彼らを倒さなければならない。ブリントとのバトルに臨むドラムだが、バトルジャーニーの時よりも更に手強いブリントに追い込まれる！攻めあぐねるインペリアルドラゴンに、バハムートの新必殺技が襲いかかる！！
HELLタワーでドラムたちの前に立ちはだかるジョー。その相手に名乗り出たのは、ベイバトル未経験者のグウィンだった。驚くドラムたちだが、ジェネシスに興味を持ったアーサーは挑戦を認める。見くびられたと怒るジョーは、５秒で勝利すると宣言する。一方のグウィンは、まるで数学のように、バトルの展開を計算する。すると、グウィンとジェネシスから広がる数列が、スタジアム上を支配し始めて…！？
明日のバトルを控え、アポカリプス攻略の訓練にはげむデルタ。勝利のカギは、前回の敗戦。そこから見出したアポカリプスの弱点を狙えば、バーストできるはず。協力しようとやってきたドラムを追い返し、デルタは一人で秘策をあみだす。しかし、グウィンは告げる、それでもキミは負けると……。そしてバトル当日。スタジアムを挟み対峙するデルタとアーサー。デルタの攻略法は通用するのか！？
弱点を突かれることで発動する最終必殺技を持つアポカリプス。そして決まるアーサーVSドラム！勢いだけで勝てる相手ではない。今のドラムでは、アーサーとアポカリプスに太刀打ちできない。インペリアルドラゴンが持つ真の攻撃力を引き出すため、ドラムたちはアポカリプス攻略の特訓を、夜遅くまで続けるのだった。そして翌日。仲間たちの応援を背にドラムがスタジアムに立つ！！
アーサーVSドラム！アポカリプスの無限ロックシステムの前に窮地に立たされるドラムだが、バースト勝ちを狙う決意は変わらない。そんなドラムを見たグウィンは、無限ロックシステム攻略は計算上では不可能だと結論づける。そして始まるセカンドバトル。積極的に攻めに出るアポカリプスに対し、粘り強くチャンスをうかがうドラゴン。ドラムとドラゴンの気持ちが最高になったその時、ドラゴンに新たな覚醒の兆しが…！？
HELLタワーでの激戦を終えたドラム。ビクトリーズでの平穏な日々に戻った彼に、グウィンがバトルを挑んでくる。無限ロックも超えるドラムとドラゴンの未知の力、その答えが知りたいと、次第にグウィンの様子が変わり始め、練習バトルは誰もが予想もしない壮絶な死闘に！？一方BCソルでは、練習中のバルトの傍らに、心を打ち砕かれたデルタの姿が…
ドラゴンは壊れるよ…、ジェネシスの衝撃を計算するグウィンは、バーストと同時にドラゴンが砕けると宣言する。ドラムはグウィンの急成長を喜ぶ一方で、その強さに恐れすら感じる。計算通りにいくものかとゴールドターボを繰り出すドラゴンに対し、スペリオルターボで弾きかえすジェネシス。一進一退の攻防の中、グウィンの叫び声と共に、ジェネシスの強い光がスタジアムを包み込む！！
デルタがアーサーにリベンジバトル！特訓中に驚きのニュースを聞いたドラムは、応援をするためにHELLタワーへ駆けつける。絶対にデルタは復活すると信じてきたドラムの前には、かつての自信に満ちたデルタの姿が！バルトのもとで、新たにマスターディアボロスを完成させ、光を取り戻したデルタが、スタジアムを挟んでアーサーに対峙する。はたしてマスターディアボロスはアポカリプスを攻略できるのか！？
マスターディアボロスの最高のアタックでも、アポカリプスをバーストできなかった。デルタはディアボロスと語り合い、強さだけではない他の戦略でこそ最大の能力を発揮できるのでは、と気づく。 攻守ともに進化させ、変幻自在なバトルが可能となった今、マスターディアボロスにしかできないバトルで立ち向かうことに！しかし、アポカリプスにもまだ決め技が残っていると余裕を見せるアーサー。再起をかけた決闘の行方は！？
アポカリプスを強化するために、グウィンの力が必要だと考えるアーサー。一方、無限ロックが破られるのを見たグウィンは、ジェネシスを完璧な存在に進化させ、ベイの真理を解き明かそうとしていた。アーサーは、自分なら、求めるものを与えられるとHELLに誘ってくる。互いに無限ロックシステムを搭載したベイを持つ二人は、究極のベイを目指してバトルをする。二人はその先に何を見るのか？
復活を遂げたデルタに刺激を受け、特訓に励むドラムとアマネ。そこにバルトが現れ、wbba.の新スタジアムのエキシビションマッチを持ち掛ける。しかしバトル開始と同時に現れたのは突然の乱入者！なんとアーサーがリベンジマッチ開催を宣言したのだ。ビクトリーズVS HELLの3対3のチーム戦。アーサー率いるチームHELLには、なんとグウィンの姿が…！ビクトリーズはドラムとアマネ、そして3人目のメンバーとしてデルタに声をかけるが…！？
HELLとのチーム戦まであとわずか！練習に熱が入るドラムとデルタ。一方で、アマネはまだゴールドターボを出せない自分に焦りを感じていた。そんなアマネの様子を感じとったデルタは、強さだけを求めてあがいていた頃の自分を重ねて、アマネに語り掛ける。「もっと自分のベイの声をきけ」と。その一言で、アシュラと向き合うことができたアマネ。デルタとの練習バトルで力強く放たれたアシュラは、強い輝きをまとい出して…！？
ついに迎えた決戦当日。発表されたチームバトルの内容は、シングル戦とタッグ戦を含めた７バトル制。先に４勝した方が勝利するこのバトルは、誰がどの順番で戦うかが重要だ！緊張の一戦目はアーサーVSアマネ。ベイを突き合わせ、円陣を組むビクトリーズ3人、そこには今まで以上に強いチームの絆が…！ドラムとデルタ、みんなの想いを背負ってバトルに挑むアマネ。新スタジアムの特徴も生かして渾身の一撃をアポカリプスに叩き込む！
第二戦はドラムVS グウィン！なぜグウィンがビクトリーズを出て行ってしまったのか、その答えはバトルの中で見いだせるはずと意気込むドラム。いざバトル開始！グウィンの新しいベイはなんと、バーストしないベイ！？そんなベイなど無いと果敢に攻めまくるドラゴン。しかしジェネシスはバーストしないどころか、ドラゴンを窮地に追いつめる。勝利を確信したグウィンが決めの一手を仕掛けたその時、ドラゴンが更なる覚醒を遂げる！
ビクトリーズ VS HELLの第三戦。HELLに２連敗中で流れを変えたいビクトリーズからは、デルタが出場することに。対するHELLからは、因縁の相手ブリントが出場する。かつて、デルタが秘める闇の美しさに魅了されたブリントは、デルタの闇を引き出そうと、漆黒のダークターボでデルタを追い込む。ゴールドターボで対抗するデルタだが、バハムートの新必殺技ドレッドジャイロがディアボロスに襲いかかる！！
第四戦はタッグバトル！対戦カードは、ドラム＆デルタVSグウィン＆アーサー。ドラム達は、攻撃特化のドラゴンと防御重視のディアボロスのコンビネーションで勝負に出るが、対するグウィン達は、ビッグバンアーマーで強化された圧倒的な防御力と攻撃力で立ちはだかる。決め手を封じられていくドラム達だが、２人が互いを信じ合う気持ちが高まったその時、ドラゴンとディアボロスは限界を超えた底力を発揮して…！？
