飲み屋の並ぶ片隅にある古い食堂。夜の十二時から朝の七時頃まで、こわもてのマスター（小林薫）が包丁を握り、「豚汁定食」のほかは、材料 さえあれば、何でも作ってくれる。常連客は長年ゲイバーで働いている小寿々（綾田俊樹）や、ストリッパーのマリリン（安藤玉恵）ら。夜毎、 常連客が語り合う。 ある日のこと、ヤクザ者の竜（松重豊）が、手下のゲン（山中祟）と連れ立って店にやってきた。「エスカルゴ」「燕の巣のスープ」、難癖をつ けるゲンの言動に店が一触即発になった時、マスターが作った「赤いウィンナー」を食べて感動した竜は、以来、時々店に顔を出すようになっ た。客たちの内で竜が特に親しかったのは、大の卵焼き好きの小寿々。一つの皿を仲良く分け合う二人だったが、「赤いウィンナー」には、それぞれ忘れられない思い出が詰まっていて...。
店じまいしかけた朝六時半頃、一人の女・みゆき（田畑智子）が食堂にやってきた。みゆきの注文にこたえ、好物の「猫まんま」を作るマスター（小林薫）。話をきくと、みゆきは売れない演歌歌手で、仕事がなく、歌いたいあまり朝までカラオケボックスにいたという。 常連客に作詞家の先生（田口トモロヲ）がいたことを思い出したマスターは、店に彼女のポスターを貼り、行きがかり上、そこでコンサートまで開くことになった。自分の歌を歌ったみゆきは、客たちの拍手と歓声に包まれる。そして、その場で作詞家にプレゼントされた歌「まよい猫」が、思いがけずヒットし始め...。
食堂に集う三十女のミキ（須藤理彩）、ルミ（小林麻子）、カナ（吉本菜穂子）。注文するのは、それぞれ「うめ」「たらこ」「しゃけ」と決まっていて、マスター（小林薫）はひそかに「お茶漬けシスターズ」と命名している。 お茶漬けを食べながら、男の話でいつも盛り上がる彼女たちだが、憧れは「純愛」による結婚。ある時、ルミが九州の実家に帰ってしまう。さらに十歳年上の男性との見合い話もあるらしい。「裏切り行為」と憤るカナ。二人に減ったお茶漬けシスターズだが、そんな中、うめ茶のミキの元カレとしゃけ茶のカナがつき合い始め、女の友情にひびが入る。
深夜の食堂でマスター（小林薫）が最初に作るのは、ポテトサラダとマカロニサラダ。近頃たまに来るようになった男（風間トオル）がいつも注文するのもポテトサラダだった。店で食事をしていた若者・田中（田中聡元）は、男が伝説のカリスマＡＶ男優・エレクト大木だと知り、その場で弟子入りを志願。 困った表情の大木だったが、若者の一途さに押し切られる形で師弟の関係になった。ある夜、デビューを明日に控えた田中のもとに電話が。田舎の母親が倒れたのだ。軽い脳梗塞ということで気楽にかまえていた田中に大木は激怒。そこには彼なりの深い理由があった。
三つ星や五つ星には縁のない深夜食堂。常連客の小道（宇野祥平）が、本当においしいものを食べさせようと、マスター（小林薫）のところに料理評論家の戸山（岩松了）を連れて来てしまう。グルメの知識をひけらかす戸山のせいで、店は嫌なムードに。 そこにやって来たのが、今や絶滅寸前の流しの歌手・ゴロー（あがた森魚）。週一回やって来る彼は、いつものバターライスを食べ、『函館の女』を熱唱する。戸山はその時から毎週やってきてバターライスを注文するのだが、今度はゴローの方が来なくなった。
