全国で明治新政府に対する一揆が多発していた。とある激しい雷の晩に、政府の要人である母里家に子息・由也（鈴鹿央士）が帰宅。すると庭の井戸の方で何かが落ちる大きな水音がし、女中の三枝が行方不明となる。三枝の幼なじみである勝家の女中・お兼（中島唱子）の頼みを聞いて、結城新十郎（福士蒼汰）が調査を開始する。台所には母里家の家宝の皿が割れており、警部の鮫島と福原は三枝の投身自殺かと井戸をさらうが…。