互いに高め合い、強くなっていくドラムとデルタ。何事も数式で答えを導き出してきたグウィンだが、２人の力は計算することができない未知の力であった。グウィンは次のバトルへの方程式を立て、ビッグバンジェネシスの最強を証明しようとする。一方、勝利に向けて好感触を得ていたドラム達は、力を合わせた強力な攻撃でジェネシスの防御の突破を試みる！２人は最強の方程式を打ち破れるのか！？
HELLが王手をかけた第五戦のタッグバトル！ビクトリーズからはまたもドラム＆デルタが出場する。アマネから「最ッ高のコンビ」と背中を押され、ビッグバンアーマー攻略へと気持ちを高めていく！一方、攻略法を気づかれたとしても、ジェネシスは最強だと自信を見せるグウィンは、このバトルで全てを終わらせにかかる。ビクトリーズVS HELL、最後のタッグバトル戦！超白熱の友情バトルに、会場の熱気は最高潮に！！
第六戦は再びシングルバトル！ビッグバンアーマーの対策も見抜き、ビクトリーズは打倒HELLの練習に励む。そして迎えた試合当日、ドラムはアマネが出るべきだと背中を押す。ビクトリーズを支えてきたのはアマネなのだからと。対する相手は完全なる破壊を宣言するアーサー。怒涛の連続アタックでアシュラをサンドバック状態にまで追いつめる。じっと耐えるアシュラは粘って！粘って！粘りまくる！！
HELLとの戦いは、遂にビクトリーズが追いつき最終決戦へ！ビクトリーズからはドラム、HELLからはグウィンがスタジアムに立つ。ドラムの手には「マスタードラゴン」。アタックのドラゴンに、ディアボロスを組み合わせて防御力を上げた友情合体だ！戦うごとに仲間達と強くなるドラムに苛立つグウィンは、スペリオルターボでドラゴンを消し去ろうと襲いかかる！その時、ドラゴンが七色に輝きはじめて…！？
最終戦セカンドバトルが始まる！徹底的にドラムを追い詰めたグウィンだったが、ドラムの進化を前にして初めてブレーダーとしての闘志を燃やし、全力の真っ向勝負で決めにかかる！一方、真の輝きレインボーターボを身につけたドラムは、グウィンとのバトルを心から楽しみ、そしてバーストで勝利すると宣言をする！白熱の攻防を繰り広げる二人のバトルは、世界中を興奮の渦に巻き込んでいく！！
「ベイブレードに革命が起きる！」そう言い放ったのは最強のレジェンドブレーダー、蒼井バルト。バルトは黄山乱太郎、シスコ・カーライルと共に「スパーキングベイ」のレジェンドバトルマッチを開催する！そこには、誰よりもアツい視線を送る兄弟の姿があった。朝日ヒカルと朝日ヒュウガ。町のベイクラブ、ボンバーズのブレーダーだ。スパーキングベイに魅せられた２人は、バルトに挑戦状を叩きつける！
自らの手でスーパーハイペリオン、キングヘリオスを作り上げたヒュウガとヒカルは、早速バルトへ戦いを申し込む。同じくレジェンドである乱太郎とシスコ、そしてボンバーズの仲間が見守る中、憧れのバルトとの初バトルは、兄弟１人ずつが挑むことに！アタックタイプのブレイブヴァルキリーに対し、弟のヒュウガの作戦はなんと…無い！？一方、兄のヒカルは冷静に戦いを分析しヘリオスの“ある特徴”をいかした攻略法を宣言する！！
レジェンドたちとのバトルで刺激を受け、スパーキングシュートをものにしようと練習するヒュウガとヒカル。そこに突如現れたのは黄山乱太郎！なんとボンバーズのコーチとしてwbba.から依頼されてきたというのだ！過酷なトレーニングを経て、少しずつフォームが整う２人だったが、不屈のスタミナを持つグライドラグナルクには打ち勝つことができないでいた。すると今度は、乱太郎の弟、乱次郎が何やら息巻いた様子で乱入してきて…！？
ヒカルと乱次郎のバトルで闘志に火をつけられた乱太郎は、朝日兄弟VS黄山兄弟のタッグバトルを持ちかける。試合が始まった途端、乱太郎と乱次郎は息をピッタリ合わせて２つのラグナルクで強烈なカウンターを繰り出す。一方、作戦も動きもバラバラなヒュウガとヒカル。それぞれの想いが行き違い、ついにはハイペリオンがヘリオスに衝突！！しかしその時、２つのベイが奇跡の動きを見せる！
乱太郎コーチ指導の下、トレーニングを積み重ねるボンバーズ。しかし何度バトルを挑んでも、立ちはだかる乱太郎のラグナルクには勝てずにいた。そこでヒカルはバトルのビデオを繰り返し研究し、ついにグライドラグナルクの攻略法を見つける！その手には10枚刃モードにしたキングヘリオスが…！最重量級のディスクを持つラグナルクに打ち勝つべく、気迫の表情で挑んだ勝負の結末は！？
wbba.の強化指定ブレーダーに選ばれたヒュウガとヒカル。しかもポイントを集めて昇格すれば、レジェンドブレーダーがひしめくレジェンドフェスティバルへの出場権も獲得できるという！ヒュウガは早速、打倒シスコを目標に掲げるが、トレーニングの時点で圧倒的な実力差を見せつけられ相手にされない。なんとしてもシスコと勝負をしたいヒュウガに、ヒカルが持ちかけた対シスコ攻略の訓練方法とは！？
強化指定ブレーダーたちとのランクアップバトルを重ね、順調にポイントを獲得していくヒュウガとヒカル。しかし一方で、ヒュウガはいまだにスパーキングシュートを思うように放てず悩んでいた。そんなヒュウガにバルトは「もっとベイの声を聞くんだ」と声を掛ける。その言葉を受け、ハイペリオンに何度も話しかけてみるが何も聞こえない。そのうちヒュウガは無意識にボンバーズへとたどり着く。そこで聞こえた声の主は…！？
スペインの名門、BCソルに向かうヒュウガとヒカル！乱太郎に「バケモン」と呼ばれるブレーダーと戦うためだ！そのバケモンを探してエルサントの森に飛び込んだ２人は、その奥で凄まじいベイの衝撃音を聞く。そこにいたのはフリー・デラホーヤ。BCソルの不動のエースであり、レジェンドブレーダーの一人だ。早速バトルを挑んだヒュウガとヒカルだったが、バケモンと呼ばれる理由を身をもって知ることとなる。
圧倒的なファブニルの力を目の当たりにし、ヒュウガとヒカルはさらに闘志を燃え上がらせる！しかし再戦を挑むも、フリーには見向きもされず、特訓を始められてしまう。相手にされない悔しさから、フリーの特訓に見よう見まねで必死に食らいついていく。その姿を見たフリーは言う、バトルをしてやると。フリーVSヒカル！だが、万全のフリーに対し、ヒカルは特訓で疲れ果ててしまっており…。
念願のフリーとのシングルバトル！やる気満々で全力で挑もうとするヒュウガ。しかし、先にフリーと戦っているヒカルや乱太郎からのアドバイスはなんと、攻撃NG！？ガンガン攻撃したいという気持ちを抑えてでも、勝ちをとりにいくべきなのか…。ヒカルたちのアドバイスを理解しつつも納得しきれないままヒュウガはスタジアムへ…！
