Nach dem Sieg über Takao erreicht I-401 den Hafen von Yososuke, um dort eine Probe eines streng geheimen, von der japanischen Regierung entwickelten Sprengkopfs in Empfang zu nehmen. Doch ein mächtiger Politiker verlangt, dass Yona wieder in Regierungsgewahrsam übergeben wird. Während die Anspannung steigt, wird Yososuke plötzlich das Ziel eines Kanonenangriffs.
The I-401 and her crew reach the Yokosuka Base for repairs and resupply, and Gunzō takes Iona for a visit to Navy memorial for those that died in the war against the Fleet of Fog. Soon after, they are taken against their will by the Japanese Army with the rest of the crew to meet Ryōkan Kita, a former member of the Navy and an influential politician who attempts to convince Gunzō to relinquish the I-401 to the Japanese Army with no success. Meanwhile, Takao is approached by the mental models of Fog surveillance submarines I-400 and I-402 and reveals her intentions to abandon the fleet and join Gunzō's side. However, she is informed by them that two Fog battleships were dispatched to sink the I-401 and Takao leaves, claiming that she will wait for Gunzō at another location. When the Yokosuka port is under attack by said battleships, Haruna and Kirishima, Gunzō and his crew return to their submarine, subduing all resistance from Kita and his men and prepare themselves to confront the new enemies before them.
Le 401 rentre à Yokosuka, la ville natale de Gunzô. Malgré son indépendance, le sous-marin a toujours besoin de se ravitailler. Mais alors que la procédure de maintenance se déroule normalement, l'armée de terre investit la base de la marine et invite l'équipage du 401 a un dîner inattendu.
タカオを退け、横須賀に入港するイ４０１。日本政府が開発した対「霧」用の秘密兵器「振動弾頭」のサンプルを積み込むためだ。積込みと補給の間、イオナを伴い街へ出る群像。「霧」との戦いによる犠牲者の慰霊碑を訪れた２人は、陸軍の部隊に囲まれる。次期首相とも目される大物政治家・北良寛の差し金であった。イ４０１を政府に返還するよう求める北との息詰まる会談の最中、突如横須賀を砲弾が襲う！！
伊401在击败高雄后，安全抵达横须贺，全舰人员稍作休息，便投入了对伊401的补给和休整中，千早和伊欧娜来到海军墓碑前慰借时，被陆地军以武力邀请去参加某位大人的晚宴，而此人正是原海军提督北良宽，他以伊401或许会脱离控制为由，用武力让千早将伊401交给政府，这种无理的要求千早自然不会答应，就在双方局面僵持不下时，防护壁那里传来警报声……
I-401 y su alcance tripulación Yokosuka Base para las reparaciones y reabastecimiento, y Gunzo toma Iona para una visita a un monumento de la marina de guerra de los que murieron en la guerra contra la Flota de niebla. Poco después, se toman en contra de su voluntad por el ejército japonés con el resto de la tripulación se encuentran Ryokan Kita, un ex miembro de la Armada y un político influyente que intenta convencer a Gunzo a renunciar a la I-401 para el Ejército japonés con sin éxito.