顔を腫らし、マスター（小林薫）の店にやってきたカッちゃん（音尾琢真）はボクサー。勝った日に食べるのは「カツ丼」と決めているが、ボクシングだけではやっていけず、他の仕事をしながら練習にあけくれている。ある時カッちゃんは常連客の一人、アケミ（霧島れいか）と出会う。近所のスナックで働くアケミは夫を亡くしていて、今は小学生の娘・マユ（桑島真里乃）と二人暮らし。マユにも慕われ、カッちゃんはアケミに恋心を募らしていた。 そんなカッちゃんに、勝てば次はタイトルマッチというビッグな試合が飛び込んできた。勝ち目なしという厳しい下馬評にも関わらず、カッちゃんは仕事を辞め、ボクシングに専念する。そして「勝ったらアケミさんにプロポーズ」をしようと考えていた。ようやく掴んだタイトルへの挑戦権...運命のゴングが鳴る。
ある早い朝、タレントを目指しているリサ（村川絵梨）は、マスター（小林薫）の店で、新聞配達を続けな がら大学に通う苦学生・中島（田中圭）と出会い、タマゴサンドを分け合う。中島は暗いうちから新聞配達の準備をし、後片付けをしてから大学の講義に参加、 睡魔と闘いながら勉学に励むとすぐに夕刊の配達が待っている、という厳しい生活を送っている。そんな中島が新聞を配る時間に合わせて、店に通うようになっ たリサだが、やがて彼女の仕事が軌道に乗り始め...若い二人の恋の行方は？
深夜食堂に元アイドルの芸能人・風見倫子（ＹＯＵ）がやって来た。ソース焼きそばに目玉焼きをのせたも のを食べて帰ったと聞き、かつて倫子のファンクラブに入っていたという客たちは盛り上がる。それからひと月ほど経った頃、再び同じものを注文した倫子は、 マスター（小林薫）に「子供の頃、よく食べてたから」と打ち明ける。そんな彼女は今度、映画の主演をつとめることになっていた。その映画の主人公の境遇と 自分自身の境遇にはどこか重なるところがあると言うが。
マスター（小林薫）のもとに、朝の六時を回った頃、二日続けて朝ごはんを食べに来た老婦人がいる。名前 は八千代（りりィ）、好きなものはアジの開き。店の常連客の一人、ストリッパーのマリリン（安藤玉恵）は、巡業先から帰ってきていたが、顔を合わすうちに 八千代と意気投合、「マリリンちゃんの踊りが見たい」という八千代の一言で深夜のクラブにまで一緒に行くことに。マリリンの手を離れ、ひとりで踊り始める 八千代。 八千代とは一体何者？同じく常連客の一人、忠さん（不破万作）は、どこかで見た顔、と思うが・・・。
いつもは兄貴分の竜（松重豊）といっしょに店に来ていたゲン（山中崇）。その夜、一人で現れたゲンはマ スター（小林薫）にラーメンを注文する。帰り際、ゲンがマスターに見せた不安気な笑顔。ゲンは敵対するヤクザの若頭を刺し、姿を消した。以前、暴力団同士 の抗争で竜を守れなかったことを気に病んでいたのだ。警察からもヤクザからも追われることになったゲンだが、そんな中、小学生の男の子・健太（中村咲哉） が、この店に来れば父親に会えると思ってやってきた。