BCソルでの特訓もいよいよ大詰め！そんな中フリーはヒュウガとのバトルで、とある新人ブレーダーとのバトルを思い出していた。今のベイブレードを変える存在、そう言われているブレーダーとヒュウガが重なって見えたという。一方、ヒュウガに先を越されたのでは、と思い悩むヒカルの元にバルトが現れ語り合う。そして迎えた帰国当日。フリーへのリベンジが出来ないままかと諦めかけたその時、バルトがフリーを連れある提案をする！
「鬼と戦わせてやる」そう乱太郎に言われ、ボンバーズは鬼ヶ島へと修行に旅立つ！おどろおどろしい島に到着すると、そこに現れたのは白き暴君こと白鷺城ルイ！レジェンド中のレジェンド登場に興奮するヒュウガたち。ルイは新スタジアム「スピードストームスタジアム」の試し打ちにと、ヒュウガ・ヒカルに２対１でのバトルを持ちかける。余裕を見せつけるルイに、２人は連携技で立ち向かおうとするが…！？
ルイを追って岩山の洞窟を突き進むヒュウガとヒカルたち。しかしその奥にあったのは、様々な試練が続くトレーニング施設だった！走力を鍛える試練、バランス力を鍛える試練、シュート力を鍛える試練などをクリアしないと、ルイがいる最終地点にはたどり着けない！さらに、試練の途中でボンバーズは二手に分断されてしまう。ヒュウガとヒカルは離れ離れになりながらも、ルイとの再戦を目指して突き進んでいく！
ルイに勝負を挑むヒュウガだったが、激しい嵐のためにバトルは中止となってしまう。避難小屋で嵐がおさまるのを待つ中、ヒュウガはバトルへの気持ちをおさえきれず、ひとり眠れずにいた。嵐が静まった頃、ヒカルたちが目を覚ますと、いるはずのヒュウガの姿がない？さらに、鬼ヶ島には、ルイを狙っているという謎の少年が現れ、そこにはあのレジェンドの姿も！？嵐が吹き荒れる鬼ヶ島で、波乱の新世代達が衝突する！！
突如現れた謎の少年、レーン・ヴァルハラ。その正体は、レジェンドの１人、紅シュウが現在コーチをしている、フリーを倒したという新人ブレーダーだった！レーンの宣戦布告により、レーンVSルイの試合が組まれることに。そして不敵にもルイに対し、俺のベイには触れることすらできない、と宣言する。ルイを相手に過剰な自信を見せるが、バトルが始まると、誰もがその言葉を忘れられなくなる事に…！？
ルイを恐れるどころか絶対的な自信で勝利を宣言するレーン。そんな挑戦者に誰より胸を躍らせるルイ。両者譲らず、全身に気迫をたぎらせシュートを放った瞬間、レーンのランチャーはその力に耐えきれずに砕けてしまう。そんなレーンに師であるシュウは自らのランチャーを差し出す。レーンはシュウのランチャーを手に、これまで叩き込まれた数々の戦術を反すうする。果たして勝利を掴むのはルーキーか？レジェンドか！？
奇岩城での激戦を胸に、レジェンドフェスティバル出場への決意を新たにするヒュウガとヒカル。早速トレーニングに打ち込もうとした２人のもとに、吉報が舞い込む！なんと、ヒカルのA級昇格とフェスティバルへの出場が決まったのだ！それを聞いたヒュウガも、出場できると期待に胸をふくらませていたのだが…！？一方、スペインのエルサントでは、シュウがバルトにある決意を打ち明ける。
「ガチンコだぁ！」、ボンバーズに虹龍ドラム現る！噂を聞きつけ、ヒュウガとヒカルにバトルを挑みに来たのだ！しかしそこに２人の姿はなく、ドラムはトレセンへ向かい飛び出していく。一方、レジェンドが自ら戦いにきてくれたことに大興奮のヒュウガとヒカルも、急いでトレセンに向かうが、そこには全滅させられた強化ブレーダーたちの姿が…！？
トレセンを飛び出していったばかりのドラムとまさかの再会！？なんと、ドラムがたまたま、ヒュウガとヒカルの家の朝日レストランに食事に来ていたのだ。これ幸いと早速バトルを挑む２人。まずはヒュウガVSドラムのアタックタイプ同士の真っ向勝負に！一進一退の攻防が続く中、両者の気迫がぶつかり合ったガチンコ勝負の結末は…！？その一方で、ひとりベイを打ち込むレーンのもとを乱次郎が訪れていた。
ひと気のない廃工場。そこで乱次郎はフリーとルイを倒した実力を確かめるため、レーンに勝負をふっかける。まるで乱次郎など眼中にないかのようにあしらうレーンだったが、練習台としてバトルに応じる。果敢に攻める乱次郎に対し、圧倒的な実力でラグナルクを痛めつけていくレーンのルシファー。「これで終わりじゃないよな」レーンの非情な眼差しに更なる闘志を燃やす乱次郎だったが…。
ついにレジェンドフェスティバルの幕が開いた！レジェンドひしめくこの大会に、ヒュウガとヒカル、そしてレーン・ヴァルハラの新世代３人が挑むことに。ファーストステージはなんとバトルロイヤル。10人の出場者がA・Bの２つのグループに振り分けられる。初戦Aグループは、ヒカル、ドラム、シスコ、ルイ、レーン！この歴史的なフェスティバル最初の勝利を掴むのは誰だ！？
波乱の幕開けを遂げたレジェンドフェスティバル。間もなくBグループがバトル開始となる中、直前まで特訓をしたいヒュウガはヒカルにバトルを持ちかける。そこに現れたのは赤刃アイガ。これから戦う相手であるヒュウガの特訓に付き合うだけでなく、なんとアキレスの特徴を包み隠さずに打ち明ける！そして始まるバトルロイヤル第二戦。レジェンドたちが激しい攻防を繰り広げる中、ハイペリオンは真っ向勝負で突っ込んでいく！！
フェスティバル、セカンドステージはタッグバトル！10人の出場者が途中でチームを入れ替えて２試合ずつ戦い、ポイント数上位４名が決勝トーナメントに進出となる。ランダムに組まれたタッグの第一試合は、ヒュウガ&レーンVSヒカル&アイガ！世界チャンピオンと新世代３人の戦いに！憧れの人と組めて嬉しいヒカルは、アイガと共に最強無敵への思いを一つにする。一方のヒュウガとレーンは、互いにアキレスへ狙いを定めるが…！？
タッグバトル第二試合は、バルト&フリーVS乱太郎&シスコという全員BCソルの実力ブレーダー同士という戦いに！バトル前の乱太郎とシスコの練習室を偶然通りすがったヒュウガとヒカルは、その様子を覗き見る。そこで２人は、シスコがバルトとフリーに勝つために人知れず努力を重ねてきたことを聞き、シスコが人一倍このバトルにかける思いを知る。連携攻撃を仕掛けるヴァルキリーとファブニルに、サタンは渾身の新必殺技で迎え撃つ！！
パートナーを入れ替えて迎えるタッグバトル第三試合。ルイ&ドラムのチームに立ち向かうのは、乱太郎&ヒカルの師弟コンビだ！ここまで獲得ポイントがゼロの乱太郎はこの試合に負けるわけにはいかない。そんな乱太郎を自分が決勝トーナメントへ連れて行くんだと意気込むヒカル。そして迎えたバトルでは、ロンギヌスとドラゴンの挟み撃ち戦略を見抜き、流れをつかむヘリオスだったが…！？
