入間みちお（竹野内豊）は、東京地方裁判所第3支部第1刑事部〈通称：イチケイ〉の刑事裁判官。先入観に一切とらわれない自由な観察眼と、徹底的に調べ上げる探究心を持ち、弁護士団や検察官の双方から恐れられているクセ者だ。そんなみちおを見守っているのは、イチケイの部長裁判官・駒沢義男（小日向文世）と、裁判所書記官の石倉文太（新田真剣佑）。また、主任書記官・川添博司（中村梅雀）、姉御肌の裁判所書記官・浜谷澪（桜井ユキ）、新人の裁判所事務官・一ノ瀬糸子（水谷果穂）も、しばしばみちおに振り回されつつ、イチケイを支えているメンバーだ。そのイチケイに、若くして特例判事補になったエリート・坂間千鶴（黒木華）が赴任する。東大法学部出身の坂間は、冗談が全く通じない堅物タイプで、迅速さと効率性を重視している。坂間がイチケイに異動してきた目的は、事件の処理件数が信じられないほど少なく、会社なら倒産レベルの“赤字”状態であるイチケイを立て直すためだった。
ある日、イチケイの部長・駒沢義男（小日向文世）は、合議制で扱いたい案件があると入間みちお（竹野内豊）と坂間千鶴（黒木華）に告げる。それは、第1審で有罪判決が下された、人気料理研究家・深瀬瑤子（前田敦子）による幼児虐待事件だった。瑤子は、当時1歳半の長女が泣き止まないことにいら立ち、激しく揺さぶるなどしてケガを負わせたことにより、傷害罪で2年6カ月の有罪判決を受けていた。だが瑤子は判決を不服として控訴。それを受けて高裁は、審理内容を精査し、地裁に差し戻したのだ。しかし、実はこの案件、第1審の裁判長を最高裁事務総局の事務総長・香田健一郎（石丸謙二郎）の息子・隆久（馬場徹）が務めた“取り扱い要注意”案件で…。
ガラス工房で働く藤代省吾（岡田義徳）が、市役所の職員・野上哲司を死なせ、遺体を損壊した罪で起訴された。藤代には前科があり、かつて駒沢義男（小日向文世）が裁判長として減刑判決を下した人物だった。藤代は野上の妻・奈緒（佐津川愛美）に一方的な好意を抱き、口論の末に野上を死なせてしまったと罪を認めるが、藤代の言葉を素直に受け入れられない駒沢は証拠を徹底的に精査しなおすよう指示する。坂間千鶴（黒木華）は、駒沢が被告人に対して個人的感情で肩入れしていると感じ、駒沢の暴走を止めようと説得する。一方、入間みちお（竹野内豊）は警察の実況見分に違和感を覚え、真相を明らかにするために裁判所主導の捜査権を発動すると宣言し…。
入間みちお（竹野内豊）は、坂間千鶴（黒木華）を訪ねて裁判官官舎にやってきた彼女の妹・絵真（馬場ふみか）と出会う。絵真から、姉はどんな裁判官なのかと尋ねられたみちおは、裁判を傍聴してみてはどうかと言い出す。その後絵真は、みちおと一緒に、坂間が裁判官を務めたいくつかの公判を傍聴することに。そんな中、イチケイの部長・駒沢義男（小日向文世）は、家庭裁判所から逆送されてきたある少年事件を合議制で扱いたい、とみちおたちに告げる。被告人は17歳の望月博人（田中偉登）。半年前に高校を中退した博人は、レジャー施設でアルバイトスタッフとして働いていたが、あるとき売上金5000万円を盗んで逃亡。警察に逮捕されそうになった際には、繁華街のビルの非常階段から盗んだ現金をばらまいていた。みちおは裁判長は坂間がいいのではないかと提案し、坂間も決意を表明する。そして始まった第1回公判。博人は完全黙秘を貫き…。
入間みちお（竹野内豊）たちの元へ、あるバレエ団で起きた傷害事件の起訴状が届く。被告人は、バレエ団代表で振付師の槇原楓（黒沢あすか）。被害者はそのバレエ団の元トレーナーの矢口雅也（松木研也）だった。2人は口論からつかみ合いになり、槇原は矢口を突き飛ばした。頭を強く打った矢口は一命を取り止めたものの、現在も意識不明の重体だった。その起訴状を見た石倉文太（新田真剣佑）は驚きを隠せない。このバレエ団には、海外からも注目されているバレリーナ・馬場恭子（生田絵梨花）が在籍していた。実は恭子は、石倉の中学・高校時代の同級生で初恋の相手でもあった。