営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで、人呼んで「深夜食堂」。こわもてのマスター（小林薫）が包丁を握り、メニューは「豚汁定食」のほかは、ビールと酒、焼酎のみ、あとは出来るものなら作ってくれる。小寿々（綾田俊樹）、忠さん（不破万作）、小道（宇野祥平）、「お茶漬けシスターズ」ことミキ（須藤理彩）、ルミ（小林麻子）、カナ（吉本菜穂子）ら、今夜も味のある、常連客が集う。 常連客の一人に地回りのヤクザである竜（松重豊）がいる。マスターの作る「赤いウィンナー」が大のお気に入りだ。その竜のもとへ、刑事の野口（光石研）が現れた。二人は九州の名門高校野球部の同級生だったが、竜が地元で起こした喧嘩のために、かつて甲子園出場を棒に振っている。野口は、病気で入院している元マネージャー・クミ（安田成美）の見舞いへと竜を誘う。当時竜は、クミを守るためにチンピラ相手に喧嘩をしたのだったが、彼女は今、重い病にふせっていた。
カウンターの片隅で、目を閉じ、微笑むような口元で眠るサヤ（平田薫）。サヤはいつも「唐揚げ」を注文しては、常連の男たちに見守られ、店の中で眠り込む。その寝顔は一見幸せそうだが、起きている間は、よほど疲れることがあるらしい。マスター（小林薫）は、ビールがダメというサヤに、普段店では出さない「ハイボール」をすすめる。 サヤは、お笑い芸人の章介（永岡佑）とつきあっていた。売れない芸人の章介に、お金を渡して尽くすサヤだったが、章介の態度は冷淡だった。ある日、店の中でサヤを責めたてる章介に、竜の子分でヤクザのゲン（山中崇）が激怒。店の前で喧嘩を始める。そこにやってきたのが刑事の野口（光石研）と部下の足立（足立智充）だったが、サヤを見て足立は驚く。
マスター（小林薫）の止めるのも聞かずに、「あさりの酒蒸し」を肴に、店で飲み続けるおレン（馬渕晴子）。おレンはいい年をして結婚の話のない息子の丈（宇梶剛士）に悪態をつきながら、今夜も酔いつぶれ、背負われ家に帰っていく。空手道場で指導をし、生徒の子供たちからも慕われている丈は、母とは違って酒を飲まず、その人格は幼な馴染みの永井（甲本雅裕）からも一目置かれている。気がかりなのは母の体調だが、丈は、苦労しっぱなしだった母から酒を飲む楽しみを奪えない。マスター相手にそう話す丈の心に、幼い日の母との思い出が蘇る。
弁当屋で働く将司（清水優）は、以前、マスター（小林薫）のところで見かけたイクミ（伊藤歩）と、自分の店で再会、客の応対を助けてもらう。そのお礼にと、将司はイクミを食事に誘う。イクミの好物はマスターの出す「煮こごり」。イクミを好きになった将司は、その場で交際を申し込むが、彼氏がいるから、とふられてしまう。残念がる将司だが、常連の小道（宇野祥平）から、イクミが風俗店で働いていることを聞き、ショックを受ける。定食屋の息子だった将司は、いつかは彼女と自分の店を開いてと、将来を思い描きさえしたのだが。
大学の映画サークルで、自主映画を製作しているゲンキ（森岡龍）とユウキ（前野朋哉）。八王子の鑓水峠でロケハンの最中、史跡らしきところに積まれていた「パイナップル」の缶詰を失敬し、マスター（小林薫）のところに持ち込んだ。どこか不気味なところもあるものの、マスターにパイナップルの入った酢豚を作ってもらい、それをきっかけで、彼らは店に来ていた菊乃（早織）と知り合う。二人は暗くて寂しそうで、しかし綺麗な菊乃を、自分たちの映画のヒロインにと御願いするのだが...。菊乃は撮影の日に現れず、ゲンキとユウキは、柚木（史朗）という初老の男から、鑓水峠が心霊スポットで、かつて殺人事件があったと教えられる。