いよいよ決勝トーナメント出場の明暗が分かれるタッグバトル第四試合が始まる。ドラム&シスコVSアイガ&レーン。互いに決勝進出と脱落がかかるドラムとシスコは、意気投合して作戦を練り本番に挑む。一方のアイガとレーンには同じチームでありながらも張り詰めた空気が漂っていた。運命のバトル、真っ正面から激しくぶつかり合うドラゴンとアキレス！そこへルシファーが狙いを定めたその時、サタンが行く手に立ちはだかる！！
勝ったチームの２名が決勝進出を決める注目の一戦が迫る。ルイ&フリーとの戦いを控えたヒュウガとバルトは、２人にしか分からないような超感覚的な作戦会議で盛り上がっていた。作戦は「ガガガッでバババッ」！？しかしその陰には、ヒュウガに一歩先を行かれてしまった悔しさを噛みしめるヒカルの姿が…。レジェンドを前に息巻くヒュウガ。ヒカル達も心配そうに見守る中で、ハイペリオンはヴァルキリーへ同士討ちをしてしまう！？
レジェンドフェスティバルはついに決勝トーナメントへ！決戦を前にアイガは乱次郎と語り合い、この大会にかける決意を新たにする。そして向かった先はボンバーズ。ヒカルが落ち込んでいるのではないかと思い、元気づけに来たのだ。アイガに連れられアイガの家を訪れたヒカルとヒュウガは、そこでアキレスのルーツを知ることに。準決勝第一試合はレーンVSアイガ。因縁の対決が、この決勝トーナメントで果たされる！
準決勝第二試合はバルトVSヒュウガ！ついにここまで進んだヒュウガのために、ヒカルは寝る間も惜しんで特訓メニューを作り上げる。しかし特訓の厳しさに、ヒュウガはヒカルの元を飛び出してしまう。そんなすれ違う２人を間近に見てきた乱太郎。その一言がヒュウガを突き動かす。そして、準決勝がついに始まる！ヴァルキリーの猛攻に対し、真っ向勝負で立ち向かうハイペリオンとヒュウガ！その時、ヒュウガからフレアの兆しが…！？
ボンバーズでの特訓を終えたヒュウガとヒカル、その目前にレーンが立ちはだかる。ヒュウガに用がある、と連れられた先はひと気のない廃工場。レーンのただならぬ気配に警戒するヒカルが見守る中、レーンVSヒュウガの戦いが始まる。互いにフレアをまとい激しくぶつかり合うルシファーとハイペリオン。レーンの雄叫びと共に漆黒のフレアがハイペリオンを飲み込もうとしたその時、ヒカルが放ったヘリオスにもフレアの輝きが…！
レジェンド中のレジェンドであるバルト、数々のレジェンドを打ち破ってきた新人レーン。ついに決戦の火蓋が切って落とされた！異様な緊張感が会場を包み込む中、バルトはニカッと笑いルシファーのバリア攻略を宣言する！猛攻を重ねてバトル中に覚醒を遂げるヴァルキリー。レジェンドの強さを見せつけるバルトだったが、レーンは不敵な笑みを浮かべ全身から漆黒のフレアを爆発させて、更なる暴威をあらわにする。
新たにハイペリオンバーンとヘリオスボルケーノを完成させたヒュウガとヒカル！２人のもとに、噂を聞きつけたバルトとドラムがやってくる。早速完成したばかりの新ベイで初バトルをする事に！ヒュウガとヒカルのフレアをまとった２つのベイは、ベイブレード界に革命を巻き起こす事ができるのか…！？一方フェスティバル決勝を終えたレーンのもとには、紅シュウが決意の表情で訪れる。
暗雲に覆われた廃工場を舞台に、レーンVSシュウの因縁の戦いが始まった！急ぎ駆けつけたヒュウガとヒカル、そしてバルト達が固唾を飲んで２人を見守る。初めて会った時からシュウを倒すことを目標にしていたレーン。渇望していたこの時を迎え、フレアを最大にまで膨れ上がらせる。対するシュウは、その全てを受け止めるべくワールドスプリガンで迎え撃つ！
シュウとレーンのバトルに刺激を受けたヒュウガとヒカル。シュウのように強くなりたいと特訓をしていると、そこにシュウ&バルトとのタッグバトルの話が舞い込んでくる！シュウは純粋にバトルを楽しむ兄弟とのバトルで、レーンのフレアとは違う、まばゆく光り輝くフレアを目の当たりにする。一方、廃工場に決意の表情でたたずむレーン。その目の前には赤々と燃える溶鉱炉に沈むルシファーが…。
レーンがシュウにリベンジマッチ！その手の中には新ルシファーが！！今度こそレーンのフレアを輝かせてみせると誓うシュウ。戦いはどちらかのベイがバーストするまで終わらない特別ルールで行われることに。進化したルシファーに翻弄されながらも、即座に作戦を立て直し、何度も何度も耐えしのぐスプリガン。黒々とフレアを膨れ上がらせ続けるレーンに、シュウの想いは届くのか…！？
レジェンドスーパータッグリーグの開催が決定！この大会のコミッショナーは、小紫ワキヤ！「ある意味レジェンド」と乱太郎に称される彼は、かつてバルトや乱太郎が作ったベイクラブのメンバーの一人だ。期待に胸をふくらませるヒュウガとヒカルが帰宅すると、そこにはなんとワキヤの姿が。実力をテストしに来たというワキヤに連れられ、兄弟はタッグバトル特訓用のバーチャルバトルマシンがあるワキヤの屋敷へ向かう。
最高のパートナーは誰だ！？憧れのブレーダーと組むべく、ヒュウガはバルト、ヒカルはアイガの元へ駆け出す。フリーを始めフェスティバルに出場したレジェンドたちは、それぞれの想いをのせて続々とタッグを結成していく。レジェンドフェスティバル優勝者であるレーンの元に現れたのは…！？世界一のタッグを決める今大会、最強の称号を手に入れるのは一体どのチームなのか！
レジェンドスーパータッグリーグに出場する全６チームが決定！どのチームが優勝してもおかしくない今大会は、全てのタッグチームとバトルする総当たり戦で行われる事に。注目の一回戦第一試合はヒカル&ヒュウガVSレーン&シュウ、続く第二試合はアイガ&乱次郎VSフリー&シスコに決定。謎に包まれた新スタジアム、「アルティメットストームスタジアム」を舞台に、伝説の大会の幕が今開く！！
次のバトルはバルト＆乱太郎VSルイ&ドラム！早速作戦会議に取り掛かろうとするバルトと乱太郎の前にはシュウの姿が…。何も言わずに出て行こうとするシュウに、乱太郎はレーンと組んだ真意を問いただす。そして始まる第三試合。勝負のカギを握るのは、新スタジアムの「ストームプレート」！回転するディスクによってベイの軌道もスピードも予測不可能な動きを見せる。このストームプレートをいち早く攻略するのは一体誰なのか！？
レジェンド達の底力を目の当たりにして、焦りからケンカをしてしまうヒュウガとヒカル。そんな中、二回戦第一試合レーン&シュウVSアイガ&乱次郎のバトルが始まる。互いにレーンに借りがあるアイガと乱次郎は、この試合で共にリベンジを誓う。応援しながらもなお張り合う兄弟とは反対に、アイガと乱次郎は気持ちを一つにしてバトルに挑む。最強無敵タッグが見事な連携技を繰り広げてルシファーとスプリガンを追い詰める！
実力が出し切れずに、またもや些細なことでケンカを始めてしまうヒュウガとヒカル。そこに次のバトルへと向かうフリーとシスコが現れ、静かながらも強い言葉が兄弟２人の背中を押す。特訓を再開させたヒュウガとヒカルだったが、その目にフリー&シスコのバトル中継が飛び込む。レジェンド達の戦いに奮い立たされるヒュウガとヒカル。そしてついに二回戦第三試合、バルトと乱太郎を相手に師弟対決が始まる！
