西暦2058年。はるかイプザーロン太陽系にまで開発の手を広げた人類は、第4惑星ベルウィックに続いて、第３惑星クレアドにも植民を開始していた。だが、平和な生活を打ち破るように、異星人=ククトニアンが襲撃してきた。クレアド星入植者の子どもロディ・シャッフルたちは、ベルウィック星に避難するためシャトルに乗り込んだが、その際に両親と離ればなれになってしまう。しかも、ベルウィック星に向かうべく乗り換えた地球軍練習艦“ジェイナス”は、ククトニアンの激しい攻撃にあい、わずかな大人と子どもたちの手で操艦することになってしまう。
だが、たどりついたベルウィック星もまた、壊滅状態だった。ベルウィック星の生き残りの子どもカチュア、ジミー、バーツを仲間に加えるロディたち。しかし、救援を求めに出たクレーク博士も死亡してしまい、子どもたちの側にいる大人はケイト一人きりになってしまう。
ケイトと子どもたちはジェイナスに戻り、地球を目指して出発した。だが、そんなジェイナスに、ククトニアンの負傷者ラレドが救出された。彼の話で、カチュアがククトニアンであることがわかり、子どもたちの間にも亀裂が走る。いたたまれなくなったカチュアはジェイナスを飛び出したが、無事に戻ってきた。しかし、その代償としてケイトが帰らぬ人となってしまう。
ジェイナスを逃がすために犠牲になったラレドの話では、タウト星というところに地球人の捕虜が囚われているらしい。子どもたちは自分たちの手でジェイナスを操り、タウト星を目指していた……。
