In order to introduce him to new friends, Professor Utonium sends his son back to school.
ももこたちは多すぎる宿題でくるしんでいました。ケンは大学院を卒業して博士号までもっているので、学校にいく必要はありません。そのかわり友達はいませんでした。学校とは勉強するだけのところではなく、友達をつくって、たのしくあそんだり、はげましあったり、ぶつかりあったりして、ともに成長しあうところだという３人のはなしをきいたケンは、友達をつくるために小学校へはいりなおすことにしました。ケンのはいったクラスには、ももこの妹の赤堤くりこがいました。そして丈というクラスメイトが、なにかとつかかったり、ちょっかいをかけてきます。そのころ、モジョは知性と教養をつけて世界を征服しようと、ケンのかよう私立東京CITY学園にしのびこもうとしていたのでした。
サッカーの試合ではりあうケンと丈、丈ががんばるほど、ケンはがんばりたくなるのでした。そこへモジョがあらわれます。モジョは、みんなにバカにされていかり、モジョロボをよびだしました。あばれるモジョロボにふみつぶされそうになったケンを丈がたすけ、友情がめばえます。ケンと丈とくりこは協力して、なぞなぞでモジョと勝負することにしました。変身して出動しようとするパワパフＺでしたが、くりこに正体をしられてしまうかもしれないので、たすけにいけません。しかし、ケンたちはなぞなぞ勝負に勝ち、こたえられなかったモジョは自爆してしまいます。次の日、学校へいかなかったケンでしたが、かわりに友達が研究所まであそびにきてくれるようになったのでした。