次で負けたら決勝進出の可能性は限りなくゼロ。崖っぷちに立たされたヒュウガとヒカルの次のバトルは三回戦第一試合。相手はアイガ&乱次郎に決まった。いつも通りがむしゃらなヒュウガに対し、ヒカルは絶対に負けられないと身を引き締める。しかしハイペリオンとヘリオスは試合早々に同士討ち。さらにはアイガと乱次郎の作戦にはまり、アキレスとラグナルクの挟み撃ちによる連打から抜け出せなくなってしまう…。
ヒュウガとヒカルの戦いを見て、黒いフレアを吹き出すレーン。シュウは、２人とバトルしたがっているからだと告げる。ステージでは三回戦第二試合、BCソル同士の戦いが始まる。フリー&シスコに対するバルト&乱太郎は新必殺技「シンクロライトニング」で立ち向かう！続く第三試合、ロンギヌスとドラゴンの完璧な連携攻撃に、ついにルシファーが窮地に追い込まれる。援護に向かったスプリガンが攻撃した相手はなんと…！？
次負けたら決勝進出は絶望的！？追い込まれたヒュウガとヒカルは特訓を始めるも息が合わない。そんな２人を自称専属コーチのワキヤは再び自邸へ招く。そこにはアイガと乱次郎、ドラムの姿が。「まとめて鍛え直す」と言うワキヤの手には小紫家の科学の粋を結集したという最強のディフェンスベイ、ジェットワイバーンが握られていた！驚異の防御力を見せるワイバーンに、その場にいる誰もが全力で挑みかかる！！
怒涛の四回戦！第一試合は、フリー＆シスコに激しくフレアを爆発させるレーンの灼熱バトル！第二試合は、黄山兄弟の気迫に、バルトとアイガも熱く応える漢気バトル！第三試合は、正念場のヒュウガ&ヒカルが、ルイ&ドラムにガチバトルを挑む！ワキヤとの特訓で迷いから抜け出し、生き生きとバトルをするヒュウガとヒカルに、思わずレーンも目を奪われて…
決勝進出をかけた五回戦が始まった！第一試合、アイガ＆乱次郎に対し、後がないルイ&ドラムだが、全く焦る様子を見せないルイ。「俺の特訓に耐えられるんだろうな？」とドラムの覚悟を確かめる！？そして始まるバトル！アイガと乱次郎は、ハイパートルネードとアキレスの猛攻撃による必勝パターンで攻め立てる！その時、ロンギヌスのアッパーで打ち上げられたドラゴンからレインボーターボが…！？
五回戦は4チームが同点で並び、どのチームが決勝進出を決めてもおかしくない展開に！その第二試合は、ヒカル&ヒュウガVSフリー&シスコ。新必殺技「ツインリミットブレイク」が完成したことで波に乗ったヒュウガとヒカル。その勢いのまま、試合開始早々にコンビネーション攻撃を炸裂させて流れを掴む！完璧な連携でファブニルを追い詰めたと思ったその時、フリーの掛け声とともにレジェンドたちの反撃が始まる！！
渇きがないはずのヒュウガとヒカルがフレアを大きく輝かすのを目の当たりにして、自分のフレアとの違いに当惑するレーン。そのかたわらでシュウは、最後までレーンをそばで見届ける決意を固める。五回戦ラストは、負けると後がないバルト&乱太郎との戦いに。すさまじい気迫をぶつけ合うバルトとシュウ。二人のバトルに魅入られるレーンの身体からは、今までの黒いフレアとは違う紅蓮のフレアが…！？
決勝戦進出をかけた大一番！準決勝はレジェンドオブレジェンドことバルトのタッグに、ヒュウガとヒカルの新世代タッグが勝負を挑む！負けたら終わりだと慎重になるヒカル。強気に勝利しか考えないヒュウガ。お互いに、弱気、ノー天気だと言い争ってしまう。分断作戦をかかげ果敢に攻める2人だが、バルトと乱太郎にはその手の内が読まれてしまう。さらにはバルトたちの新必殺技が炸裂し、絶体絶命のピンチが兄弟を襲う！！
激闘の準決勝はセカンドバトルへ！ 今度はもっと攻撃的に攻めようとするヒュウガを見て、ヒカルはある覚悟を決める。作戦を聞いても納得しきれない様子のヒュウガだったが「最後はお前の力が必要だ」、ヒカルの、その言葉がヒュウガの心を突き動かす。そびえ立つレジェンドの壁。難攻不落のシンクロ攻撃を仕掛けるバルトと乱太郎に、ヒュウガとヒカルは2人の力を一つにして全力で立ち向かう！！
レジェンドスーパータッグリーグはついに最終決戦へ！準決勝で勝利へのヒントを掴みかけるヒュウガ。ギリギリまで特訓するも答えが分からないヒュウガに、ヒカルは「お前のやりたいようにやればいい」と告げる。一方のレーンは、自分のフレアが兄弟のフレアに同調しつつある事に気付きながらも自らそれを否定する。そして迎える決勝戦、ヒュウガ&ヒカルVSレーン&シュウ！最強の称号は果たしてどちらのタッグに与えられるのか！
パートナーのベストを引き出せた時、それが最高のタッグになる！ヒカルのしたい事は何か、と考えて答えにたどり着いたヒュウガ。そして、自分を信じてずっと隣で寄り添っていたシュウに気付いたレーン。両チームとも最高のコンビネーションで激突する！シュウと共に紅蓮のフレアを輝かせるレーンに、ヒュウガとヒカルも全力のフレアで立ち向かう！魂と魂がぶつかり合うラストバトル！限界を超えたその先で勝利を手にするのは…！？
翠龍バサラは肝試しに夜な夜な叫び声が聞こえる洋館へ忍び込む。そこで待ち受けていたのは「魔王」を名乗る少年、大黒天ベル。実は、この洋館は世間でベイの墓場と噂される「魔界の門」であり、叫び声はベイを破壊されたブレーダーたちの悲鳴であった。相手がブレーダーと知ったバサラはベルにバトルを挑む。蒼井バルトをはじめとした世界中のブレーダーを敵に回したベルの魔王伝説が幕を開ける！
大黒天ベルが作り上げたダイナマイトバトルシステム。そのバトルは全ブレーダーを震撼させた。我こそ地上最強と知らしめるべく、世界中へ宣戦布告をしたベルのもとに現れたのは、なんと絶対王者、白鷺城ルイ。相手が誰であろうと動じないベルは、レイジロンギヌスよりも一回り小さなダイナマイトベリアルをその手に、不敵に笑う。「小さいから強いのだ」と余裕で言い放つベルに、絶対王者のロンギヌスが牙をむく！！
魔王の噂を聞きつけて、また１人挑戦者が現れる。その名はランゾー・キヤマ。南米ブロックで暴れまわっている強豪ブレーダーだ。一方、今日こそベルにリベンジしようと家を飛び出したバサラと妹のハンナ。道中出会った３人は一緒に魔界の門へ向かうことに。待ち受ける魔王ベルに「バラバラのボロボロ、バラボロにしてやる！」と宣言するランゾー。果たして、ブラジルから来た刺客は魔王を倒せるのか！？
ベルに勝つまで帰らないと心に決めたランゾー。激烈な悔しさと行き場のない闘争心を抱えて立ち尽くしていると、そこにベルの祖父、甚右衛門が現れる。甚右衛門に連れられた先はベルの作業場。そこにはダイナマイトバトルシステムの設計図があった。ランゾーが一心不乱に図面を書いていると、最初は突っかかってきていたベルも次第に前のめりになり、さらにはバサラも巻き込んで、３人は新たなラグナルクの開発に夢中になっていく。
