ミレニアム・シティ

Ken wurde nach einem Schwächeanfall ins Krankenhaus eingeliefert. Während die besten Wissenschaftler um sein Überleben kämpfen, leitet Jun Zaizen die nächste Stufe seines Millennium-Projekts ein.

原因不明の苦痛に襲われたケンはメタルジャック基地内の集中治療室に収監された。一方、傷ついたクローラは修理を終え、ミレニアム・シティプロジェクトの中枢装置として作動を始める。人質にとられた格好になったトロイダルは、忸怩たる思いで出撃する。