肌寒い夜、小説家の鈴木（吹越満）は編集者といっしょにマスター（小林薫）の店で酒を飲んでいた。鈴木は妻と娘を捨て、十年近くやさぐれた生活を送っている。鈴木たちが店を出た後、入れ替わりに入ってきたのが、キャバクラで働く花（朝倉あき）と客の鉾田（徳井優）。花は鈴木が食べずに残していた「クリームシチュー」を注文する。花は小さい頃父親が家出して以来、ずっと母子家庭で過ごしてきた。最近は母親とも喧嘩ばかりで、自分で学費を稼ぎ大学に通っている。マスターの作ったクリームシチューを食べ、母を思い出した花は涙をこぼす。幸薄い花は、幸せをつかめるのか。
常連客の月子（市川実和子）はテレビドラマのシナリオライター。独身で猫と暮らす月子は、今日も一人でマスター（小林薫）の店へとやってきた。月子は先日、乗ったタクシーの運転手・武（螢雪次朗）に、マスターからもらった「白菜漬け」をあげたと話す。武は宮城県出身で、故郷の味が忘れられないらしかったのだが...。ある日月子は、自分を育ててくれた敏腕プロデューサー・野瀬（田中哲司）との不倫愛を週刊誌に取り上げられ、窮地に陥る。絶望的な気持ちになる月子だったが。
人一倍寒がりのひとみ（酒井若菜）は、若い男に貢ぐだけ貢いでは捨てられていた。ある日ひとみは、ペットショップで出会った五十過ぎの男・橋本（芦川誠）と恋に落ちる。橋本が好きなのは「冷やし中華」だ。暑がりの男と冷え性の女は、週末になると揃ってマスター（小林薫）の店を訪れ、冷やし中華を食べていた。そんな中、店に定年間近の刑事・犬塚（塩見三省）が現れる。「粘りの犬塚」とその名を轟かせた犬塚だったが、２０年前、追いかけていた犯人を目の前で逃したことがあった。犯人の手がかりは、「あいつはホント冷やし中華が好きだった」ということ。犬塚の話を聞き、橋本の過去を疑い始めるひとみだったが...。
ある夜、常連客の金本（金子清文）が、彼とは不釣合いな美人・千秋（東風万智子）を連れ店にやってきた。マスター（小林薫）の作った「肉じゃが」を見て、「うちは牛肉を買うお金がなくて豚肉だった」と言う千秋。彼女をいじらしく思った金本は、あたりはばからず、さらにいちゃつき始める。 一方、店にはたびたび、バースディケーキをデリバリーするノリ子（前田亜季）という女が現れていた。ノリ子も肉じゃが好きで、昔は貧乏で豚肉を使っていたと話す。北海道の田舎で、六人兄弟の末っ子に育ったという彼女の身の上を聞くマスター。そのノリ子に、常連の五郎（松尾諭）が自分あてのケーキを頼む。五郎にはその昔、「肉じゃがしか作れない」と話していた女に、貯金を丸ごと盗まれた過去があった。
「出来るもんなら、作るよ」が営業方針でやっているマスター（小林薫）だが、「ギョーザ」だけは、専門店を営む村田（リリー・フランキー）のギョーザを出していた。村田は妻の桃子（黒谷友香）と家庭を持っていたが、その桃子は、店の常連客のカタギリ（オダギリジョー）と、過去、深い関係にあった。評判になっているギョーザを出前しにやってきた桃子は、店の表で彼とすれ違ってしまう。今では別々の道を歩いていたはずの彼らは記憶を呼び覚まし、思い惑う。