ハイモードとローモードを駆使するベリアルに翻弄されるラグナルク。両者共に負けず嫌いのベルとランゾーは何度も何度もバトルを繰り返す。一時休戦で食事をとった２人だったが、今度はバトル以外でも張り合う事に。翌日にベイでの再戦を誓った２人は、それぞれ練習を重ねる中で、次第にブレーダーとして互いを特別な存在として意識し始めていく。
ベルVSランゾーの再戦に向けて、２人のバトルの動画を繰り返し見て研究するバサラ。ベリアルの弱点は見つけられないものの、ランゾーにハイモードの練習をするべきだと告げる。バサラのアドバイスと特訓に勝機を見出したランゾーは、ベルにどちらかがバーストするまで終わらないバースト一本勝負で戦いを挑む！スタミナタイプのラグナルクには、バースト一本勝負は不利かと思われたが、ランゾーには、とある秘策があった。
「魔界の門」に新たな挑戦者！バトルに夢中になるベル、ランゾー、バサラの３人にジイジが告げたのは「かな〜り強い挑戦者」の訪問。「それなら」と、とっておきのイタズラで出迎えたベル。現れたのは、レジェンド・オブ・レジェンド、蒼井バルト！しかしバルトの事も知らないベルはいつも通り魔王の勝利を宣言する。早々に連続攻撃を仕掛けるヴァルキリーに、悠然とベンチャーシュートで切り返すベリアルだったが…！？
これが世界チャンピオン、蒼井バルトの実力か！ベルは冷静にヴァルキリーの強さを分析するが、スピードも攻撃力も想像を超えている。それでもベルは不敵に笑い、余裕を見せる！？一方のバルトはバーストを宣言！！バトルでは、ヴァルキリーのブレイブフラッシュに対し、ベリアルもベンチャーフラッシュで応戦！一進一退の展開に！！バルトとの戦いの中で、ベルは不思議な気持ちが湧き上がるのを感じる…。
フリーとバトルをするぞ！ スペインへと旅立ったベル達は、BCソルの新星ブレーダー、ラシャド・グッドマンと出会う。一緒に険しい岩山や荒野を抜け、遺跡にあるフリーの練習場に到着するが、そこでは、進化したファブニルを手にしたフリーがいた。バトルを挑むランゾーだったが、なんとフリーはベイをスタジアムに置いてしまう。相手にされずに怒るランゾーは、ラグナルクを打ち放つが、誰もが予期せぬバトルの展開に！？
「孤高の天才」の異名を取るレジェンド、フリー・デラホーヤとのバトルが決まったベル！エルサントでのバトルに向け、ファブニルの研究を進める。対策をアドバイスするランゾーとバサラだったが、魔王にアドバイスはいらないとケンカをしてしまう。そして始まるバトル！ベルは回転を吸収されづらいハイモードへとベリアルを切り替え、狙い通りにファブニルを追い込んでいく！一方のフリーは静かにバトルを見守るだけで…。
エルサントの作業室に忍び込むベル。その時、空気を切り裂くようにヴァルキリーが飛んでくる！姿を現したのは、バルトではなく、ラシャド！？その後、ベリアルを進化させようと悩んでいるベルだが、真剣に考えても何も思い浮かばない。ベリアルと語り合っていたその時、お遊びギャグのようなイメージから、思わぬアイデアを得ることに！そんなベルの発想力と、バージョンアップしたベリアルを知ってフリーは不敵な笑みを浮かべる…。
ベリアルをバージョンアップさせたベル。しかし、フリーとのバトルを前に、ベルがいない？慌てて探すランゾーとバサラだが、ベルの残した手掛かりを追ったその先には、ベルが仕掛けたサプライズが待っていた！？そしてエルサントで始まるバトル。ファブニルに対抗する新ギアをつけたベリアルは、真っ正面からファブニルに直撃！！バトルはパワー対パワーの勝負となり信じられないほどの高さまで、両ベイが舞い上がる！？
全身から闘気を出して、フリーをにらむベル！拮抗した２人の戦いは、サードバトルにもつれ込んだ。ファブニルをローモードへと切り替えるフリー。低速シュートで回転吸収を狙うのか？高速シュートでパワー勝負を仕掛けてくるのか？悩むベルはベリアルと語り合い、対抗策を決める！！そしてバトル後、２人の戦いを見たバルトは、ついにヴァルキリーを進化させる決心をする。ベルとベリアルを起点に、ベイブレード界が動き始める。
夜中、エルサントに忍び込むベル達。お目当は、wbba.が新たに開発をした新スタジアムの視察。その時、暗闇の中から恐ろしい怪物が現れて…！？翌日、スタジアムを挟んで対峙するベルとバルト！進化したヴァルキリーを見た観客からは大歓声が上がる！完全アウェーの中、ベルはスタジアムの特性をいかした戦略でヴァルキリーを追い詰めていく。ベルの怒涛の攻撃に対し、ヴァルキリーは思わぬ動きをする。ヴァルキリーが、飛んだ！？
強くなるためにデスソロモンは捨てた！バハムートを握りしめ、ベルの前に立ちはだかるバサラ！その思い切りの良さに驚くランゾー。一方のベルは、バサラとバトルしたことも忘れたと余裕の反応。ベルに勝つことだけを考えて来たバサラは、今こそベルを倒すとバトルをしかける！ベンチャーシュートで攻めるベリアルだが、強固なディフェンスで受け流すバハムート。すると、ベリアルの怒涛の攻撃の最中、バハムートが変形をして…！？
対峙するバルトとラシャド。かつてラシャドは、バルトに憧れ、バルトを目指してBCソルに入団した。バルトのやることは全部一緒にやってきた。そして、ついにヴァルキリーを作り上げた。今日こそバルトを超える日だと、熱い眼差しをバルトに向ける。まるでシンクロするように疾走する、２つのヴァルキリー。一方が攻撃をすれば、もう一方はカウンターを決める！拮抗するバトルの中で、ヴァルキリー対決を制するのはどちらか！？
空から現れたのは、巨大な飛行船？その胴体に備え付けられた巨大モニターに映し出されたのは小紫ワキヤ！？そして始まる開会宣言。ベルたち新星ブレーダーが世界中を巡りながら、各地のレジェンドたちとバトルをする「ダイナマイトバトルツアー」を開催すると！！まず最初に訪れるのは、ベイブレードの聖地だ。一行が向かう先は日本！そして、戦うレジェンドは……！？
ベイブレードの聖地、米駒学園の屋上は、かつて蒼井バルトが作ったベイクラブの練習場！ダイナマイトバトルツアーの初戦では、レジェンド・オブ・レジェンドと呼ばれるバルトに、新星ブレーダー達が挑戦することになる。翌日のバトルに備え、ベルは特訓のため、ある施設に忍び込む。それは…小紫ワキヤの豪邸にある、バーチャルバトルマシンだ！！早速、ベリアルとランチャーをスキャンするベル。対戦相手は、バーチャルバルト！
ダイナマイトバトルツアー第２戦。飛行船の中では、次のレジェンドとの対戦権をめぐって争っていた。４人のうち、対戦できるのは１人だけ。まずは運も実力のうちだと、２人が運試しで選ばれることに。そして、残りの２人は直接対決をして、勝った方が権利を得ることになる。世界中に配信される飛行船のバトルデッキでの試合。バトル配信を見つめる、レジェンド達。そこには、ローラーブレードを履いた謎のブレーダーの姿も！？
