倒れた香鈴は、天体危機管理機構の人間によって運ばれていった。だが、香鈴が残した携帯電話に記されていた「助けて」というメッセージを見て不安を感じた美風、静羽、彩雲の3人は、香鈴が収容された東京の病院に行くため休暇を申請。だが沙也華は、彗星群が地球に接近している現在の情勢下では、パイロットを手放すことはできないという。
そこで彼女は、機体を飛ばすのに必要な2人のパイロットを残すため、1人にのみ休暇を出すことを許可。だがその時基地司令のロバート・レイノルズ司令が現れて休暇を2人に与えることを決め、「パイロットはもうひとりいる」と言う。そのパイロットとは、沙也華本人だった。
こうして美風と静羽は東京の病院へと向かうが、そこにいるはずの香鈴の姿はなかった。代わりに美風たちは、天体危機管理機構つくば研究所に香鈴がいるという情報を何者からか受け取る。
そのころオービタルステーションでは、隊員たちが二つの勢力に別れて対立。基地司令の宙美春たちが基地を制圧し、久保千鶴やアネット・ケイリーたちは軟禁されていた。
Mikaze y Shizuha tiempo de solicitud de ausentarse del trabajo con el fin de localizar y ayudar a Karin, pero su investigación revela que las formas de vida alienígenas misteriosos (referidos como "Star Seeds") han llegado a la Tierra a través de los cometas. Pueden controlar las mentes humanas, y aquellos bajo control se han apoderado de la mayor parte de la Estación Orbital 7, donde Karin ha sido enviado.
Павшую Karin увезли сотрудники Агентства по управлению космическими кризисами. Однако, увидев на оставленном ею мобильном телефоне сообщение Помогите, Mikaze, Shizuha и Saiun встревожились и подали заявки на отпуск, чтобы поехать в токийскую больницу, куда поместили Karin. Но Sayaka заявила, что в условиях приближения роя комет она не может отпустить пилотов.Чтобы оставить двух пилотов, необходимых для вылета машины, Sayaka разрешила отпуск только одному. В этот момент появился командир базы Роберт Рейнольдс и решил дать отпуск двоим, заявив, что пилот есть ещё один. Этим пилотом оказалась сама Sayaka.Так Mikaze и Shizuha отправились в токийскую больницу, но Karin там не оказалось. Вместо этого они от когото получили информацию, что Karin находится в исследовательском институте Цукубы при Агентстве по управлению космическими кризисами.Тем временем на орбитальной станции экипаж раскололся на два противоборствующих лагеря. Командир базы…
