Juns grausamer Plan zur Ausrottung eines Großteils der Menschheit steht kurz vor der Vollendung. Nur die Metal Jack Fighters könnten ihn noch stoppen, was ihre Gegenspieler Troidal und Claura zu verhindern versuchen.
人工衛星で南極の氷を溶かし、津波を引き起こして人類を淘汰する。それがミレニアム・シティプロジェクトの全貌だった。それを阻止するべく、純の分身ともいえるケンは生身の身体で説得に当たろうとする。だが、純の心に変化は見られない。純に銃口を向けるケン。その時、さゆりが！