草野球の試合を終えた入間みちお（竹野内豊）たちは、井出伊織（山崎育三郎）ら地検チームと一緒に石倉文太（新田真剣佑）の実家「そば処いしくら」に集まって飲んでいた。そこに、坂間千鶴（黒木華）が日高亜紀（草刈民代）を連れてやってくる。坂間は、女性裁判官の会に出席し、日高の最高裁長官内定のお祝いをしていたという。するとみちおは、志摩総一郎（羽場裕一）という男の名前を出し、彼が被害に遭った窃盗事件を担当することになったと日高に告げる。志摩は、弁護士時代のみちおが最後に担当したある事件に関係する人物だった。
弁護士時代の入間みちお（竹野内豊）が最後に担当した12年前の東丸電機殺人事件。東丸電機の研究部主任だった被告人の仁科壮介（窪塚俊介）は、研究部門の解体を決めた経営戦略部の部長・布施元治（中野剛）と口論になり撲殺した罪で、無期懲役を言い渡されていた。だが仁科は、判決後も無罪を主張し続け、獄中で命を絶ってしまう。仁科は、事件現場から逃げていく男を目撃したと主張していたが、その男こそ、イチケイが扱った窃盗事件の被害者で、国税庁OBの志摩総一郎（羽場裕一）。この窃盗事件がきっかけで、志摩が所長を務める会計事務所が、東丸電機を含む大手企業数社の脱税に関与していた疑いが浮上していた。
入間みちお（竹野内豊）たちが所属する『イチケイ』に、事務官から書記官になるための研修生として、前橋幸則（渡辺佑太朗）と磯崎由衣（夏目愛海）がやってくる。部長の駒沢義男（小日向文世）は、合議制で扱う案件があるから立ち会うよう、ふたりにも指示する。
入間みちお（竹野内豊）や坂間千鶴（黒木華）たち“イチケイ”が扱うことになった「世田谷家政婦殺人事件」が、裁判員裁判で審理されることになった。書記官の川添博司（中村梅雀）を中心にさっそく裁判員の選任手続きが行われ、その結果、塾講師の大前正一（山崎銀之丞）、結婚相談所勤務の落合清美（池津祥子）ら6名が選ばれる。補充裁判員として選ばれたのは、派遣社員の新村早苗（行平あい佳）、「みちおを見守る会」会長でもある自由業の富樫浩二（明樂哲典）だった。
ある日、駒沢義男（小日向文世）は「レアケースの案件が上がってきたので合議制で審理する」と入間みちお（竹野内豊）や坂間千鶴（黒木華）たちに伝える。それは傷害事件だったが、被告人が「名無しの権兵衛」なのだという。みちおの弁護士時代の同僚でもある青山瑞希（板谷由夏）が国選弁護を引き受けた案件だった。
入間みちお（竹野内豊）がイチケイから異動になって1年後の熊本を舞台に幕を開ける。熊本地裁第二支部で精力的に裁判を行うみちおのもとに、ヤンキーグループの決闘の仲裁に入った青年・諏訪遙人（髙橋優斗（HiHI Jets））が殴られ、意識不明の重体となった傷害事件が起訴される。加害者と推定された内田亘（嘉島陸）は、全面的に罪状を認めており、執行猶予付きの判決で収束する事件のように思われた。しかし、調査を進めると、不審な点がいくつか見つかる。さらに警察の取り調べの際、内田は容疑を否認していたという。なぜ、内田は証言を変えたのか？疑問に思ったみちおは、職権発動して捜査を開始する。 一方、東京では、イチケイの部長裁判官である駒沢義男（小日向文世）が、“代理お家騒動裁判”と世間から注目を集める大企業・星積ホールディングスの社員同士の傷害事件を審議していた。社員たちは、次期社長候補の派閥にそれぞれ属していて、代理戦争の様子を呈していた。対立しているのは、同社役員、大藪重之（北村一輝）と嶋津奈都子（中村アン）。奈都子の部下・丹羽昭久（吉沢悠）らはとにかく裁判を早く終わらせようとする。そんな両者の態度に、駒沢は怒りすら覚えてきて…。 みちおが担当する“熊本・ヤンキーの決闘”と、駒沢が担当する“東京・大企業の代理お家騒動”の2つの事件のある接点が浮かび上がる。物語のラスト、裁判で直面する、この事件の背後にあった切ない愛の物語と大きな闇とは？
