黒い森の奥深くで、毒キノコの家にひっそりと暮らす黒魔女のルーナ。 人の暮らしに憧れているルーナは、今日も街へ足を運びます。 街の人々は、ルーナを見ると「黒魔女の毒キノコに近づいちゃダメ!」と避けていきます。 しかしルーナは気にしません。この毒の体相手では仕方のないことです。 ある日ルーナは、一人の美しい少年をみかけます。 美しいものを描くことが好きなルーナは、その夜ふと思い出した彼の顔を描きました。 すると絵の少年は優しくルーナに微笑みかけ……。
再び街を訪れたルーナは、アンリと再会します。 アンリはあの夜のことを覚えているようで、ルーナに声をかけました。 ルーナは恐る恐る口を開き「自分は有害な毒の塊なの」と告げますが、 それでもアンリは優しく微笑み、「噂とは全然違う」とルーナの優しさを感じ取ります。 そこへ街の人の通報を受けた警官がやってきます。 カラスの使い魔・クロードの助けもあり間一髪で逃げ出せたルーナ。 しかしクロードから「アンリとはもう会うな」と忠告をされ……。
ミノスやメリノーと川に来ていたルーナは、気を失った美しい青年を見つけます。 しかし青年は、胸をナイフで刺され瀕死の状態で傷口からは毒の匂いがしていました。 ルーナが青年の体から毒を取り出そうとしたその時、 巨大な黒いキノコ「シニガミタケ」が現れます。 あふれ出る禍々しい毒とともに、なんとか「シニガミダケ」を浄化したルーナ。 ですが、青年だったはずの彼はなぜか少年の姿になっており……。
「呪いの仔」は、いずれ世界に災厄をもたらす「成れの果て」となる─ ルーナはかつて「呪いの仔」でしたが、その運命を退けた唯一の存在。 そして少年もまた同じ運命を背負った「呪いの仔」だったのです。 わずかに少年に魔力の根源があると分かったルーナ。 自分の全てを注ぎ、少年を立派な魔法使いにしてその運命に打ち勝ってみせると強い覚悟をみせました。 その覚悟に魔法使いたちは、ルーナに少年の養育を任命するか否かの評決を採ることになり……。
これは黒猫のシシィがルーナの家に来る前の物語。 ある日、黒魔女見習いのドロシーは、特例で黒魔女になったルーナの家に仲間とともにやってきました。どんな手を使って黒魔女になったのか偵察をするためです。 ルーナの生い立ちや体質を理由にルーナを厄介者として黒魔女界隈から追い出そうと、画策をするドロシー。 しかしルーナの無防備すぎる好意にふれたドロシーは、次第に毒気を抜かれ……。
魔法使い見習いとなったリゼは、師匠である黒魔女ルーナのもとで新たな暮らしを始めます。 ルーナは、まず初めにリゼに「魔法日記」をつけるよう言いました。 どんなに嫌なことがあっても、不安に思うことがあっても、この日記に書きだすことで心の澱みがイヤタケとなり、浄化をすることができるからです。 リゼはルーナに言われた通り日記をつけながら、ここへ来た日を思い返しました。 「リゼ」という名前にも何やら秘密があるようで……。
森へ逃げ出したリゼは、毒に侵された親子ねずみを見つけます。 危険とわかってなお、ねずみから「黒い煙」を吸い取り助けてあげました。 そこへルーナたちがリゼを探しに駆けつけますが、 リゼは毒吸いの疲労により、意識を失って倒れていました。 脱走の罰として、ルーナから外出禁止を言い渡されたリゼは、家で魔法の訓練を続けます。しかし、次第にルーナが自分を避けているように感じてしまい……？
日に日に痩せていくリゼの姿に、自身の料理に原因があると感じたルーナは手作りパイを知人に食べてもらうことに。 しかし結果は不評の嵐。リゼに美味しいご飯を食べさせるために、ルーナは食材を買いに行くことにしました。 しかし「シャンピニオンの魔女」に気前よく売ってくれる人はなかなかいません。なんとか通常の何倍もの値段で食材を手に入れたルーナ。 自分のためにルーナが苦労をしていることを知ったリゼは……。
一人でどうしようもなく悲しくなったとき、その悲しみを抱えて眠れないとき ルーナはどうするのか、リゼは聞いてみることにしました。 するとルーナはとある小瓶を持ってきて、ナミダタケのお茶で涙を流すデトックス方法を教えてくれます。 ナミダタケのおかげもあり、穏やかな日々を過ごすリゼ。 ある日、本に書かれていた内容についてもルーナに聞いてみることにしました。 「これって何ですか？」と開かれたページには、男女がキスをしている絵が描かれており……。
本屋の主人からSOSの手紙を受け取ったルーナたちは、久しぶりに街へ向かうことに。 村や街は、国境に現れた「成れの果て」によって澱みが悪化していました。 さらには「黒魔女が災いを連れてくる」という噂を信じた人々が、ルーナに石を投げ、街から追い出そうとします。 リゼとミノスを守りながらも浄化をしようと一人身を挺して歩いていくルーナ。 そこへ、ルーナを捕えようと「白い服の魔法使い」が現れ……。
ルーナを探すため風の魔法使い・ギュスを追いかけるリゼ。 その先で見たのは、ルーナとアンリが見つめ合っている姿でした。 アンリとの距離が近いルーナに対し、ギュスはぶつぶつと小言を言い始めます。 さらには、街の毒素を吸い辛そうなリゼに対して「生きる価値なし」と言い放つ始末。 咄嗟にリゼを守ろうとしたルーナがギュスに対峙すると、騒動を聞きつけた白魔法使いもやってきて……。
安全な場所としてルーナたちが連れてこられたのは、鳥の魔法使いのお屋敷でした。 そこでアンリが白魔法使いの血を汲みながら、黒魔法使いの手助けをする理由が明かされます。アンリの胸の内を知り心揺さぶられるルーナに対して、二人の消えない絆を目の当たりにするリゼ。 そんな中、ギュスはルーナに自身の体に溜まった毒の浄化を依頼します。 無事に毒の浄化を終え、ルーナの力が安定したことを確認したギュスは、真剣な表情で、リゼに「テストの合否を決める最終面接や」と告げ……。
