The Turtles discover an Atlantean city, not in ancient Greece, but in modern times. After meeting Merdude, in reality is the true King of Atlantis, the Turtles must defeat Shredder & dethrone Bebop, who been set up as a puppet king.
Mientras surfea en los rápidos de aguas blancas de la alcantarilla, Michaelangelo es rescatado por Merdude, mitad hombre / mitad pez de la ciudad perdida de Atlantis. Merdude abandonó la Atlántida hace más de 200 años en busca de otros de su clase; parece que Merdude es el único mutante en la ciudad perdida. Pero ahora se ha perdido y las Tortugas, usando el Porta-Rastreador de Donatello, se ofrecen como voluntarios para ayudarlo a encontrar el camino de regreso a casa. Mientras tanto, a bordo del Technodrome, las computadoras de Krang están recogiendo algunas lecturas de energía de bajo nivel que emanan cerca. Con las reservas de energía del Technodrome en su punto más bajo, Krang cree que sería prudente investigar. Shredder, Bebop y Rocksteady, utilizando un módulo de transporte mucho más rápido para el trabajo de reconocimiento requerido, descubre rápidamente la legendaria ciudad perdida y, por suerte, los atlantes creen que Bebop (es cierto, Bebop!)