繁華街の片隅の小さな食堂。営業時間は夜の十二時から朝の七時頃まで。人呼んで「深夜食堂」。メニューは豚汁定食にビール、酒、焼酎、それだけ。あとは勝手に注文すれば、できるものならマスター（小林薫）が出してくれる。今夜も、小寿々（綾田俊樹）や忠さん（不破万作）たち、お馴染みの面々が、めしやで話に花を咲かせている。 ある日の夜、8年前に夫を亡くした歌手のかしまみさお（美保純）が、ひさしぶりに店にやってきた。夫の大好きだったマスターのメンチカツを食べたみさおは泣き崩れる。仕事上でもパートナーだった夫が作詞作曲した「何も言わないで」は、今でもみさおの代表曲として人の心に残っている。しかし、夫の死後みさおは人前で歌うことができず、家に籠っていたのだった。 そんな中、常連客である料理評論家の戸山（岩松了）の妻、清子（渡辺真起子）が入院する。病床の妻の願いは、みさおの「何も言わないで」を聴くことだった。妻のため、戸山はみさおにもう一度歌ってもらいたいと懇願する。
漫画編集者の宇野（ダンカン）が橋本ワタル（石田法嗣）を連れて店にやってきた。橋本は、宇野の担当する漫画雑誌の新人賞をとった漫画家の卵だ。宇野はマスター（小林薫）の豚バラトマト巻きを橋本にふるまう。 半年後、店で出会ったのりこ（椎名琴音）と同棲しながら、漫画を描き続けている橋本だったが、受賞後も連載デビューすることができず、まるでヒモのような生活を送っていた。宇野が豚バラトマト巻きを食べさせた新人は芽が出ないという因縁はほんとうなのか。橋本は徐々に自分を追いつめていく。
マスター（小林薫）のつくる里いもとイカの煮ものの匂いに誘われるようにやってきた二人、興信所に勤める「男前」の探偵、里見けい（石橋けい）とまだ頼りない研修生の佐々木守（淵上泰史）。二人は、店を出たあとで一夜をともにする。佐々木は大人の割り切りを知らず、けいに結婚を前提につきあってくれと言うが、けいはそれを軽くいなす。 社員になるための卒業試験として、けいの指示した浮気調査に取り組むこととなった佐々木。その調査対象である吉野純一郎（古舘寛治）を尾行する中で、思いもよらぬ事実を知ることとなる。里いもとイカのように相性がよく、どうしようもなく惹かれあってしまう男女….調査を進めながら、佐々木は「男」になっていく。
恋わずらいにかかった常連客の小道（宇野祥平）。その相手は店にときどき顔を見せるかすみ（谷村美月）だ。かすみは浪速娘であること以外、素性のわからない謎の女である。 ぞっこんな彼女に気に入られようと大阪名物を奢る小道だが、かすみはすげない対応。困った小道は、大阪から東京に進出してきたドラッグストアチェーンの社長、井出（荒谷清水）に助太刀を頼む。 二人と同席したかすみが天ぷらにしてほしいとマスター（小林薫）に頼んだのは、紅しょうがだった。紅しょうがの天ぷら、略して「紅天」。マスターも小道も知らなかったが、かすみと井出にとっては大阪で親しんだ庶民の味だった….
シングルマザーのミホ（辻香緒里）が、小学校の同級生であり親友のサユリ（粟田麗）を連れて店にやってくる。二人は小学校の同窓会の幹事をしていて、会では25年ぶりにタイムカプセルを掘り出すことになっている。マスター（小林薫）に春雨サラダを頼んだサユリ。ミホは小学校時代、春雨サラダが大好きで他人の分までもらっていたシガッチ（眞島秀和）のことを思い出すが、サユリが春雨サラダを好きな理由はまさにそのシガッチだった。 同窓会を機に再会した三人。掘り返されたタイムカプセルのように、明らかになるそれぞれの思い。ミホはサユリに独身のままでいたシガッチとつきあうことを薦めるのだが….