ベルの前に立ちはだかっているのは、紅シュウ。手には、ダイナマイトバトルベイへと進化したスプリガン。以前、魔界の門でのベルのバトルを見てから、ベリアルに感化され、ベルと戦ってみたいと思っていたのだ。しかし、シュウのことを知らないベルは、シュウやスプリガンの強さも知らずに、興味津々とバトルを始める。左回転、右回転、変幻自在のドライバー、モードチェンジ、一体このベイはなんだと驚くベルだが…
Sギアを完成させたベル。バージョンアップしたベリアルを手に、向かった先はBCソルの森。そこにいたのは、ラシャドとのバトルを控えたフリーだ。ベルはツアーのルールを破って、バトルを仕掛ける！飛んでくるSギアを装着したベリアルがファブニルを弾き返し、二人は睨み合う。回転吸収やカウンター技で対応するファブニルに対し、ベリアルはFギア、Vギア、Sギアの特徴を活かして攻め立てる！！
ツアーの次の目的地は鬼ヶ島！対するレジェンドは白鷺城ルイだ！！白き暴君の異名を持つルイに、戦々恐々とするダイナマイトブレーダー達。バトルステージに到着すると、ルイに挑戦できるのはバトルロイヤルで勝ち残った１人のみだと告げられる。火花を散らすベル・ラシャド・ランゾー・バサラ達だが、そこにイリヤも参戦？その手の中には、真紅のベイ、マグマイフリート！？
ベルとイリヤの、二人だけの秘密。それは、ベルがバトルに負けたら、今日1日召使いになるというもの。ワキヤ達の団体行動から抜け出し、勝手に鬼ヶ島のバトルステージに忍び込む二人。スタジアムを挟んで向き合うが、イリヤはイフリートに特殊なパーツを装着して、モードチェンジ！？ベリアルは強烈なダイナマイトボンバーで攻め立てるが、イフリートはねばりのバトルを繰り広げる！ベルはバトルに勝って、召使いを避けることができるのか！？
ルイの練習場に忍び込むベル！ダイナマイトバトルベイへと進化したロンギヌスのバトルを偵察し、イリヤはその情報を分析する。そして、始まるルイVSイリヤのバトル。イリヤは世界中のブレーダー達の前で宣言をする。一撃でこのバトルを決めると！！白き暴君のルイに対する挑発に、ざわめくブレーダーたち。一方のルイは笑いながら燃える目でイリヤを睨みつける。イフリートの真紅の舞に、ロンギヌスは思わぬ苦戦を強いられる！？
Lギアを完成させたベル！これで4つのギアがそろい、パーフェクトギアになったと喜ぶ！！一方のバトルステージ上では、ルイとイリヤが睨み合っている。どんな作戦で遊んでやろうかと挑発するイリヤに対し、オーラを出して気迫がこもるルイ。強烈な攻撃で攻め立てるロンギヌスを、イフリートは華麗にかわし続け、高さをいかした攻撃でイフリートがペースを握る！イリヤの勝利へと、大番狂わせが起こるのか！？
ダダダッ、大きなジャンプで飛行船から飛び出すベル！パラグライダーが開き、降り立ったのは鬼ヶ島の頂上！待ち受けるは、白鷺城ルイ！！ベルはパーフェクトギアへと進化したベリアルを突きつけ、ルイにバトルを挑む！２つのメタルドラゴンが激しく衝突し、弾きあうたびに飛び散る火花。ロンギヌスが強烈なアタックを繰り出せば、ベリアルもさらに強い一撃を叩き込む。真っ向勝負のバトルは、全てを出し切るまで終わらない！！
ダイナマイトバトルツアーが終了！ワキヤはレジェンド達との激闘を終えたベル達を呼び、ＭＶＰを発表する。選ばれたブレーダーは、ラシャド・グッドマン！！その選出に異議を唱えたベル。自分こそＭＶＰだと主張するベルに対し、真の勝者を決めようと、ラシャドVSベルのバトルが決定する！天空に浮かぶ飛行船の空中デッキで対峙する二人。クライマックスバトルがいよいよ始まる！！
ベリアルが金色に輝き、パーフェクトギアの本領を発揮する！弱点がなく、パワーも上回るベリアルに、打つ手がなくなるラシャドとヴァルキリー。その能力に驚くバルト達。そして、高笑いをするベルが、バーストフィニッシュでの勝利を宣言する。だが、追い込まれたはずのラシャドは、楽しいバトルだとニヤリと微笑む。高揚感が高まっていくラシャドは、自分の中から何かが溢れてくるのを感じる。バトルは最終局面に突入する！！
バトルなんかしたくない！！ベルは魔界の門に閉じこもってしまう。部屋のベッドで寝転び、天井をじっと見つめて、物思いにふけるベル。放心したように、ただ時間だけが過ぎていく。そのうち、不思議と自分の中で新たな高揚感が湧き上がってくるのを感じる。そうだ、今は勝つ準備をしているだけだ！新しい魔王のベイの発想が、ベルの中から生まれてきた！！一方、BCソルでは、イリヤがラシャドに言う、ヴァルキリーを捨てろと。
新たなベリアルを開発したベル。ラシャドはその様子を見て闘志をみなぎらせるが、同時にイリヤから「ヴァルキリーを捨てなよ」と言われたことを思い出す。そんなラシャドの思いを察してか、バルトも新たなベイを作り上げる助言をする。ラシャドは思い出す、ベルとの決戦の時に溢れ出した、光のようなオーラを。そのオーラこそが、覇王の力であると。そして、光り輝く力を込めた覇王のベイを作り上げる！！
覇王になると宣言したラシャド！バルトを乗り越えるため、激しいバトルを繰り広げる。臨機応変な戦法を可能とするバランスタイプの覇王のベイは、モードチェンジができるドライバーを備えている。あえてディフェンスタイプに切り替えるラシャド。ヴァルキリーの時代は終わりだと叫び、シュートを撃ち放つ。ヴァルキリーの猛攻に対しても余裕の笑みを浮かべるラシャド。その時、覇王のベイが変形を始め、光の輪が輝き始める！？
ラシャドの覇王チームとチームバトルをすることになったベル達３人は、魔界の門で練習を開始する。勝つためには、さらにベリアルの能力を引き出さなければいけない！ベルはシュート力を上げるため、バルト相手に試行錯誤をしながらシュートを撃ち放つ。しかし、一向に勝てずに負けが続くベル。諦めずに闘志を込めると、ベリアルのレイヤー内で変化が！？ベルは叫ぶ、オーバードライブシュート！！
ベルVSバサラ！ベリアルの怒涛の攻撃にも耐えきり、バーストをしない防御力を発揮するバハムート。今までのバサラとは違う粘り強いバトルで、ベリアルのペースを崩し、ディフェンスタイプならではのバトルに引き込んでいく。バハムートを信じ、耐えて、耐えて、耐えきる戦略を貫くバサラ。あくまでもバースト狙いで攻め続けるベルだったが、一向に変わらない戦況に焦り始める。
サードラウンドはバトルロイヤルに決定！最後までベイを残したチームが勝ちだ。ベル達はチームプレイの練習を始めるが、ベルは自分勝手なバトルをするばかり。しかも、途中からはバルトと一緒に遊び始めてしまう。それを見たラシャド達は、チームバトルでは自分たちが有利だと判断する。そして始まるバトルロイヤル。ベルチームは意外にも呼吸を合わせた攻撃でラファエルを追い込み始める！？
