Shadow alias B-9 kann sich plötzlich wieder an seine Vergangenheit erinnern. Er war Teil grausamer Experimente, die ein gewisser Dr. Guillia zu verantworten hatte. An ihm will sich Shadow nun rächen.
ミレニアム・シティプロジェクトによって、東京シティは日本列島と切り離され、宙に浮き始めていた。その頃、さゆりの案内で財前邸に来ていたシャドウはついにギルリアと出会う。激しい戦闘の最中、ついにシャドウの記憶が蘇る。そしてBプロジェクトの全貌とギルリアとの関係が明かされる。