肌寒くなってきたある日、マスター（小林薫）はロールキャベツをあらかじめ多めに仕込んでいる。喜ぶ常連客たちだったが、新しくできた男、キミトシ（高橋周平）と店にきていたストリッパーのマリリン（安藤玉恵）だけは、「母親がロールキャベツを作る日は、男のところに出かける日だった」と気が乗らない。 その母、エリ（柴田理恵）が急に入院することになり、見舞うために福島の実家に戻るマリリン。しかし、エリの病状はたいしたことがなく、つきあっている男を紹介されるばかりか、「ダンサー」として患者仲間に紹介され、マリリンはショックをうける。 後日、マリリンの踊る新宿ニューアート前に、エリの姿が。エリには上手く伝えられなかった娘への思いがあり、ある優しい嘘をついていた。
土曜日の朝、平賀良男（ベンガル）と、その妻・みずえ（永島暎子）が店に朝食を食べにくるようになってからもうひと月くらいになる。穏やかにマスター（小林薫）のしじみ汁を飲む二人は微笑ましく映り、サヤ（平田薫）ら常連客の間でも仲の良い夫婦として話題にのぼる。 ある日、珍しく一人で店にやってきた良男。孫が生まれるために、みずえが広島の実家に戻ったようだ。ただ、その孫は良男の孫ではなく、過去の夫と血の繋がった孫である。良男はみずえにとって三番目の夫だった。マセていて色気のあるみずえに、同級生だった中学の頃から良男はずっと憧れてきたのだが、みずえの過去にはよくない噂もあった。 トラブルが続いたことで、みずえはなかなか東京に戻ってこない。徐々に疑念を募らせていく良男は、店で出会った囲碁の記録係の女性・勅使河原真梨子（作間ゆい）に惹かれはじめていく。
「きんぴらごぼうあるかしら？」颯爽とした印象の女、市川千鶴（つみきみほ）が店に入ってくる。驚いて目を見開く、常連客で地回りのヤクザ・ゲン（山中崇）。千鶴は、ゲンの高校時代の英語の教師であり、部活の顧問、そして憧れの女性だった。有頂天のゲンは、その晩千鶴と飲み明かし、千鶴に「愛してるぜー！」と叫ぶ。 千鶴は教師の仕事を辞めたあと、通訳の仕事でニューヨークに渡っていた。帰国は10年ぶりとなる。時間を惜しむように昔の仲間や世話になった人と会う千鶴。その理由をマスター（小林薫）にだけほのめかす。そんなことは知らず、千鶴との時間を待ちわびるゲン。高校を辞めて上京するときに千鶴が持たせてくれたきんぴらごぼうの味を思い出しながら、千鶴のために堅気の男になろうと誓っていた。
「俺がレバにらで」「あたしがにらレバです」刑事である野口（光石研）と夏木いずみ（篠原ゆき子）は、コンビを組んで事件にとりかかっているが、まるで前世はカタキ同士だったのではないかというぐらい、ソリがあわない。刑事という仕事への理解も、捜査手法も、何もかもが異なる二人は、ことあるごとにぶつかりあっている。 野口は、ある殺人事件で夫を失った未亡人・三上佐代子（阿部朋子）とその娘の相談にのっており、単なる同情以上の感情を佐代子に抱いていた。同僚たちは「ありゃ病気だな」と噂しており、これがはじめてではなさそうだ。それを知ったいずみはマスター（小林薫）に、野口とのコンビ解消をこぼすのだが….
今日は大晦日。マスター（小林薫）はいつもより早くに店を開ける。マスターの店で年を越したい常連客がいるからだ。忠さん（不破万作）、マリリン（安藤玉恵）、小道（宇野祥平）、金本（金子清文）、八郎（中山祐一朗）、そしてかすみ（谷村美月）やキミトシ（高橋周平）。常連客は次々と店にやってくる。年が変わるギリギリになって、ゲイバーで働く小寿々（綾田俊樹）とコウちゃん（吉見幸洋）も合流。みなで年越しそばをすする。 一方、食堂近くの交番では、野口（光石研）、いずみ（篠原ゆき子）、そして小暮（オダギリジョー）がマスターのうった年越しそばを食べながらともに過ごしていた。 皆で迎えた新年。お互いに挨拶しあう常連客たち。乾杯しようとしたそのとき、晴れ着姿のお茶漬けシスターズ（須藤理彩／小林麻子／吉本菜穂子）も飛び込んできた。 そして、ヤクザ者の竜（松重豊）、手下のゲン（山中崇）も現れる。竜は、餅つきの準備を済ませていた。盛り上がる一同。マスターの店で過ごす、かけがえのない時間は続く。