次のシングルバトル、ラシャドは対戦相手にバルトを指名！しかし、ベルは自分が出場したいと譲らない。バルトも自分が出場すると言い張り、対立してしまう。その時ランゾーは、ベルではラシャドに勝てないと言い、怒ったベルは魔界の門を飛び出してしまう。公園で考え込むベル。自分はただ逃げているだけなのではないか？ブレーダーとして、ベルは決意を固める！！
ラシャド戦に向けて練習をするバルト。しかし、真セイバースラッシュを放った時、一瞬ヴァルキリーがぶれる動きになる。バルトはヴァルキリーにダメージが残っていることを心配する。そして、フォースラウンドの試合が始まる。会場から上がる大歓声と共に放たれる２つのベイ！グレイテストロードへの変形前に勝負をかけるヴァルキリー！ラファエルもグレイテストダガーで応戦！最強師弟対決を制するのはどちらか！？
ヴァルキリーがダメージを負っていることを知ったラシャド。万全ではないヴァルキリーで俺に勝てるのかとバルトを睨みつけ、ラシャドは「終わらせるぞ、ラファエル」と怒りで燃え上がる。一気に速攻を仕掛けるヴァルキリーだったが、グレイテストロードを発動したラファエルが振り子のような軌道を描き、ヴァルキリーを何度も壁に叩きつける！ダメージが蓄積していくヴァルキリーに、バルトは焦り始めて…
新しいヴァルキリーを開発するため魔界の門を訪れるバルト。シュウも駆けつけ、ベルも一緒に、全員でバルトを見守る。ヴァルキリーとの思い出を回想するバルト。かつて、ベイブレードを始めて、シュウと一緒に切磋琢磨してきた日々が走馬灯のように蘇る。ビクトリーヴァルキリー、ゴッドヴァルキリー…歴代の雄姿が刻み込まれていく。そして完成したのは、今までのヴァルキリーの全てを組み込んだ、究極のヴァルキリーだ！
シュウに続き、完成したバルトのアルティメットヴァルキリーに次々と戦いを挑む、ベルとランゾー。しかし、究極のヴァルキリーには歯が立たず、2人とも敗れてしまう。ヴァルキリーの強さは本物なのか？！バルトに勝つべく、特訓を始める2人。もっとパワーが必要だと気づいたベルは、新たなランチャーを開発し、バルトに再戦を挑む。
フルカスタムベイランチャーをランゾーとの特訓で徐々に使いこなしつつあるベル。そんな中、wbba.本部から重大発表が。ラシャドをリーダーとした、新たなベイクラブの設立と、もう一つは新しいスタジアム、ハイブリッドドライブスタジアムの完成だ。新スタジアムのオープニングバトルはバトルロイヤル！ハイステージとローステージがある、展開が予測不能のスタジアムは、バトルをどう変えるのか？！
突如、不気味に会場に登場したフェノメノ・ペインは、ラシャドを倒すべく、バトルを挑む。しかしフェノメノはラシャドとのバトルをする前に、ラシャドの仲間を倒し、すべてを奪うと宣言、最初にイリヤとバサラとの対戦を求める。ハイブリッドスタジアムでの2vs１バトルはどのようなバトルになるのか？そしてフェノメノはなぜラシャドを倒すことに、異常なほど執念を燃やしているのか？
今度は魔界の門に姿を現したフェノメノ。ハイブリットスタジアムを使い特訓をしようとしていたベルに対しバトルを求めるフェノメノだが、まずは自分を倒せと主張するランゾー。お互いバトルをしたいベルとランゾーでは話が折り合わず、勝者がフェノメノと戦うことに。フェノメノへの挑戦権を得るのはどちらだ？！
ついにバサラとイリヤを倒したフェノメノと、ランゾーとの戦いを制したベルとのファーストバトルが始まる。ハイブリッドスタジアムの特性を利用するべく、お互い、高度な罠の仕掛け合いになるが、バトルを制するのは果たして！？そして次の対戦相手は！？そしてフェノメノとラシャドの間に何があったのか、ついに本人の口から明らかにされる…
ベルとの戦いを制したフェノメノは、米駒学園にてレジェンドオブレジェンド・バルトと対面する。ラシャドへの憎しみを晴らすべく、バルトへバトルを挑むフェノメノ。フェノメノの戦略に対して、初めてのハイブリッドスタジアムでのバトルとなるバルトは、どのようにバトルを構築していくのか？そしてフェニックスの分離するシールドをどう攻略するのか？！
バルトとのバトル後またもや姿を消したフェノメノ。バルトをも制したフェニックスに対してベルはパーフェクトギアを準備し、一行と共にフェノメノを追って、彼が育った家へ向かうことになる。オーロラの地で、ベルとフェノメノは再び激突する…
ラシャドはフェノメノの強さを認め、ついに2人のバトルが実現する。覇王と不死鳥とのバトルを目にするべく、満員になったセントラルアリーナ。観客はどのようなバトルを目撃するのか？！そしてラシャドは白熱するバトルを通じて、フェノメノの憎しみに満ちた目に変化を感じる…
バトルには勝利したものの、フェノメノの変化に気づいたラシャド。そして次のバトルは、バトルロイヤル式で、ベル、ラシャド、バルトの3人で戦うことに決まった。そんな中、ラシャドの方も、バルトとバサラに今までと様子が違うと指摘される。そしてバサラは、バトルロイヤルのラシャドのパートナーを断り、ベルへ勝負を申し込む…
次のバトルロイヤルに向け、それぞれのセコンド、ベルはランゾーと、ラシャドはイリヤと、バルトはシュウと作戦を立てる。そして、お互いの動向を探りつつのバトルが始まる…！技と技のぶつかり合いで、バトルは白熱！果たして、誰が勝者となるのか？！
ファーストラウンドで勝利したベルは、セカンドラウンドの相手に、前回敗北を喫したラシャドを指名する。試合前日、ラシャドと戦えるという嬉しさに落ち着かないベルは、展望デッキへ風に当たりに行く。そこで出会ったのは、トレーニング中のラシャドだった… そして、覇王と魔王のライバル対決、熱いバトルが繰り広げられる！超満員の観客が見守る勝負の行方は？！
ベルに勝利したラシャドは、次の対戦相手にバルトを指名する。シュウと共にヴァルキリーを覚醒させ、バトルに臨むバルト。一方、試合を行うよりも、セカンドラウンドでダメージを負っていたラファエルを直すのが先だと、イリヤが説得するも、頑なに拒否するラシャド。そして迎えた試合当日。ラシャドは傷ついたラファエルで、バルトを倒すことはできるのか？！
ラシャドとの戦いで勝利を収めたバルト。ここでバルトは自身の次の対戦相手を指名できるが、ベルとラシャドの対戦を提案。それを受け入れた2人はベリアル、ラファエルと絆を深めながら、トレーニングに励む。そして、それぞれの熱い思いを胸にフォースラウンドに臨む！熾烈なバトルの末、勝つのはどちらだ？！
激しいバトルの末、ファーストバトルを制したラシャド。落ち込むかと思いきや「勝つ準備ができたのだッ！」と笑うベル。そんなベルの様子に笑顔を取り戻していくラシャド。世界中のブレーダーが見守る中、みんなを成長させ、真のライバルとなったベルとラシャド、そしてバルトとの戦いはどう決着がつくのか？！
